Table 1. Summary of mutations in MOXD2 in birds.
Noa | Species | e1b | e2 | e3 | e4 | e5 | e6 | e7 | e8 | e9 | e10 | e11 | e12 | e13 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
2 | Golden-collared manakin | d17, sd | ed | ed | ed | ed | ed | ed | ed | ed | ed | ed | ed | |
3 | American crow | d1, ns | tl, d1, d2 | 5d69 | ed | ed | ed | ed | ed | ed | ed | ed | tl, 5d27, d10, sd | 5d54, d1 |
4 | Hooded crow | d1, ns | tl, d1, d2 | 5d69 | ed | ed | ed | ed | ed | ed | ed | ed | tl, 5d27, d10, sd | 5d54, d1 |
5 | Ground tit | d1, d2 | tl, 5d25, ns, d2 | 5d69 | ed | ed | ed | ed | ed | ed | ed | ed | ed | 5d55 |
6 | Collared flycatcher | ns, d1 | tl, ns, ns | 5d64, ns | ed | ed | ed | ed | ed | ed | ed | ed | ed | 5d117 |
7 | Zebra finch | d1, i1, ns | tl, ns, d1 | 5d64 | ed | ed | ed | ed | ed | ed | ed | ed | ed | 5d32, 3d20 |
8 | Atlantic canary | d1, ns | tl, d1, d1 | 5d64, ns | ed | ed | ed | ed | ed | ed | ed | ed | ed | 5d105, 3d35 |
9 | Medium ground finch | d1, ns | tl, ns, d1 | 5d64, ns | ed | ed | ed | ed | ed | ed | ed | ed | ed | 5d105 |
10 | White-throated sparrow | d11, d1, ns | tl, ns, d1 | 5d64, d2 | ed | ed | ed | ed | ed | ed | ed | ed | ed | 5d105 |
11 | Kea | d5, d5, d1 | ed | 5d37, d8 | sa, i4, i1 | ed | ed | ed | ed | ed | ed | ed | ed | |
12 | Budgerigar | d5 | ed | sa, i1 | sa, d7, i1 | ed | ed | ed | sd | ed | ed | ed | ed | ed |
13 | Puerto Rican Amazon | d5, ns, ns, d14 | ed | 5d19 | sa, d7, i1 | ed | ed | ed | ed | ed | ed | ed | ed | |
14 | Scarlet macaw | d5 | ed | sa, i1 | sa, d7, i1 | ed | ed | ed | ns | ed | ed | ed | ed | ed |
15 | Saker falcon | d5, ns, sd | sa | sd | d1 | ns, d1 | ns | sa | ||||||
16 | Peregrine falcon | d5, ns, sd | sa | sd | d1 | ns, d1 | ns | sa | ||||||
17 | Red-legged seriema | ns | ed | ed | sa, sd | |||||||||
18 | Downy woodpecker | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd |
19 | Northern carmine bee-eater | d181 | ed | ed | ed | ed | ed | ed | d7 | ns, sd | sa, ns | |||
20 | Rhinoceros hornbill | d1 | ||||||||||||
21 | Bar-tailed trogon | sa, sd | 5d58, ns, d2 | i7 | 5d4, ns, ns | d10 | sa | i1, ns, 3d21 | ||||||
22 | Cuckoo roller | sa, ns | d1 | sd | sa, ns | d2, sd | sa | d2 | d76 | |||||
23 | Speckled mousebird | 5d12, d1, sd | sd | d8 | sa, ns, d2 | sa, sd | sa, ns, ns | ed | ed | ns, ns | sa, sd | |||
29 | Sunbittern | ed | ed | ns, d7 | i1 | sa, i1 | sa, ns, ns | ed | ed | ed | ed | ed | ed | |
31 | Emperor penguin | sa | i7 | sd | ed | ed | ||||||||
32 | Adelie Penguin | ns | i2 | |||||||||||
34 | Great cormorant | d5, d1, ns | d1 | 5d7, d7 | ns | ns | ns | sd | ns, sd | ns, 3d4 | i1, d11 | |||
35 | Crested ibis | d5 | ns, d1 | i1 | d4 | |||||||||
36 | Little egret | d5, ns | ns | sa, ns, sd | sa | ns | d7 | i13, d1, ns, sd | ns | d7, d1 | ||||
37 | Killdeer | ed | ||||||||||||
44 | Anna's hummingbird | ed | ed | d8 | 3d59 | ed | ||||||||
47 | Rock pigeon | ns | d1, sd | sd | sd | d20 | sa | |||||||
48 | Yellow-throated sandgrouse | d1, ns | ed | i1 | ed | ed | ed | d2 | ||||||
49 | Brown mesite | d5 | ed | ed | ns | d1, d8 | ns | ed | ns | sa | sd | ns | ||
51 | Northern bobwhite | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd |
52 | Japanese quail | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd |
53 | Chicken | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd |
54 | Wild turkey | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd |
55 | Black grouse | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd | gd |
a Species number used in this study. Species without mutations include: 1, rifleman; 24, barn owl; 25, turkey vulture; 26, white-tailed eagle; 27, golden eagle; 28, white-tailed tropicbird; 30, red-throated loon; 33, Northern fulmar; 38, East African crowned crane; 39, hoatzin; 40, red-crested turaco; 41, MacQueen’s bustard; 42, common cuckoo; 43, Chuck-will’s-widow; 45, flamingo; 46, great crested grebe; 50, mallard; 56, white-throated tinamou; and 57, African ostrich.
b Blank indicates no mutation in the given exon; sa, splice acceptor mutation; 5d#, #-nt deletion at the 5′-end; d#, internal deletion of # nt; i#, insertion of # nt; ns, nonsense codon; 3d#, #-nt deletion at the 3′-end; sd, splice donor mutation; ed, exon deletion; tl, translocation; gd, gene deletion.