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. 2016 Apr 13;11(4):e0152431. doi: 10.1371/journal.pone.0152431

Table 1. Summary of mutations in MOXD2 in birds.

Noa Species e1b e2 e3 e4 e5 e6 e7 e8 e9 e10 e11 e12 e13
2 Golden-collared manakin d17, sd ed ed ed ed ed ed ed ed ed ed ed
3 American crow d1, ns tl, d1, d2 5d69 ed ed ed ed ed ed ed ed tl, 5d27, d10, sd 5d54, d1
4 Hooded crow d1, ns tl, d1, d2 5d69 ed ed ed ed ed ed ed ed tl, 5d27, d10, sd 5d54, d1
5 Ground tit d1, d2 tl, 5d25, ns, d2 5d69 ed ed ed ed ed ed ed ed ed 5d55
6 Collared flycatcher ns, d1 tl, ns, ns 5d64, ns ed ed ed ed ed ed ed ed ed 5d117
7 Zebra finch d1, i1, ns tl, ns, d1 5d64 ed ed ed ed ed ed ed ed ed 5d32, 3d20
8 Atlantic canary d1, ns tl, d1, d1 5d64, ns ed ed ed ed ed ed ed ed ed 5d105, 3d35
9 Medium ground finch d1, ns tl, ns, d1 5d64, ns ed ed ed ed ed ed ed ed ed 5d105
10 White-throated sparrow d11, d1, ns tl, ns, d1 5d64, d2 ed ed ed ed ed ed ed ed ed 5d105
11 Kea d5, d5, d1 ed 5d37, d8 sa, i4, i1 ed ed ed ed ed ed ed ed
12 Budgerigar d5 ed sa, i1 sa, d7, i1 ed ed ed sd ed ed ed ed ed
13 Puerto Rican Amazon d5, ns, ns, d14 ed 5d19 sa, d7, i1 ed ed ed ed ed ed ed ed
14 Scarlet macaw d5 ed sa, i1 sa, d7, i1 ed ed ed ns ed ed ed ed ed
15 Saker falcon d5, ns, sd sa sd d1 ns, d1 ns sa
16 Peregrine falcon d5, ns, sd sa sd d1 ns, d1 ns sa
17 Red-legged seriema ns ed ed sa, sd
18 Downy woodpecker gd gd gd gd gd gd gd gd gd gd gd gd gd
19 Northern carmine bee-eater d181 ed ed ed ed ed ed d7 ns, sd sa, ns
20 Rhinoceros hornbill d1
21 Bar-tailed trogon sa, sd 5d58, ns, d2 i7 5d4, ns, ns d10 sa i1, ns, 3d21
22 Cuckoo roller sa, ns d1 sd sa, ns d2, sd sa d2 d76
23 Speckled mousebird 5d12, d1, sd sd d8 sa, ns, d2 sa, sd sa, ns, ns ed ed ns, ns sa, sd
29 Sunbittern ed ed ns, d7 i1 sa, i1 sa, ns, ns ed ed ed ed ed ed
31 Emperor penguin sa i7 sd ed ed
32 Adelie Penguin ns i2
34 Great cormorant d5, d1, ns d1 5d7, d7 ns ns ns sd ns, sd ns, 3d4 i1, d11
35 Crested ibis d5 ns, d1 i1 d4
36 Little egret d5, ns ns sa, ns, sd sa ns d7 i13, d1, ns, sd ns d7, d1
37 Killdeer ed
44 Anna's hummingbird ed ed d8 3d59 ed
47 Rock pigeon ns d1, sd sd sd d20 sa
48 Yellow-throated sandgrouse d1, ns ed i1 ed ed ed d2
49 Brown mesite d5 ed ed ns d1, d8 ns ed ns sa sd ns
51 Northern bobwhite gd gd gd gd gd gd gd gd gd gd gd gd gd
52 Japanese quail gd gd gd gd gd gd gd gd gd gd gd gd gd
53 Chicken gd gd gd gd gd gd gd gd gd gd gd gd gd
54 Wild turkey gd gd gd gd gd gd gd gd gd gd gd gd gd
55 Black grouse gd gd gd gd gd gd gd gd gd gd gd gd gd

a Species number used in this study. Species without mutations include: 1, rifleman; 24, barn owl; 25, turkey vulture; 26, white-tailed eagle; 27, golden eagle; 28, white-tailed tropicbird; 30, red-throated loon; 33, Northern fulmar; 38, East African crowned crane; 39, hoatzin; 40, red-crested turaco; 41, MacQueen’s bustard; 42, common cuckoo; 43, Chuck-will’s-widow; 45, flamingo; 46, great crested grebe; 50, mallard; 56, white-throated tinamou; and 57, African ostrich.

b Blank indicates no mutation in the given exon; sa, splice acceptor mutation; 5d#, #-nt deletion at the 5′-end; d#, internal deletion of # nt; i#, insertion of # nt; ns, nonsense codon; 3d#, #-nt deletion at the 3′-end; sd, splice donor mutation; ed, exon deletion; tl, translocation; gd, gene deletion.