Table S4.
Cyt-b sequences of parasites recovered in this study and those used as references for phylogenetic analyses and their GenBank accession numbers
| Isolate ID | GenBank accession no. |
| Hepatocystis_sp_158 | JQ070951 |
| Hepatocystis_sp_201 | JQ070956 |
| Hepatocystis_sp_S2138 | JQ070884 |
| P. berghei | DQ414646 |
| P. billbrayi (UGB) | GQ355470 |
| P. billbrayi (UGD) | GQ355471 |
| P. billcollinsi (UGF) | GQ355478 |
| P. billcollinsi (UGD) | GQ355477 |
| P. blacklocki (Gorilla) | HM235378 |
| P. chabaudi | DQ414648 |
| P. cynomolgi | AB444126 |
| P. gallinaceum | KP025675 |
| P. gonderi (Mandrill) | JF923752 |
| P. juxtanucleare | NC008279 |
| P. knowlesi | JQ345504 |
| P. malariae (Human) | AB489194 |
| P. malariae-like 1 (Chimpanzee) | GU815517 |
| P. malariae-like 2 (Chimpanzee) | HM234994 |
| P. ovale curtisi (Human) | GU723534 |
| P. ovale wallikeri (Human) | GU723548 |
| P. praefalciparum (Monkey-MO454) | JF923762 |
| P. praefalciparum_BAK2-An. moucheti | KC140103 |
| P. praefalciparum (Gorilla) | HM235308 |
| P. reichenowi | AF069610 |
| P. simium | AF069620 |
| P. gaboni (Chimpanzee-YBpte6) | HM235104 |
| P. gaboni (Chimpanzee-YBpte8) | HM235105 |
| P. sp._DAJ (Mandrill) | JF923753 |
| P. adleri (Gorilla-DDgor3656) | HM234991 |
| P. adleri (Gorilla-NKgor736) | HM235081 |
| P. vinckei lentum | DQ414654 |
| P. vivax (Human) | KF591813 |
| P. vivax-like (Gorilla) | JX444719 |
| P. vivax-like (Chimpanzee) | JX444720 |
| P. vivax-like_BAK3-An. vinckei | KC140105 |
| P. vivax-like_BAK1-An. moucheti | KC140104 |
| P. yoelii | DQ414657 |
| P. yoelii_yoelii | DQ414660 |
| Polychromophilus melanipherus | KF159681 |
| Polychromophilus murinus_Hap2 | KF159700 |
| Polychromophilus murinus_Hap1 | KF159714 |
| LOP_P.sp_An. carnevalei 1 | KU318101 |
| LEK_P.sp_An. coustani 1 | KU318031 |
| LEK_P.sp_An. coustani 2 | KU318032 |
| LEK_P.sp_An. gabonensis 1 | KU318033 |
| LEK_P.sp_ An. gabonensis 2 | KU318034 |
| LEK_P.sp_ An. gabonensis 3 | KU318035 |
| LOP_P.sp_ An. gabonensis 4 | KU318102 |
| LOP_P.sp_ An. gabonensis 5 | KU318103 |
| LOP_P.sp_ An. gabonensis 6 | KU318104 |
| LEK_P.sp_ An. gabonensis 7 | KU318036 |
| LEK_P.sp_ An. gabonensis 8 | KU318037 |
| LEK_P.sp_ An. marshallii 1 | KU318038 |
| LEK_P.sp_ An. marshallii 2 | KU318040 |
| LEK_P.sp_ An. marshallii 3 | KU318041 |
| LEK_P.sp_ An. marshallii 4 | KU318042 |
| LEK_P.sp_ An. marshallii 5 | KU318039 |
| LEK_P.sp_ An. marshallii 6 | KU318043 |
| LEK_P.sp_ An. marshallii 7 | KU318044 |
| LEK_P.sp_ An. marshallii 8 | KU318045 |
| LEK_P.sp_ An. marshallii 9 | KU318046 |
| LEK_P.sp_ An. marshallii 10 | KU318047 |
| LEK_P.sp_ An. marshallii 11 | KU318048 |
| LEK_P.sp_ An. moucheti 1 | KU318049 |
| LEK_P.sp_ An. moucheti 2 | KU318052 |
| LEK_P.sp_ An. moucheti 3 | KU318053 |
| LEK_P.sp_ An. moucheti 4 | KU318054 |
| LEK_P.sp_ An. moucheti 5 | KU318055 |
| LEK_P.sp_ An. moucheti 6 | KU318056 |
| LEK_P.sp_ An. moucheti 7 | KU318057 |
| LEK_P.sp_ An. moucheti 8 | KU318058 |
| LEK_P.sp_ An. moucheti 9 | KU318059 |
| LEK_P.sp_ An. moucheti 10 | KU318050 |
| LEK_P.sp_ An. moucheti 11 | KU318051 |
| LEK_P.sp_ An. nili 1 | KU318060 |
| LOP_P.sp_ An. obscurus 1 | KU318105 |
| LOP_P.sp_ An. obscurus 2 | KU318106 |
| LOP_P.sp_ An. obscurus 3 | KU318107 |
| LOP_P.sp_ An. obscurus 4 | KU318108 |
| LEK_P.sp_ An. paludis 1 | KU318061 |
| LOP_P.sp_ An. sp 1 | KU318109 |
| LOP_P.sp_ An. sp 2 | KU318110 |
| LEK_P.sp_ An. vinckei 1 | KU318062 |
| LEK_P.sp_ An. vinckei 2 | KU318063 |
| LOP_P.sp_ An. vinckei 3 | KU318069 |
| LEK_P.sp_ An. vinckei 4 | KU318064 |
| LEK_P.sp_ An. vinckei 5 | KU318065 |
| LEK_P.sp_ An. vinckei 6 | KU318066 |
| LEK_P.sp_ An. vinckei 7 | KU318067 |
| LEK_P.sp_ An. vinckei 8 | KU318068 |
| LOP_P.sp_ An. vinckei 9 | KU318070 |
| LEK_P.sp_ An. vinckei 10 | KU318071 |
| LEK_P.sp_ An. vinckei 11 | KU318072 |
| LOP_P.sp_ An. vinckei 12 | KU318075 |
| LEK_P.sp_ An. vinckei 13 | KU318074 |
| LEK_P.sp_ An. vinckei 14 | KU318076 |
| LEK_P.sp_ An. vinckei 15 | KU318077 |
| LEK_P.sp_ An. vinckei 16 | KU318078 |
| LEK_P.sp_ An. vinckei 17 | KU318080 |
| LEK_P.sp_ An. vinckei 18 | KU318073 |
| LOP_P.sp_ An. vinckei 19 | KU318081 |
| LOP_P.sp_ An. vinckei 20 | KU318079 |
| LEK_P.sp_ An. vinckei 21 | KU318082 |
| LEK_P.sp_ An. vinckei 22 | KU318083 |
| LEK_P.sp_ An. vinckei 23 | KU318084 |
| LEK_P.sp_ An. vinckei 24 | KU318085 |
| LEK_P.sp_ An. vinckei 25 | KU318087 |
| LEK_P.sp_ An. vinckei 26 | KU318088 |
| LEK_P.sp_ An. vinckei 27 | KU318090 |
| LEK_P.sp_ An. vinckei 28 | KU318089 |
| LEK_P.sp_ An. vinckei 29 | KU318091 |
| LEK_P.sp_ An. vinckei 30 | KU318093 |
| LEK_P.sp_ An. vinckei 31 | KU318086 |
| LOP_P.sp_ An. vinckei 32 | KU318092 |
| LEK_P.sp_ An. vinckei 33 | KU318094 |
| LEK_P.sp_ An. vinckei 34 | KU318095 |
| LOP_P.sp_ An. vinckei 35 | KU318096 |
| LEK_P.sp_ An. vinckei 36 | KU318097 |
| LOP_P.sp_ An. vinckei 37 | KU318098 |
| LOP_P.sp_ An. vinckei 38 | KU318099 |
| LEK_P.sp_ An. vinckei 39 | KU318100 |
An., Anopheles; P., Plasmodium.