. 2016 Mar 12;16(3):e31951. doi: 10.5812/hepatmon.31951

Table 2. Selection Analysis for the Capsid Protein of HEV (Sequences Isolated From Swine).

Analysis	Site
Negatively selected sites ^a (w for sites < 1) HYPHY software	2011(Y,H); 2012(T,P); 2013(G); 2014(A); 2015(L); 2016(G); 2017(L); 2018(L); 2019(D); 2020(F); 2021(A); 2022(L); 2023(E); 2024(L); 2025(E); 2026(F); 2027(R,I); 2028(N); 2029(L,Q); 2030(T); 2031(P); 2032(G); 2033( N); 2034(T); 2035(N); 2036(T); 2037(R);2040(R); 2041(Y); 2042(T); 2043(S); 2044(T); 2045(A,T); 2046(R); 2047(H); 2049(L); 2050(R,G); 2051(R); 2052(G); 2053(A); 2054(D); 2055(G); 2056(T); 2057(A); 2058(E); 2059(L); 2060(T); 2061(T); 2062(T); 2063(A); 2065(T); 2066(R,H); 2067(F); 2070(D;E); 2071(L); 2072(H,L); 2073(F); 2074(T,I); 2075(G,E); 2076(T,M); 2077(N,K); 2078(G); 2079(V,I); 2080(G,R); 2081(E,K); 2082(V,G); 2083(G); 2084(R,L); 2085(G); 2086(I,V,L,R); 2088(L); 2089(T); 2090(L,P,K); 2091(F); 2092(N); 2095(D); 2096(T); 2099(G); 2100(G); 2101(L).

Analysis

Site

Negatively selected sites ^a (w for sites < 1) HYPHY software

2011(Y,H); 2012(T,P); 2013(G); 2014(A); 2015(L); 2016(G); 2017(L); 2018(L); 2019(D); 2020(F); 2021(A); 2022(L); 2023(E); 2024(L); 2025(E); 2026(F); 2027(R,I); 2028(N); 2029(L,Q); 2030(T); 2031(P); 2032(G); 2033( N); 2034(T); 2035(N); 2036(T); 2037(R);2040(R); 2041(Y); 2042(T); 2043(S); 2044(T); 2045(A,T); 2046(R); 2047(H); 2049(L); 2050(R,G); 2051(R); 2052(G); 2053(A); 2054(D); 2055(G); 2056(T); 2057(A); 2058(E); 2059(L); 2060(T); 2061(T); 2062(T); 2063(A); 2065(T); 2066(R,H); 2067(F); 2070(D;E); 2071(L); 2072(H,L); 2073(F); 2074(T,I); 2075(G,E); 2076(T,M); 2077(N,K); 2078(G); 2079(V,I); 2080(G,R); 2081(E,K); 2082(V,G); 2083(G); 2084(R,L); 2085(G); 2086(I,V,L,R); 2088(L); 2089(T); 2090(L,P,K); 2091(F); 2092(N); 2095(D); 2096(T); 2099(G); 2100(G); 2101(L).

^aNegatively selected sites are numbered according to amino acid position of capsid protein of HEV isolate accession number AB369687.1