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. 2016 Jun 9;6:62. doi: 10.3389/fcimb.2016.00062

Table 1.

Primers used to validate gene expression of putative effectors.

Primer name Sequence (5′–>3′) Amplicon size (bp) PCR efficiency (%)
S4TE EFFECTORS
CKC_RS05675 F TGTCTCATTCCGTTGCTTCC 104 93.2
CKC_RS05675 R CCAATGCCACACTCCGTAATA
CKC_RS04080 F* GTTACGCCTTGTAGATCCAGAG 104 95.2
CKC_RS04080 R* CTCGCTCTATTTCCTCCGTTATT
CKC_RS03550 F* CTTTTGCACGCATTAGCAG 144 98.7
CKC_RS03550 R* AACTTCTTCCGGAACACTC
CKC_RS05565 F AATGCTGTTTCTGGGGTTG 130 90.2
CKC_RS05565 R CTAGAGTTAGAACATGCGG
CKC_RS01780 F TGGACGTGGTGTTTCCTATTT 131 88.3
CKC_RS01780 R CCTGCATTTCATGCGCTAATC
CKC_RS04955 F AACGGTTCCTCAGGTGGTT 133 93.4
CKC_RS04955 R GCTTCAGCTGTTGTAGCTT
CKC_RS03370 F ATGGCTTCTAGGCGTGTTT 101 93.1
CKC_RS03370 R CGCCCTCCTCTAACTTGTAATC
CKC_RS01290 F AGAACCTGCTCCAGGAATAAAG 92 91.3
CKC_RS01290 R CTGCAACACGTGCTGAAATAG
CKC_RS05235 F GATCGTCCAAACACATGGATAAAC 91 87.2
CKC_RS05235 R TCCATGCTTCTATGCTGTGAG
CKC_RS03655 F CTCGTCGTCTTGCTGCTATT 102 92.7
CKC_RS03655 R GCAGATGTGCTTTCATAAGTTCC
CKC_RS02175 F TCGGCTATATCCAGCCAAATATC 109 89
CKC_RS02175 R GATCACCATTGATCTTCCGTAGT
CKC_RS01950 F GTCGCGCGGGAAGTAATAAA 96 93.6
CKC_RS01950 R CATGTTCGGCTTCTCGGAAATA
CKC_RS03915 F* CAATTCCATCAACGCAAG 90 92.8
CKC_RS03915 R* TTTCCGCTGGAGTAGCTT
CKC_RS00880 F CACAGCATCTTCCTGAGTTAGT 96 93.7
CKC_RS00880 R TCTAATCCTCCACGGTGAAATG
CKC_RS00225 F TGATGCGCGTGGTATTAGAG 103 94.5
CKC_RS00225 R GGCCAAGAAGGGAAGGAATA
CKC_RS00885 F GGAGGTTGAAGCTCTTAAG 141 91.7
CKC_RS00885 R TTGGAATCAAACTCTGCCC
EFFECTOR WEBSITE
CKC_RS04230 F* GTCTAAGTTGCGAATTGCC 149 100
CKC_RS04230 R* AAAAGTCTCGGGTTCATCC
CKC_RS02605 F TCATGGGTCGTGCTATGAT 159 92.7
CKC_RS02605 R AGCCAAAGACATGCTCTTC
*

primers used to validate bioinformatic analysis of transcriptomic data.