Table 2.
Unique in silico restriction endonuclease digestion patterns (5′-3′) of recA gene of Lactobacillus strains
| Lactobacillus spp. | Restriction endonucleases | |||
|---|---|---|---|---|
| CviAII | BfuCI | HpyCH4 V | RsaI | |
| L. acidophilus La-14 | 299·255·226·148·78·42·38·6 | 565·297·120·87·23 | – | – |
| L. acidophilus NCFM | 299·255·226·148·78·42·38·11·6 | 565·308·120·87·23 | – | – |
| L. brevis ATCC 367 | –a | – | 639·228·120·79·68 | 555·215·132·116·116 |
| L. brevis KB290 | – | 633·315·207·9 | 639·258·120·79·68 | 555·215·146·132·116 |
| L. buchneri CD034 | – | – | 389·256·162·145·132·56 | – |
| L. buchneri NRRL B-30929 | – | – | 645·162·145·132·56 | – |
| L. casei BL23 | – | 302·297·250·90·87·36 | – | – |
| L. casei str. Zhang | 299·255·228·200·42·38 | – | 568·249·111·83·33·18 | 564·260·195·43 |
| L. delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC 11842 | 309·216·183·168·78·42 | 186·162·108·107·106·90·72·72·54·39 | 618·231·129·18 | 790·81·74·51 |
| L. delbrueckii subsp. bulgaricus NDO2 | – | 220·186·162·108·107·90·72·72·54·39 | – | – |
| L. fermentum IFO 3956 | 708·159·120·75 | 265·223·165·150·98·90·65·6 | – | 758·163·114·27 |
| L. gasseri ATCC 33323 | – | 392·297·210·185·11 | 686·241·107·30·24·7 | 449·341·156·127·22 |
| L. helveticus CNRZ32 | – | – | – | – |
| L. helveticus DPC 4571 | – | – | – | – |
| L. helveticus H10 | 299·232·232·231·80·24 | – | – | – |
| L. helveticus R0052 | – | – | – | 331·276·248·227·16 |
| L. kefiranofaciens ZW3 | 379·255·244·232 | 380·348·202·132·24·24 | 612·237·86·41·34·33·31·21·15 | 250·239·185·129·119·91·81·16 |
| L. paracasei ATCC 334 | – | – | 564·206·111·83·43·37·18 | – |
| L. plantarum subsp. plantarum P-8 | 420·411·155·82·75 | 366·306·174·115·93·63·26 | 539·469·126·9 | – |
| L. plantarum ZJ316 | – | – | – | – |
| L. reuteri I5007 | – | – | – | – |
| L. reuteri SD2112 | 379·255·229·147·79 | – | 426·232·116·111·75·75·48·6 | – |
| L. reuteri TD1 | – | 546·250·245·48 | 537·232·116·81·75·48 | – |
| L. rhamnosus ATCC 53103 | 433·359·144·93·24 | 250·237·166·111·88·72·31·28·27·27·16 | 296·242·228·202·52·33 | 296·244·190·156·91·76 |
| L. rhamnosus GG ATCC 53103 | 354·232·180·115·68·51·38·11·4 | – | 299·270·165·136·84·83·12·4 | – |
| L. rhamnosus LOCK900 | – | – | – | – |
| L. ruminis ATCC 27782 | 371·229·183·159·147 | 392·392·294·11 | 452·223·188·142·42·33·5·4 | – |
| L. sakei subsp. sakei 23 K | 554·285·252·45 | 633·201·118·109·75 | 808·259·61·8 | 467·341·124·112·81·11 |
| L. salivarius UCC118 | 299·262·255·182·148 | 819·190·107·30 | 562·111·93·89·81·69·64·56·12·9 | 467·294·185·109·91 |
| L. sanfranciscensis TMW 1.1304 | 489·226·216·99·47·36 | – | 452·231·136·126·126·42 | 607·221·198·87 |
Symbol (·) indicates RE site in the gene sequences
a No unique pattern was observed