Table 4.
Somatic activities and germline efficiencies of 30 TALEN pairs synthesized with FusX system
| RVD array of TALE domain (5 ′ to 3 ′) | |||||
|---|---|---|---|---|---|
| TALEN ID | Target gene | Left arm | Right arm | RFLP-based somatic efficiency | Germline efficiencya |
| 1 | bcs1l | NN NN NI NN NG NN NN HD NN NN NI NN NI NN NN | NN HD HD NG NI NG NN NI NI HD NG HD HD NG N | 10.6 ± 6.3% | 3/7 |
| 2 | aars2 | NI NG NI NI NI NG NG NI NG NI NI NG NN HD NI NN | NI NI NI NI NN NI HD NN HD HD NI NN NN HD HD NI | 13.1 ± 6.8% | 2/3 |
| 3 | coq7 | NG NN NG NG NN HD HD NN HD NG NN NG NN NN NI | NI NI NN NI NI HD NN NG NI HD HD NG NI NI NG | 14.5 ± 4.0% | 1/6 |
| 4 | micu3a | NI HD NG HD HD NI HD HD NI NN NG NN NG NN NN NI | HD NN NI NI NN NN NG NG HD HD NG NN NI NI HD | 15.6 ± 3.9% | 1/7 |
| 5 | tk2 | HD NI HD HD NI HD NI NN NI HD HD NG NN HD HD | HD HD NG HD NG HD NG NN HD NI HD HD NG HD NG | 27.2 ± 6.2% | 2/2 |
| 6 | ndufab1b | HD HD NI HD HD HD HD NG HD NI HD NI NG NG NI NN | NI NI NN NN NI HD NI NG NI HD NI NN NI NI HD NG | 31.6 ± 11.6% | N/A |
| 7 | micu1 | HD NG NI NN NI NN NG HD HD NI NN HD NI NN HD | HD NG NG HD NG NN NI NN HD HD HD NN HD HD NG HD | 37.8 ± 17.6% | 2/2 |
| 8 | atp5e | NI HD NI NG HD NI NN NN NG NI HD NG HD NG NN HD | HD NI NN NG NN HD NI NN HD HD HD NN HD NI HD NN | 38.7 ± 10.8% | 1/4 |
| 9 | coq2 | HD HD NG HD NN NN NI NN NN NI HD NI NN HD NG HD | NN NG HD HD NG NI HD NG HD NI NN HD HD NG NG NI | 39.3 ± 9.3% | 4/7 |
| 10 | fxn | NI NI NI HD NI NI NI NI NN NI NN NI HD HD NG | NN HD HD NG NG NG NG HD NG NG HD NG HD HD NI | 44.5 ± 9.5% | 2/6 |
| 11 | smdt1 | NG HD NN NG NN NG NN HD HD NN NN NG HD NN NN NG | NN HD NI NN HD NG NN HD NG NN NI NI NN HD HD HD | 46.2 ± 27.9% | 1/2 |
| 12 | cox412b | HD NI NI NI NN NI NN NI NI NN NN NI NN NI NI | HD NG HD HD NG HD HD NG NG NN HD NG NN NI NN NG | 47.2 ± 14.1% | 2/7 |
| 13 | chd (CHD P1) | HD NN HD NI NG HD NG NN NG NN HD NI HD NN NN | NN NN NI NG NN NN NN HD NI NN HD NN HD NN NN | 48.2 ± 3.6% | N/A |
| 14 | micu2 | NG NG NN HD HD NG HD HD NI NG NN NI NG NI NG | HD NG HD NG NN NN NN NG NN NG HD NI NG NN NG | 49.5 ± 7.0% | N/A |
| 15 | micu3b | NG NG HD NG NG NG HD NN NG HD NG NG HD HD NI NN | NG NN NI NI NI NN HD NG NI NG NG NG NG NI NI | 55.9 ± 8.6% | 3/8 |
| 16 | flt3 (FLT P3X) | NG NI NN NG NN NG NN HD NI HD NG NG HD NG NN | NI HD HD NI HD HD NG NN NI NN NI NN NG NG NN | 56.3 ± 12.5% | 2/4 |
| 17 | ndufaf6 | NN NN NI NN NN NI HD NI NN NI NN HD NN NG NI HD | HD NG HD HD NI NG NI NN NN HD NG NG HD HD NI | 59.2 ± 14.9% | 1/2 |
| 18 | ndufa9 | NG NN NG NN NI NG HD HD HD NG NG NI HD HD NN | HD NG NN NI NN NN NG NI HD NI NG NN NI NN NI | 61.1 ± 7.6% | 3/8 |
| 19 | pdss2 | NG NG NN NN NN NI NI HD NI NI NN NI NG NN NN | NG NG NN HD HD NI NI HD NI NN NI NI NI NI NG | 66.7 ± 33.3% | 2/12 |
| 20 | cox4i2 | NG NG NN HD HD NI NI HD NI NN NI NI NI NI NG | HD HD NG NG HD NG NN HD NG NG HD NI NN NN HD NG | 70.9 ± 5.8% | 2/2 |
| 21 | sdha | HD NG NN NG HD NG NN NI NN NN HD HD NN NN HD | NN NN NN NI NI NI NI NN NG NG NG NN NN NG NN NI | 79.2 ± 6.3% | 1/2 |
| 22 | flt3 (FLT P2X) | NI HD HD HD NI NN HD NI NI NN NI NN HD NG NG | NG NI NN NG NN NG NN HD NI HD NG NG HD NG NN | 80.3 ± 5.2% | 3/3 |
| 23 | mcu | NG HD HD NG NN HD NI NN NN NI NN NN HD NN HD NG | NN NI HD NI NN NG HD NG NN NN NG NN NI HD HD | 87.0 ± 6.7% | 3/3 |
| 24 | flt3 (FLT P1X) | NN NG NG NI NG NN NG NI NG NG HD NI HD NN HD | NI HD HD HD NI NN HD NI NI NN NI NN HD NG NG | 88.8 ± 8.1% | 2/2 |
| 25 | tmem70 | NN NG NI NI NN NI NG NN NN NG NI HD NI NI NG NG | NI NN NI NG HD NG HD HD NI NG HD NG NG HD NG NN | 89.1 ± 5.5% | 1/2 |
| 26 | cox10 | NN NN NG NI HD NN NI HD NI NN NN NG NG HD NI NN | NI HD HD NI NN NN HD NG HD NI NN NN HD NG NG | 90.4 ± 5.1% | 1/3 |
| 27 | ndufs4 | NI HD HD NI NN NN HD NG HD NI NN NN HD NG NG | HD NG NG NI NI NG NI NG NN HD NG HD HD NG HD NG | 91.8 ± 6.9% | 2/2 |
| 28 | mftmt | HD HD NN NI NI NN NI NI HD NG NN HD NI HD NG | NI NG HD NG NN HD HD NI NI NI NN NG NI NN HD | 91.8 ± 4.2% | 1/2 |
| 29 | cox6b1 | NI NG NI NN NN NN NI NN HD NN NG HD NI NG NN NN | NI NN NG NG HD NG HD HD NI NN HD NG NG HD NG | 98.8 ± 0.9% | 2/4 |
| 30 | surf1 | NG NI NG NG HD NI NN NI HD NN NG HD NI NN NN | NI NI NI NI NG HD NG NN NI NI NG NG NI HD NI HD | 99.0 ± 0.6% | 1/2 |
In vivo somatic activities (percentage of NEHJ-mediated mutations at the somatic level, based on RFLP assay) and germline transmission efficiencies of 30 TALEN pairs synthesized with the FusX system. FLT P1X, P2X, and P3X are independent TALEN pairs targeting different regions of the flt3 gene, and somatic activities are determined by RFLP assay (n = 3) and presented with the SEM.
a
Germline efficiency is shown as the number of F0 that gave mutant offspring over the total number of F0 screened embryos.
N/A, not applicable as germline testing was not completed for these three TALEN pairs; RFLP, restriction fragment length polymorphism; RVD, repeat-variable diresidue; TALE, transcription activator-like effector; TALEN, TALE as nuclease.