Table S3. Genes and potential biomarkers present for each risk factor for HCC-CC.
| Gene function | Gene name | General | Infectious | Metabolic | Congenital | Autoimmune | Carcinogen | Vascular | |||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Cirrhosis | PHTN | Hepatitis C | Hepatitis B | Cholangitis | Opisthorchiasis | Recurrent cholangitis | NAFLD | NASH | Tyrosinemia | Cystic disease of liver | Biliary cyst | Choledochal cyst | Other congenital malformations of gallbladder | AIH | PBC | PSC | Alcoholic fatty liver | Alcohol | Aflatoxin | PVT | |||||||
| Embryonic | AFP | F | |||||||||||||||||||||||||
| CEACAM3 | |||||||||||||||||||||||||||
| GPC3 | |||||||||||||||||||||||||||
| Hormonal | CCKBR | ||||||||||||||||||||||||||
| SCT | |||||||||||||||||||||||||||
| Cell Adhesion | HGF | ||||||||||||||||||||||||||
| MET | |||||||||||||||||||||||||||
| Cytokeratin | KRT7 | ||||||||||||||||||||||||||
| KRT8 | |||||||||||||||||||||||||||
| KRT18 | |||||||||||||||||||||||||||
| KRT19 | |||||||||||||||||||||||||||
| Mucin Production | MUC2 | ||||||||||||||||||||||||||
| MUC5AC | |||||||||||||||||||||||||||
| Metalloproteins | MME | ||||||||||||||||||||||||||
| MMP7 | |||||||||||||||||||||||||||
| RECK | |||||||||||||||||||||||||||
| TIMP3 | |||||||||||||||||||||||||||
| Ras Signaling | KRAS | ||||||||||||||||||||||||||
| RAF1 | |||||||||||||||||||||||||||
| RASSF1 | |||||||||||||||||||||||||||
| Metabolism | ALPL | ||||||||||||||||||||||||||
| ALPP | |||||||||||||||||||||||||||
| ALPPL2 | |||||||||||||||||||||||||||
| CHKA | |||||||||||||||||||||||||||
| GGT1 | |||||||||||||||||||||||||||
| NAT2 | |||||||||||||||||||||||||||
| PTGS2 | |||||||||||||||||||||||||||
| Apoptosis | MCL1 | ||||||||||||||||||||||||||
| PIK3CA | |||||||||||||||||||||||||||
| TERT | |||||||||||||||||||||||||||
HCC-CC, hepatocellular carcinoma-cholangiocarcinoma; HCC, hepatocellular carcinoma; CC, cholangiocarcinoma; ECM, extracellular membrane; ER, endoplasmic reticulum; MMP, matrix metalloproteinase, GTPase, guanyl triphosphatase; COX, cyclo-oxygenase; BCL-2, B-cell lymphoma 2; ATP, adenosine tri-phosphate; PHTN, portal hypertension; NAFLD, non-alcoholic fatty liver disease; NASH, non-alcoholic steatohepatitis; AIH, autoimmune hepatitis; PBC, primary biliary cirrhosis; PSC, primary sclerosing cholangitis; PVT, portal vein thrombosis.