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. 2016 Aug 8;6:30652. doi: 10.1038/srep30652

Table 2. PCR primers used for COBRA.

ID Gene name Amplified region (UCSC hg19) Position of analyzed CpG (UCSC hg19) PCR primers Product size (bp) Restriction enzyme Fragment size (bp)
1 ALX1 chr12: 85673057-85673382 chr12: 85673201 F: GGAATTAGATGTATTGGTAATTGTTAAT R: AAACCTTTCAAAAACACTAATCCTAAC 326 TaqI 182/144
2 CBLN1 chr16: 49311435-49311838 chr16: 49311581 F: TAAGTTTGAAAGGTTGATTTAGTTGTT R: AAATCCCTATCTATCTCTATAAATCCC 404 TaqI 258/146
5 CORIN chr4: 47839848-47840269 chr4: 47840028 F: GGGATTAAGAGGTTATTATATTTGGTTG R: AAAAACTAACTTTCCATATACCCCTAAAAAAT 422 HpyCH4IV 181/241
8 DUSP6 chr12:89744355-89744564 chr12: 89744471 F: TTTTTATTTGGGTTGTGTTAAAGATTTT R: TTAATCTCACCTATAAAAAAAATAACCTCAAA 210 TaqI 93/117
12 FOXP1 chr3: 71180075-71180444 chr3: 71180142 F: AGATAGGATTGTGATAATTATTTTGGGG R: CTAACTAAACCAAACCCTAACCAAACAC 370 TaqI 303/67
13 GATA2 chr3: 128204757-128205043 chr3: 128204927 F: GGGATTGTTATTTTTTATTTTTATGTTTTT R: ACCCTAAAAACCCACTCTCTATATACCC 287 TaqI 171/116
16 IGLON5 chr19: 51830135-51830609 chr19: 51830512 F: TGGATAGATTTTATTATTTAGAAGTTGGA R: TACTAATCACAATCAACTATAAACCCCC 475 TaqI 98/377
18 NPTX2 chr7: 98248945-98249227 chr7: 98249104 F: TTATAAGTGGTGAAAATTAGGTTATTGTTAGA R: TAACTAAAAACACCAACTCAAAACAAAC 283 TaqI 124/159
20 NTRK2 chr9: 87282683-87282911 chr9: 87282747 F: TTTTTTAAGTGTTTTTTAGGGGTTTTTT R: AAACCAACAAATCTATCTCACCACTATC 229 HpyCH4IV 65/164
22 PART1 chr5:59783983-59784268 chr5: 59784204 F: GTTTTGGAAAGTTGAAAGGGTTGTATT R: AAAAAAAATAAAAATTACCTCAAAC 286 TaqI 220/65
24 PRL chr6: 22294453-22294794 chr6: 22294711 F: TTTGAGATTTTATGGTATTGTTTTTTTT R: AATATCAAACCTACTCCTATACCAAAAC 342 TaqI 259/83
28 STEAP4 chr7: 87936313-87936586 chr7: 87936414 F: AGTTGAGAATTTTAGTAGTTGGAAGGAT R: TACCACCTTTTCTATAAACTAAAACAAAATAA 274 TaqI 102/172