Table 2.
Presence/absence of Secreted In Xylem (SIX)1–14 and three putative novel effectors in Fusarium oxysporum and other selected species.
| Fusarium species | Host | Isolate code | Pathogenicity* | SIX genes† | C5 ‡ | CRX1 § | CRX2 ¶ | |||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | |||||||
| F. oxysporum (FOC) | Onion | A23 | B/S1/S2 | − | − | + | − | + | − | + | − | + | + | − | + | − | + | + | + | 1 |
| F. oxysporum (FOC) | Onion | A19 | B/S1/S2 | − | − | + | − | + | − | + | − | + | + | − | + | − | + | + | + | − |
| F. oxysporum (FOC) | Onion | RO2 | B/S1/S2 | − | − | + | − | + | − | + | − | + | + | − | + | − | + | + | + | 1 |
| F. oxysporum (FOC) | Onion | A14 | B/S1/S2 | − | − | + | − | + | − | + | − | + | + | − | + | − | + | + | + | − |
| F. oxysporum (FOC) | Onion | K3B | B/S1/S2 | − | − | + | − | + | − | + | − | + | + | − | + | − | + | + | + | 1 |
| F. oxysporum (FOC) | Onion | 195 | B/S1/S2 | − | − | + | − | + | − | + | − | + | + | − | + | − | + | + | + | 1 |
| F. oxysporum (FOC) | Onion | FUS2 | B/S1/S2 | − | − | + | − | + | − | + | − | + | + | − | + | − | + | + | + | 1 |
| F. oxysporum (FOC) | Onion | 125 | B/S1/S2 | − | − | + | − | + | − | + | − | + | + | − | + | − | + | + | + | 1 |
| F. oxysporum (FOC) | Onion | FUS3 | B/S1/S2 | − | − | + | − | + | − | + | − | + | + | − | + | − | + | + | + | 1 |
| F. oxysporum (FOC) | Onion | NL70/7 | B/S1/S2 | − | − | + | − | + | − | + | − | + | + | − | + | − | + | + | + | − |
| F. oxysporum (FOC) | Onion | 84 | B/S1/S2 | − | − | + | − | + | − | + | − | + | + | − | + | − | + | + | + | 1 |
| F. oxysporum (FOC) | Onion | M1 | B/S1/S2 | − | − | + | − | + | − | + | − | + | + | − | + | − | + | + | + | 1 |
| F. oxysporum (FOC) | Onion | 224 | B/S1/S2 | − | − | + | − | + | − | + | − | + | + | − | + | − | + | + | + | 1 |
| F. oxysporum (FOC) | Onion | F1 | B/S1/S2 | − | − | + | − | + | − | + | − | + | + | − | + | − | + | + | + | 1 |
| F. oxysporum (FOC) | Onion | S1B | B/S1/S2 | − | − | + | − | + | − | + | − | + | + | − | + | − | + | + | + | − |
| F. oxysporum (FOC) | Onion | A35 | B/S1/S2 | − | − | + | − | + | − | + | − | + | + | − | + | − | + | + | + | 1 |
| F. oxysporum (FOC) | Onion | A21 | B/S1/S2 | − | − | + | − | + | − | + | − | + | + | − | + | − | + | + | + | − |
| F. oxysporum (FOC) | Onion | 244 | B/S1/S2 | − | − | + | − | + | − | + | − | + | + | − | + | − | + | + | + | 1 |
| F. oxysporum (FOC) | Onion | 55 | B/S1 | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | + | + | + | 1 |
| F. oxysporum (FOC) | Onion | HB6 | B | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| F. oxysporum (FOC) | Onion | A1_2 | B/S1 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| F. oxysporum | Onion | G12 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 2 |
| F. oxysporum | Onion | CB3 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| F. oxysporum | Onion | PG | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | 3 |
| F. oxysporum | Onion | R3 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| F. oxysporum | Onion | A13 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| F. oxysporum | Onion | FUS1 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 1 |
| F. oxysporum | Onion | M9 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| F. oxysporum | Onion | JB4 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| F. oxysporum | Onion | HB17 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| F. oxysporum | Onion | A28 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | 2 |
| F. oxysporum | – | FO47 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| F. oxysporum | Onion | HAZ | (+) | − | − | + | − | + | − | + | − | + | + | − | + | − | + | + | + | + |
| F. oxysporum | Leek | L2‐1 | (+) | − | − | + | − | + | − | + | − | + | + | − | + | − | + | + | + | + |
| F. oxysporum | Leek | L9‐1 | (−) | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| F. oxysporum f. sp. lycopersici | Tomato (race 3) | NRRL54003 (MN25) | NT | + | + | + | − | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | − | − | − |
| F. oxysporum f. sp. lycopersici | Tomato (race 1) | FOL1 | NT | NT | NT | NT | + | NT | NT | NT | NT | NT | NT | NT | NT | NT | NT | − | − | − |
| F. oxysporum f. sp. phaseoli | Pinto bean (race 4) | ATCC90245 | NT | − | − | − | − | − | + | − | + | − | − | + | − | − | − | − | − | − |
| F. oxysporum f. sp. pisi | Pea (race 1) | FOP1 | NT | − | − | − | − | − | − | + | − | − | + | + | + | − | + | − | − | − |
| F. oxysporum f. sp. pisi | Pea (race 2) | FOP2 | NT | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | + | − | − | + |
| F. oxysporum f. sp. pisi | Pea (race 5) | FOP5 | NT | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − |
| F. oxysporum f. sp. pisi | Pea | NRRL36311 | NT | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − |
| F. oxysporum f. sp. lini | Linseed | FOLIN | NT | − | − | − | − | − | − | + | − | − | + | − | + | + | − | − | − | − |
| F. oxysporum f. sp. dianthi | Carnation | R207 | NT | − | − | − | − | − | − | + | − | + | + | − | + | − | − | − | − | − |
| F. oxysporum f. sp. narcissi | Daffodil | FOXN7 | NT | − | − | − | − | − | − | + | − | + | + | − | + | − | − | − | − | − |
| F. oxysporum f. sp. narcissi | Daffodil | FOXN139 | NT | − | − | − | − | − | − | + | − | + | + | − | + | − | − | − | − | − |
| F. oxysporum f. sp. freesia | Freesia | NRRL26990 | NT | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| F. oxysporum f. sp. freesia | Freesia | NRRL26988 | NT | − | − | − | − | − | − | + | − | − | + | − | + | + | + | − | − | − |
| F. oxysporum f. sp. cubense | Banana | E421A | NT | + | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | + | − | − | − | − |
| F. proliferatum | Onion | A8 | (+) | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + |
| F. proliferatum | Onion | A40 | (+) | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + |
| F. proliferatum | Onion | SP1‐2 | (+) | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + |
| F. avenaceum | Leek | L5 | NT | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| F. redolens | Onion | NL96 | (−) | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
*Isolate pathogenicity: B, pathogenic on onion bulbs; S1, pathogenic on onion seedlings cv. Napoleon; S2, pathogenic on onion seedlings cv. HZS; –, non‐pathogenic; NT, not tested. Symbols in parentheses refer to preliminary, unpublished pathogenicity data on onion bulbs and/or seedlings.
†GenBank accession numbers KP964963–KP965006.
‡GenBank accession number KP965007.
§GenBank accession number KP965011.
¶GenBank accession numbers KP965008–KP965010 and KP965012–KP965017. Numbers indicate sequence type (Fusarium isolates from onion only, Fig. 6); +, presence of CRX2; −, absence of CRX2.