Table 2. Oligonucleotides used in this study.

Gene	Forward primer	Reverse primer	Tan	Cycles
ATF3	5′-AAGAACGAGAAGCAGCATTTGAT-3′	5′-TTCTGAGCCCGGACAATACAC-3′	60 °C	40
CCND1	5′-GGCGGATTGGAAATGAACTT-3′	5′-TCCTCTCCAAAATGCCAGAG-3′	60 °C	40
DMRT1	5′-AGGGAAACCAAGCCAGAATC-3′	5′-TGCCCCAGTTCTTCACTTTT-3′	60 °C	40
DNMT1	5′-ACCTGGCTAAAGTCAAATCC-3′	5′-ATTCACTTCCCGGTTGTAAG-3′	60 °C	40
DNMT3A	5′-ACTACATCAGCAAGCGCAAG	5′-CATCCACCAAGACACAATGC-3′	60 °C	40
DNMT3B	5′-CCAGCTCTTACCTTACCATC-3′	5′-CAGACATAGCCTGTCGCTTG-3′	56 °C	40
DNMT3L	5′-GCCGTACACAAGATCGAAGG-3′	5′-TTTGGGCTTTTTGGAAAGTG-3′	60 °C	40
DPPA3	5′-GCCACTCAACTCTCTGAAAT-3′	5′-ACTAGGGTTGAGAGTCAAGT-3′	60 °C	40
DPPA5	5′-ATGGGAACTCTCCCGGCACG-3′	5′-TCACTTCATCCAAGGGCCTA-3′	60 °C	40
DUSP6	5′-GCAGCGACTGGAACGAGAAT-3′	5′-ACTGAAGCCACCTTCCAGGTA-3′	60 °C	40
GAL	5′-CTGGTGAGGCCATTCTTGTC-3′	5′-AAGGAAAAACGAGGCTGGAC-3′	60 °C	40
GAPDH	5′-TGCCAAATATGATGACATCAAGAA-3′	5′-GGAGTGGGTGTCGCTGTTG-3′	60 °C	40
ID1	5′-TCCAGCACGTCATCGACTAC-3′	5′-TCAGCGACACAAGATGCG-3′	60 °C	40
ID2	5′-TCAGCCTGCATCACCAGAGA-3′	5′-CTGCAAGGACAGGATGCTGATA-3′	60 °C	40
ID3	5′-TCAGCTTAGCCAGGTGGAAATC-3′	5′-TGGCTCGGCCAGGACTAC-3′	60 °C	40
LIN28	5′-TTCGGCTTCCTGTCCATGAC-3′	5′-CCACTGCCTCACCCTCCTT-3′	60 °C	40
NANOG	5′-CGGAGACTGTCTCTCCTCTTCC-3′	5′-GGTAGGTGCGAGGCCTTCTGC-3′	60 °C	40
OCT3/4	5′-GGGAGATTGATAACTGGTGTGTT-3′	5′-GTGTATATCCCAGGGTGATCCTC-3′	60 °C	40
PRAME	5′-CGTAGACTCCTCCTCTCCCACAT-3′	5′-TGGGCGATATACTGCTCTTCCT-3′	60 °C	40
PRAME-Bisulfite	5′-TTTTGAATGTAGGGAAAGTAGG-3′	5′-AAGGGTAGGGGTATTTTTTTTA-3′	55 °C	40
PRDM1	5′-GGGTGCAGCCTTTATGAGTC-3′	5′-CCTTGTTCATGCCCTGAGAT-3′	60 °C	40
PRDM14	5′-TCCACACAGGGGGTGTACTT-3′	5′-GAGCCTTCAGGTCACAGAGC-3′	60 °C	40
RARB	5′-CTCTGTGCATTCTTGCTTCG-3′	5′-CCAGGAATCGATGCCAATAC-3′	60 °C	40
REX1	5′-TGCCTAGTGTGCTGGTGGT-3′	5′-GGTGGCATTGGAAATAGCAG-3′	60 °C	40
SALL4	5′-GTCATTCCCTGGGTGGTTC-3′	5′-AGCACATCAACTCGGAGGAG-3′	60 °C	40
SOX17	5′-GGCGCAGCAGAATCCAGA-3′	5′-CCACGACTTGCCCAGCAT-3′	60 °C	40
TFAP2C	5′-GGCCCAGCAACTGTGTAAAGA-3′	5′-GCAGTTCTGTATGTTCGTCTCCAA-3′	60 °C	40
ZIC3	5′-GCCAGTTCAGGCTATGAATC-3′	5′-TGCTAGTTTGAACTGCAGAA-3′	60 °C	40

PRAME shRNA 1	5′-GATCCCCAGACAAATGTTCAGTGTGATTTTCAAGAGAAATCACACTGAACATTTGTCTTTTTTA-3′
PRAME shRNA 2	5′-GATCCCCGTTCCATTCAGAGCCGATACATCATTCAAGAGATGATGTATCGGCTCTGAATGGAACTTTTTA-3′