Table 4.
Comparison between different methods of rabies virus variants detection.
| Sample | Host | FAT | Antigenic variant | External RT-PCR | Internal PCR | SYBR Green | GenBank sequence AC number (N gene) |
|||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| D | V | B | S | d | v | b | s | d | v | b | s | |||||
| 1 | Dog 0068 | + | V1 | + | − | − | − | + | − | − | − | + | − | − | − | JQ037820 |
| 2 | Dog 647 | + | V1 | + | − | − | − | + | − | − | − | + | − | − | − | JQ037819 |
| 3 | Dog 659 | + | V1 | + | − | − | − | + | − | − | − | + | − | − | − | JQ037823 |
| 4 | Dog 748 | + | V1 | + | − | − | − | + | − | − | − | + | − | − | − | JQ037821 |
| 5 | Dog 2293 | + | V1 | + | − | − | − | + | − | − | − | + | − | − | − | JQ037824 |
| 6 | Dog 885 | + | V1 | + | − | − | − | + | − | − | − | + | − | − | − | JQ037822 |
| 7 | Cow 658 | + | V8 | − | + | − | − | − | + | − | − | − | + | − | − | JQ037825 |
| 8 | Cow 2688 | + | V8 | − | + | − | − | − | + | − | − | − | + | − | − | JQ037826 |
| 9 | Bat nonhematophagous 757 | + | A | − | − | + | − | − | − | + | − | − | − | + | − | JQ037830 |
| 10 | Bat nonhematophagous 1594 | + | V5 | − | − | + | − | − | − | + | − | − | − | + | − | JQ037829 |
| 11 | Bat nonhematophagous 1079 | + | None | − | − | + | − | − | − | + | − | − | − | + | − | JQ037831 |
| 12 | Vampire bat 3919 | + | None | − | − | + | − | − | + | − | − | − | + | − | − | JQ037827 |
| 13 | Vampire bat 110 | + | Atypical | − | − | + | − | − | + | − | − | − | + | − | − | JQ037828 |
| 14 | Skunk 1369 | + | V8 | − | − | − | + | − | − | − | + | − | − | − | + | JQ037818 |
| 15 | 65EDOMEXDOG05 | − | NA | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | — |
| 16 | 543EDOMEXDOG05 | − | NA | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | — |
| 17 | 642EDOMEXDOG05 | − | NA | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | — |
| 18 | 223EDOMEXDOG05 | − | NA | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | — |
| 19 | 1001EDOMEXDOG05 | − | NA | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | — |
| 20 | 455EDOMEXDOG05 | − | NA | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | — |
| 21 | 755EDOMEXDOG05 | − | NA | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | — |
| 22 | 2187EDOMEXDOG05 | − | NA | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | — |
| 23 | Negative control | − | NA | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | — |
FAT: fluorescent antibody test; Varian antigenic test: V1, dog; V5, Tadarida brasiliensis; V8, skunk; V11, vampire bat; A, atypical; +positive diagnosis. Capital letter: positive external RT-PCR; lowercased letter: positive internal PCR; italic letter: positive SYBR Green. Variants were represented in the following sense: D, dog; V, vampire; B, bat; and S, skunk. Sequences refer to NCBI accession number (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/).