Table 3.

Loci detected for eating and cooking qualities in Panel 1 and Panel 2

Trait			Panel1			Panel 2
	Chr.	Position	P value	MAFa	R squareb	P value	MAFa	R squareb
AAC	6	1765761	5.29 × 10−11	0.436	0.152
	6	1585864				9.21 × 10−8	0.052	0.231
	9	19310549				2.32 × 10−7	0.143	0.214
PRO	5	12559930	1.57 × 10−7	0.110	0.242
	11	22563596	2.47 × 10−6	0.092	0.190
PV	1	5102566				6.31 × 10−5	0.155	0.118
	2	29640874	7.77 × 10−5	0.136	0.118
	5	7944999				4.15 × 10−5	0.086	0.125
	6	1666386	2.86 × 10−5	0.177	0.133
	7	16503569				1.62 × 10−5	0.194	0.139
HPV	1	3541593				1.72 × 10−5	0.164	0.169
	1	27287504	3.51 × 10−5	0.082	0.127
	2	29640874	5.22 × 10−5	0.136	0.121
	5	7944999				2.88 × 10−5	0.086	0.159
	6	1750498	5.19 × 10−6	0.141	0.157
	7	16506178				2.63 × 10−5	0.181	0.161
	11	27792076				6.92 × 10−6	0.147	0.186
CPV	1	3541593				4.78 × 10−6	0.164	0.178
	4	27772775	1.59 × 10−5	0.336	0.130
	6	1750498	3.78 × 10−5	0.141	0.118
	7	16506178				4.68 × 10−6	0.181	0.178
	9	15417525	2.31 × 10−5	0.282	0.125
	11	192690	4.16 × 10−5	0.136	0.116
BD	2	8596549				5.57 × 10−5	0.138	0.102
	6	1765761	1.16 × 10−5	0.441	0.183
	6	1985864				9.85 × 10−5	0.052	0.095
SB	4	24056499				1.09 × 10−6	0.125	0.165
	6	1765761	2.39 × 10−8	0.441	0.261
CS	1	30627943	1.98 × 10−5	0.214	0.111
	6	1765761	2.41 × 10−6	0.441	0.138
	9	15474876	2.19 × 10−5	0.277	0.110
	11	24255295	1.96 × 10−5	0.118	0.111
PeT	2	24259382				7.68 × 10−5	0.086	0.115
	2	27305077	1.11 × 10-5	0.055	0.131
	3	33893179	1.12 × 10−5	0.068	0.131
	6	21443081	8.35 × 10−6	0.059	0.135
	10	23087051	9.69 × 10−6	0.132	0.133
PTemp	6	6757255	1.54 × 10−8	0.491	0.217
	6	21712093	1.11 × 10−6	0.118	0.155
	8	9459681				4.28 × 10−5	0.233	0.141

a: MAF: minor allele frequency; b: R square was calculated by R square of model with SNP minus R square of model without SNP