Table 3. The number of sequences shared by the patients for a given clade after the exclusion of recombinant sequences.
Patient ID | Genotype 3 | Genotype 2 | |||||||||
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1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | |
JYM_1 | 8 | 1 | |||||||||
CBM_2 | 10 | ||||||||||
JZM_7 | 10 | ||||||||||
CBM_8 | 10 | ||||||||||
QCM_9 | 8 | 2 | |||||||||
XAM_10 | 9 | 1 | |||||||||
CYM_40 | 9 | ||||||||||
CBF_33 | 10 | ||||||||||
QCF_34 | 10 | ||||||||||
QCF_35 | 10 | ||||||||||
TSF_37 | 1 | 4 | |||||||||
TCF_55 | 10 | ||||||||||
CYF_38 | 10 | ||||||||||
JZM_58 | 2 | 8 | |||||||||
XZM_27 | 5 | 2 | |||||||||
QCM_32 | 9 | ||||||||||
CYF_41 | 10 | ||||||||||
JZM_39 | 5 | ||||||||||
JZM_46 | 1 | 9 | |||||||||
QCM_31 | 1 | 2 | |||||||||
CYM_36 | 2 | 7 | |||||||||
JZM_23 | 10 | ||||||||||
QCF_3 | 10 |
Patients with recombinant sequences are in bold.