Table A2.

Analysis of noise components in samples.

ID	variance	wave variance	per-SNP variance	wave correlation	per-SNP correlation	wave subtraction factor	per-SNP subtraction factor
3	0.068	0.001	0.067	0.804	0.676	0.409	0.800
15	0.144	0.001	0.142	0.567	0.564	0.393	0.972
36	0.243	0.004	0.238	0.877	0.388	0.997	0.865
38	0.183	0.001	0.181	0.456	0.502	0.314	0.977
48	0.174	0.007	0.167	0.939	0.508	1.405	0.949
49	0.174	0.007	0.167	0.959	0.527	1.419	0.985
50	0.103	0.002	0.101	0.881	0.536	0.626	0.779
62	0.090	0.003	0.087	0.929	0.609	0.886	0.820
71	0.202	0.002	0.200	0.365	0.589	0.274	1.203
76	0.229	0.002	0.226	0.580	0.529	0.511	1.151
97	0.291	0.008	0.282	0.875	0.360	1.427	0.873
101	0.077	0.002	0.075	0.906	0.727	0.717	0.910
111	0.175	0.003	0.172	0.914	0.482	0.903	0.914
112	0.147	0.011	0.134	0.864	0.578	1.671	0.968
129	0.139	0.003	0.135	0.898	0.620	0.964	1.043
131	0.199	0.002	0.196	0.875	0.417	0.790	0.844
141	0.121	0.017	0.101	0.949	0.703	2.297	1.024
144	0.176	0.005	0.170	0.881	0.591	1.141	1.115
168	0.315	0.036	0.275	0.936	0.406	3.234	0.975
182	0.316	0.002	0.313	0.809	0.386	0.704	0.990
189	0.097	0.012	0.084	0.930	0.668	1.874	0.883
193	0.093	0.004	0.088	0.960	0.704	1.174	0.956
412	0.092	0.006	0.086	0.950	0.691	1.304	0.925
421	0.103	0.001	0.102	0.898	0.680	0.598	0.991
422	0.165	0.055	0.102	0.873	0.523	3.763	0.763
425	0.074	0.002	0.073	0.908	0.572	0.653	0.705
430	0.160	0.019	0.138	0.896	0.457	2.265	0.778
438	0.463	0.057	0.399	0.913	0.354	4.006	1.021
442	0.084	0.008	0.076	0.942	0.663	1.496	0.835
451	0.205	0.004	0.200	0.927	0.453	1.111	0.927
461	0.706	0.007	0.696	−0.310	0.228	−0.460	0.868
613	0.090	0.001	0.088	0.850	0.565	0.589	0.767
647	0.157	0.002	0.154	0.766	0.589	0.671	1.059
653	0.079	0.004	0.074	0.938	0.569	1.141	0.707
665	0.123	0.037	0.082	0.896	0.555	3.159	0.726
670	0.152	0.043	0.105	0.906	0.565	3.422	0.837
675	0.084	0.009	0.074	0.951	0.672	1.647	0.837
676	0.078	0.001	0.077	0.646	0.635	0.313	0.807
677	0.208	0.003	0.204	0.901	0.465	0.870	0.960
693	0.133	0.005	0.128	0.953	0.581	1.179	0.952
715	0.095	0.006	0.089	0.950	0.667	1.308	0.911
717	0.134	0.001	0.132	0.522	0.650	0.351	1.081
729	0.189	0.001	0.187	0.606	0.611	0.411	1.209
733	0.198	0.009	0.188	0.947	0.488	1.628	0.967
735	0.173	0.003	0.169	0.901	0.609	0.917	1.144
742	0.114	0.013	0.099	0.956	0.649	2.017	0.936
744	0.108	0.017	0.089	0.921	0.570	2.186	0.779
746	0.253	0.004	0.248	0.906	0.414	1.033	0.943
750	0.114	0.015	0.097	0.940	0.612	2.137	0.874
752	0.103	0.004	0.099	0.937	0.471	1.033	0.679
796	0.247	0.002	0.244	0.015	0.527	0.012	1.192
1020	0.075	0.001	0.074	0.742	0.614	0.348	0.767
1022	0.082	0.001	0.081	0.909	0.644	0.640	0.836
1026	0.066	0.001	0.064	0.861	0.664	0.557	0.770
1028	0.089	0.001	0.088	0.742	0.643	0.380	0.871
1029	0.062	0.001	0.060	0.912	0.661	0.572	0.742
1033	0.087	0.001	0.085	0.820	0.703	0.518	0.940
1034	0.092	0.010	0.081	0.963	0.709	1.732	0.924
1037	0.068	0.001	0.067	0.782	0.633	0.390	0.748
1040	0.114	0.001	0.113	0.639	0.701	0.355	1.077
1041	0.094	0.001	0.093	0.850	0.672	0.546	0.937
1042	0.087	0.003	0.084	0.947	0.695	0.884	0.921
1056	0.098	0.003	0.095	0.941	0.686	0.893	0.966
1063	0.075	0.002	0.072	0.924	0.571	0.832	0.701
1065	0.068	0.003	0.065	0.959	0.657	0.904	0.764
1088	0.092	0.004	0.088	0.918	0.497	1.046	0.675
1091	0.138	0.029	0.105	0.912	0.537	2.854	0.797
1147	0.079	0.002	0.077	0.944	0.717	0.795	0.909
1151	0.087	0.001	0.086	0.688	0.572	0.311	0.769
2110	0.343	0.010	0.332	0.948	0.408	1.715	1.075
2134	0.134	0.008	0.125	0.936	0.551	1.575	0.893
2144	0.093	0.004	0.089	0.953	0.609	1.046	0.832
2240	0.299	0.004	0.294	0.909	0.433	1.060	1.075
2355	0.258	0.026	0.229	0.960	0.530	2.826	1.161
2406	0.195	0.011	0.183	0.940	0.570	1.833	1.113
188c	0.474	0.011	0.461	0.899	0.314	1.715	0.975
D62	0.322	0.003	0.318	0.819	0.340	0.761	0.878