Table 3.
Size of D stem and D, V and T loops of 22 tRNA genes in mt genomes of 250 fishes
| D stem (bp) | D loop (nt) | V loop (nt) | T loop (nt) | ||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| tRNA | 0 | 3 | 4 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 3 | 4 | 5 | 6 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 |
| H-strand coded | |||||||||||||||||||||||||||
| Arg | 250 | 6 | 153 | 86 | 4 | 1 | 1 | 248 | 1 | 1 | 2 | 1 | 244 | 2 | |||||||||||||
| Asp | 250 | 3 | 13 | 29 | 20 | 32 | 86 | 53 | 14 | 1 | 248 | 1 | 2 | 248 | |||||||||||||
| Gly | 250 | 17 | 41 | 61 | 112 | 19 | 249 | 1 | 1 | 1 | 3 | 243 | 2 | ||||||||||||||
| His | 250 | 2 | 6 | 194 | 42 | 6 | 247 | 3 | 5 | 244 | 1 | ||||||||||||||||
| Ile | 250 | 3 | 18 | 116 | 54 | 53 | 6 | 248 | 2 | 1 | 247 | 2 | |||||||||||||||
| Leu (UUR)a | 250 | 1 | 2 | 18 | 209 | 19 | 1 | 186 | 64 | 1 | 1 | 244 | 4 | ||||||||||||||
| Leu (CUN)a | 250 | 1 | 1 | 29 | 219 | 4 | 245 | 1 | 1 | 249 | |||||||||||||||||
| Lys | 250 | 1 | 3 | 6 | 24 | 137 | 65 | 14 | 7 | 243 | 1 | 11 | 238 | ||||||||||||||
| Metb | 252 | 182 | 58 | 12 | 251 | 1 | 6 | 243 | 3 | ||||||||||||||||||
| Phe | 250 | 172 | 54 | 18 | 5 | 1 | 244 | 6 | 1 | 1 | 5 | 208 | 35 | ||||||||||||||
| Ser (AGY)a | 19c | 207 | 24 | 81 | 144 | 6 | 180 | 67 | 3 | 2 | 4 | 244 | |||||||||||||||
| Thr | 250 | 9 | 27 | 145 | 47 | 15 | 6 | 1 | 14 | 236 | 1 | 2 | 7 | 238 | 1 | 1 | |||||||||||
| Trp | 250 | 1 | 17 | 29 | 94 | 76 | 31 | 1 | 1 | 250 | 2 | 2 | 246 | ||||||||||||||
| Val | 250 | 4 | 10 | 35 | 165 | 26 | 10 | 245 | 5 | 1 | 1 | 248 | |||||||||||||||
| L-strand coded | |||||||||||||||||||||||||||
| Ala | 250 | 248 | 1 | 1 | 250 | 2 | 248 | ||||||||||||||||||||
| Asn | 250 | 2 | 242 | 6 | 2 | 248 | 250 | ||||||||||||||||||||
| Cys | 116 | 134 | 140 | 105 | 5 | 250 | 1 | 3 | 109 | 130 | 5 | 1 | 1 | ||||||||||||||
| Gln | 250 | 1 | 236 | 12 | 1 | 247 | 3 | 1 | 1 | 3 | 244 | 1 | |||||||||||||||
| Glud | 249 | 1 | 27 | 201 | 20 | 249 | 1 | 247 | 1 | ||||||||||||||||||
| Proe | 248 | 4 | 29 | 170 | 32 | 7 | 5 | 1 | 247 | 1 | 1 | 244 | 2 | 1 | |||||||||||||
| Ser (UCN)a | 250 | 1 | 2 | 234 | 13 | 1 | 247 | 2 | 1 | 247 | 1 | 1 | |||||||||||||||
| Tyr | 250 | 30 | 39 | 14 | 91 | 76 | 250 | 1 | 3 | 243 | 3 | ||||||||||||||||
aDNA degeneracies are represented by IUB (International Union of Biochemistry) code: N(A C G T), R(A G), Y(C T)
b252 genes compared due to gene duplication
cD-arm replacement loop
d249 genes compared
e248 genes compared