Table 2.

Primers of virulence genes used for qPCR (F: forward; R: reverse).

Primer	Sequence of PCR primers (5′-3′)a	References
E. coli Housekeeping and Virulence Genes
gnd	F: 5′-GGTAATACCTTCTTCCAGGACACC-3′	Rashid et al., 2006
	R: 5′-TAGTGCGCCCTCCTCACC-3′
gst	F: 5′-CTTTGCCGTTAACCCTAAGGG-3′	Pfaffl, 2001
	R: 5′-GCTGCAATGTGCTCTAACCC-3′
recA	F: 5′-CAATATTCCCCACTGCTGCC-3′	Takle et al., 2007
	R: 5′-CACCTAGGCGACGATCCCT-3′
16S	F: 5′-GGTGAGCTGGTTGATCTGGG-3′	Takle et al., 2007
	R: 5′-GCATTCGCTTTACCCTGACC-3′
ler	F: 5′-TTTCTTCTTCAGTGTCCTTCA-3′	Medellin-Pena et al., 2007
	R: 5′-TGCGGAGATTATTTATTATGA-3′
fliC	F: 5′-TACCATCGCAAAAGCAACTCC-3′	Medellin-Pena et al., 2007
	R: 5′-GTCGGCAACGTTAGTGATACC-3′
luxS	F: 5′-GATCATACCCGGATGGAAG-3′	Medellin-Pena et al., 2007
	R: 5′-AGAATGCTACGCGCAATATC-3′
stxB2	F: 5′-AGATGTTTATGGCGGTTTTA-3′	Medellin-Pena et al., 2007
	R: 5′-TTAAACTGCACTTCAGCAAA-3′
qseA	F: 5′-CGCGGATCCCGTTGGCACAGGTTTGTACA-3′	Medellin-Pena et al., 2007
	R: 5′-CGCGGATCCCGTTGGCACAGGTTTGTACA-3′
S. Typhimurium Housekeeping and Virulence Genes
gmk	F: 5′-TTGGCAGGGAGGCGTTT-3′	Rashid et al., 2006
	R: 5′-GCGCGAAGTGCCGTAGTAAT-3′
rpoD	F: 5′-ACATGGGTATTCAGGTAATGGAAGA-3′	Botteldoorn et al., 2006
	R: 5′-CGGTGGGTATTCAGGTAATGGAAGA-3′
16S	F: 5′-AGGCCTTCGGGTTGTAAAGT-3′	Xu et al., 2010
	R: 5′-GTTAGCCGGTGCTTCTTCTG-3′
hilA	F: 5′-TGTCGGAAGATAAAGAGCAT-3′	Guri et al., 2016
	R: 5′-AAGGAAGTATCGCCAATGTA-3′
sopD	F: 5′-ATTAATGCCGGTAACTTTGA-3′	Guri et al., 2016
	R: 5′-CTCTGAAAACGGTGAATAGC-3′
ssrB2	F: 5′-TGGTTTACACAGCATACCAA-3′	Guri et al., 2016
	R: 5′-GGTCAATGTAACGCTTGTTT-3′