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. 2016 Sep 22;10(9):e0004781. doi: 10.1371/journal.pntd.0004781

Table 2. Summary of drug resistance of Nigerian S. Typhi.

Laboratory name Subclade Plasmids Resistance genes gyrA mutations
3135STDY5861196 0.0.1 - - -
3135STDY5861244 0.0.1 - cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
PO_601 0.0.3 - - -
PO_1102 0.0.3 - - -
PO_1131 0.0.3 - - -
3135STDY5861198 0.0.3 - - -
3135STDY5861206 0.0.3 - - -
3135STDY5861239 0.0.3 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
PO_1256 0.0.3 - - -
3135STDY5861254 2.1.0 - - -
3135STDY5861272 2.1.0 - - -
3135STDY5861209 2.2.0 - - -
3135STDY5861359 2.2.0 IncHI1 bla-TEM, tetB -
3135STDY5861290 2.2.0 - - -
3135STDY5861298 2.2.0 - - -
3135STDY5861350 2.2.0 - - -
3135STDY5861287 2.2.0 - - -
3135STDY5861280 2.2.0 - - -
3135STDY5861289 2.2.0 - - -
3135STDY5861337 2.2.0 - - -
3135STDY5861353 2.2.0 - - -
3135STDY5861361 2.2.0 - - -
3135STDY5861369 2.2.0 - - -
3135STDY5861253 2.2.0 - - -
PO_132 2.3.1 IncHI1 dfrA, sul1, tetB, strA, strB, sul2, aad -
PO_107 2.3.1 IncHI1 dfrA, tetB, strA, strB, sul2, aad -
3135STDY5861233 2.3.1 IncHI1 dfrA, sul1, bla-TEM, tetB, strA, strB, sul2, aad -
3135STDY5861241 2.3.1 IncHI1 dfrA, sul1, bla-TEM, tetB, strA, strB, sul2, aad -
3135STDY5861273 2.3.1 IncHI1 dfrA, sul1, bla-TEM, tetB, aad -
3135STDY5861210 2.3.1 - - -
3135STDY5861195 2.3.1 - - -
3135STDY5861342 2.3.1 IncHI1 dfrA, sul1, bla-TEM, tetB, strA, strB, sul2, aad -
3135STDY5861334 2.3.2 - - -
3135STDY5861294 3.1.0 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
PO_30 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
PO_1057 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
PO_1060 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
PO_1063 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
PO_187 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB S83Y
PO_227 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
PO_293 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
PO_351 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
PO_355 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
PO_771 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
PO_812 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
PO_919 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
PO_575 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
PO_1255 3.1.1 - cat, dfrA, sul1 -
PO_1098 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
PO_1101 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
PO_1210 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
PO_1242 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
PO_1265 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861190 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861230 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB S83Y
3135STDY5861262 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861271 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861184 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861208 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861216 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861224 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861232 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861248 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861256 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861264 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861193 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861201 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861217 3.1.1 - - -
3135STDY5861225 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861226 3.1.1 IncHI1 bla-TEM, tetB -
3135STDY5861202 3.1.1 IncHI1 bla-TEM, tetB -
3135STDY5861234 3.1.1 - - -
3135STDY5861242 3.1.1 Kpn3 bla-TEM, strA, strB, sul1, sul2, dfrA, tetA, tetR, qnrS -
3135STDY5861218 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB S83F
3135STDY5861211 3.1.1 IncHI1, IncFIIs cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861235 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861243 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861312 3.1.1 - cat, dfrA, sul1 -
3135STDY5861320 3.1.1 - cat, dfrA, sul1 -
3135STDY5861268 3.1.1 - cat, dfrA, sul1 -
3135STDY5861276 3.1.1 - cat, dfrA, sul1 -
3135STDY5861229 3.1.1 - cat, dfrA, sul1 -
3135STDY5861237 3.1.1 - cat, dfrA, sul1 -
3135STDY5861245 3.1.1 - cat, dfrA, sul1 -
3135STDY5861314 3.1.1 - - -
3135STDY5861330 3.1.1 - - -
3135STDY5861197 3.1.1 - - -
3135STDY5861338 3.1.1 IncY bla-TEM, strA, strB, sul1, dfrA, tetA, tetR S83Y
3135STDY5861351 3.1.1 IncY bla-TEM, strA, strB, sul1, dfrA, tetA, tetR S83Y
3135STDY5861282 3.1.1 IncY bla-TEM, strA, strB, sul1, dfrA, tetA, tetR S83Y
3135STDY5861306 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861322 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861326 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861366 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861279 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861303 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861319 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861327 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861335 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861343 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861367 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861304 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861328 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861336 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861344 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861260 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861189 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861213 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861278 3.1.1 IncHI1 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861286 3.1.1 IncHI1 5 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861251 3.1.1 IncHI1 5 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861259 3.1.1 IncHI1 5 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861212 3.1.1 IncHI1 5 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861220 3.1.1 IncHI1 5 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861228 3.1.1 IncHI1 5 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861252 3.1.1 IncHI1 5 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861236 3.1.1 IncHI1 4 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, -
3135STDY5861368 3.1.1 IncHI1, IncQ1 5 cat, dfrA, sul1, bla-TEM, tetB -
3135STDY5861183 3.3.0 - 0 - -
PO_260 4.1.0 - 0 - -
PO_1232 4.1.0 - 0 - -
3135STDY5861222 4.1.0 - 0 - -
3135STDY5861246 4.1.0 - 0 - -
3135STDY5861270 4.1.0 - 0 - -
3135STDY5861199 4.1.0 - 0 - -
3135STDY5861247 4.1.0 - 0 - -
3135STDY5861205 4.1.0 - 0 - -
PO_1110 4.1.1 Col(RNAI) 0 - -