TABLE 1.
Primers used in the present study and expected sizes of the amplicons
| PCR no. | Primer | Sequence | Expected amplicon size (kb) or presence of amplicon (expected size [bp]) for LOS locus classa: |
||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| I | II | III | IV/V | VI | VII | VIII | IX | X | XI | XII | |||
| 1 | ORF3-F2 | AAA AGC TTG TGG CTG GTG GCC TGA TCA | 7.1 | 9.9 | 7.2 | 12.6 | 13.2 | 15.3 | 18.2 | 7.1 | 11.5 | 11.4 | 11.1 |
| waaV-R | AAG AGC TTT GCA AAG CTG TAT AAA TCA GAC | ||||||||||||
| 2 | 2209-L | TTC AGG TGT TTA TGA TTT GTT TC | + (355) | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 2209-R | GCT TGT GCC TTT GGT ATA AGG | ||||||||||||
| 3 | CstIV-F | TTC CCA GCA GCT ATA AAT GGA | − | + (190) | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| CstIV-R | TTT CAT CTC CAA AAT CCA TGC | ||||||||||||
| 4 | 1541-L | TGG CAA YTA TGG TTT CAA GG | − | + (327) | − | + (327) | + (327) | + (327) | − | − | − | − | − |
| 1541-R | TGC YCT TTC AAA AGC AAA AAA TTC | ||||||||||||
| 5 | 1210-L | AAT TTT GCG TGG AAT GCT TG | − | − | + (337) | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 1210-R | GCT GAA GGC AAT TGA TGA TG | ||||||||||||
| 6 | 1790-L | CCY TAA AYA CYG CTT TTR AAA AC | − | − | − | + (328) | + (328) | + (328) | − | − | − | − | + (328) |
| 1790-R | TGC GTA TCT TGT TGA TTR CAC | ||||||||||||
| 7 | 1920-L | CCA AGC CAG ATT TTC CAA GA | − | − | − | + (229) | − | + (229) | − | − | − | + (229) | + (229) |
| 1920-R | TCG TTA TAG AAA TCA CTT GCC AAT | ||||||||||||
| 8 | 2344-L | AAA GAA AGA GAA GCC AAA GGA G | − | − | − | − | − | + (348) | − | − | − | − | − |
| 2344-R | TCT TGG TTT AAT TTT CGC ATA TTC | ||||||||||||
| 9 | 1790R | TGC GTA TCT TGT TGA TTR CAC | − | − | − | + (2,252) | − | + (4,933) | − | − | − | − | − |
| 1920L | CCA AGC CAG ATT TTC CAA GA | ||||||||||||
| 10 | 38_3454 | ACG CCT AGC GTG TAA ACC AT | − | − | − | − | − | − | + (1,046) | − | − | − | − |
| 38_2031 | ATC GTC CTA TAG CTA CGG GTG A | ||||||||||||
| 11 | CstV-F | TTC CTT TGC AAC ACG AAA TAA | − | − | − | − | − | − | − | + (449) | − | − | − |
| CstV-R | GTT TTG GAG CTA GCG GAA TA | ||||||||||||
| 12 | 45_8 | GTG CTT GAG CGC AAT CTT CT | − | − | − | − | − | − | − | − | + (1,036) | + (1,036) | − |
| 45_1 | GAG GGG CCT TAT GGA GCA AA | ||||||||||||
a
The amplicon sizes for PCR 1 are expressed in kilobases, while all others are expressed in base pairs.