Table 2.
Taxa of TE transcripts’ top hits in querying against NCBI BLAST Nucleotide database
| Group | Superfamily | Arthropoda | Actinopterygii | Mollusca | Echinodermata | Brachiopoda | Enteropneusta | Annelida | Alveolata | Cyclostomata | Cnidaria | Nematoda | Platyhelminthes | Bacteria | Viruses | Embryophyta | Mammalia | Aves | Total (number of transcripts) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Non-LTR retrotransposon | Ingi | 1 | 1 | ||||||||||||||||
| Nimb | 6 | 2 | 1 | 1 | 2 | 1 | 13 | ||||||||||||
| Crack | 1 | 1 | |||||||||||||||||
| RTE | 63 | 1 | 5 | 1 | 3 | 1 | 3 | 6 | 1 | 84 | |||||||||
| Daphne | 1 | 1 | 2 | ||||||||||||||||
| CR1 | 11 | 7 | 8 | 1 | 27 | ||||||||||||||
| Penelope | 1 | 1 | 1 | 30 | 33 | ||||||||||||||
| LTR retrotransposon | BEL | 3 | 23 | 6 | 32 | ||||||||||||||
| Copia | 5 | 5 | |||||||||||||||||
| Gypsy | 5 | 20 | 4 | 7 | 3 | 39 | |||||||||||||
| DNA transposon | hAT | 1 | 1 | ||||||||||||||||
| EnSpm | 1 | 1 | |||||||||||||||||
| Unknown | Unknown | 1 | 2 | 2 | 5 | ||||||||||||||
| Total (number of transcripts) | 87 | 43 | 28 | 1 | 9 | 5 | 1 | 1 | 3 | 9 | 8 | 10 | 1 | 30 | 3 | 4 | 1 | 244 | |