Table 1.

Protein sequences used in the homology modeling of the NS5 RdRp for all four dengue virus serotypes

Serotype	UniProt – RdRp	Structures of NS5 RdRp at Protein Data Bank	NS5 RdRp homology model	PDB template for homology modeling
DENV-1	POLG_DEN 1B P27909|2733-3392	None	POLG_DEN1B-1.pdb	4C11
			POLG_DEN1B-2.pdb	3VWS
			POLG_DEN1B-3.pdb	4C11
	POLG_DEN1W P17763|2733-3392	None	POLG_DEN1W-1.pdb	4C11
			POLG_DEN1W-2.pdb	3VWS
			POLG_DEN1W-3.pdb	4C11
DENV-2	POLG_DEN2J P07564|2732-3391	None	POLG_DEN2J-1.pdb	4C11
			POLG_DEN2J-2.pdb	4C11
			POLG_DEN2J-3.pdb	3VWS
	POLG_DEN2N P14340|2732-3391	None	POLG_DEN2N-1.pdb	4C11
			POLG_DEN2N-2.pdb	4C11
			POLG_DEN2N-3.pdb	3VWS
	POLG_DEN2P P12823|2729-3388	None	POLG_DEN2P-1.pdb	4C11
			POLG_DEN2P-2.pdb	3VWS
			POLG_DEN2P-3.pdb	4C11
	POLG_DEN26 P29990|2732-3391	None	POLG_DEN26-1.pdb	4C11
			POLG_DEN26-2.pdb	4C11
			POLG_DEN26-3.pdb	3VWS
	POLG_DEN27 P29991|2732-3391	None	POLG_DEN27-1.pdb	4C11
			POLG_DEN27-2.pdb	4C11
			POLG_DEN27-3.pdb	3VWS
	POLG_DEN28 P14337|2732-3391	None	POLG_DEN28-1.pdb	4C11
			POLG_DEN28-2.pdb	4C11
			POLG_DEN28-3.pdb	3VWS
DENV-3	POLG_DEN3I Q5UB51|2730-3390	4V0Q, 4V0R, 5DTO	POLG_DEN3-1.pdb	4V0Q
			POLG_DEN3-2.pdb	4V0R
			POLG_DEN3-3.pdb	5DTO
	Q6DLV0_9FLAV Q6DLV0|2730-3390	2J7U, 2J7W, 3VWS, 4C11, 4HHJ	Q6DLV0_9FLAV-1.pdb	5DTO
			Q6DLV0_9FLAV-2.pdb	4V0R
			Q6DLV0_9FLAV-3.pdb	4V0R
DENV-4	POLG_DEN4P Q58HT7|2728-3387	None	POLG_DEN4D-1.pdb	4C11
			POLG_DEN4D-2.pdb	4V0R
			POLG_DEN4D-3.pdb	4V0Q
	POLG_DEN4D P09866|2728-3387	None	POLG_DEN4P-1.pdb	4C11
			POLG_DEN4P-2.pdb	4V0R
			POLG_DEN4P-3.pdb	4V0Q
	POLG_DEN4T Q2YHF0|2728-3387	None	POLG_DEN4T-1.pdb	5DTO
			POLG_DEN4T-2.pdb	4V0R
			POLG_DEN4T-3.pdb	4C11

Notes: UniProt code includes information of the number of aminoacids for the polymerase into the full-length polyprotein. Models are available at http://docking.umh.es/

Abbreviations: NS5, nonstructural protein 5; RdRp, RNA-dependent RNA polymerase; PDB, Protein Data Bank.