Table 2. Steady-state kinetic parameters of BamHI MTase methylation of variant duplexes containing a canonical or defective recognition site.

Substrate	ODN combination	Structure of recognition site	Km (nM)	kcat (× 10−3 s−1)	kcat/Km(M−1 s−1)	Relative kcat/Kma
d1	n1 + n2	–G–G–A–T–C–C–	38.8 ± 4.2	17.7 ± 0.3	460	(1.00)
		–C–C–T–A–G–G–
d2	n2 + n1m	–G–G–A–T–C–C–	38.0 ± 4.0	16.0 ± 0.3	410	0.90
		–C–C–T–M–G–G–
d3	n14b	–G–G–A–T–C–C–	304 ± 53	9.2 ± 0.5	30	0.07
		–C–C–T–A–G–G–
d4	n1	–G–G–A–T–C–C–	310 ± 43	5.8 ± 0.3	19	0.04
d5	n1 + n13	–G–G–A–T–C–C–	1730 ± 390	0.58 ± 0.07	0.34	0.0007
		–C–C–A–T–G–G–
d6	n1 + n3 + n4	–G–G–A–T–C–C–	95.6 ± 11.8	3.0 ± 0.1	31	0.07
		–C∧C–T–A–G–G–
d7	n1 + n5 + n6	–G–G–A–T–C–C–	198 ± 46	0.14 ± 0.01	0.69	0.002
		–C–C∧T–A–G–G–
d8	n1 + n7 + n8	–G–G–A–T–C–C–	274 ± 31	5.8 ± 0.2	21	0.05
		–C–C–T∧A–G–G–
d9	n1 + n9 + n10	–G–G–A–T–C–C–	35.0 ± 3.7	14.0 ± 0.3	400	0.88
		–C–C–T–A∧G–G–
d10	n1 + n11 + n12	–G–G–A–T–C–C–	18.2 ± 5.1	17.8 ± 0.8	980	2.2
		–C–C–T–A–G∧G–
d11	n1 + n4	–G–G–A–T–C–C–	68.0 ± 11.0	2.3 ± 0.1	33	0.07
		… C–T–A–G–G–
d12	n1 + n3 + n6	–G–G–A–T–C–C–	—	0	—	—
		–C … T–A–G–G–
d13	n1 + n5 + n8	–G–G–A–T–C–C–	—	0	—	—
		–C–C … A–G–G–
d14	n1 + n7 + n10	–G–G–A–T–C–C–	386 ± 100	0.43 ± 0.02	1.1	0.002
		–C–C–T … G–G–
d15	n1 + n9 + n12	–G–G–A–T–C–C–	16.7 ± 2.9	12.5 ± 0.3	750	1.6
		–C–C–T–A … G–
d16	n1 + n11	–G–G–A–T–C–C–	16.4 ± 4.4	22.0 ± 0.8	1300	3.0
		–C–C–T–A–G …
d17	n1 + n9	–G–G–A–T–C–C–	11.8 ± 4.1	15.0 ± 1.3	1200	2.8
		–C–C–T–A ……

^‘∧’Signifies the absence of an internucleotide phosphate; ‘…’ signifies absence of a nucleotide residue.

M = N⁶-methyladenine.

^ak_cat/K_m values are relative to that for canonical duplex 1.

^b12mer self-complementary oligonucleotide.