Table 5. Error rate for estimation of missing genotypes for HapMap3 data with 3000 markers.

Method	Error Rate
	5% Masked	10% Masked	25% Masked	50% Masked	60% Masked	70% Masked	80% Masked	90% Masked
fastPHASE	0.2329	0.1978	0.3174	0.3085	0.3047	0.3070	0.3066	0.3055
Beagle	0.1323	0.1335	0.1353	0.1496	0.1596	0.1696	0.1761	0.1933
Mendel	0.0300	0.0330	0.0394	0.0572	0.0677	0.0820	0.1034	0.1510
LRMC-s	0.0296	0.0320	0.0384	0.0562	0.0670	0.0809	0.1018	0.1469
BCU-1	0.1377	0.1398	0.1428	0.1459	0.1504	0.1574	0.1684	0.1816
BCU-2	0.1377	0.1392	0.1429	0.1459	0.1502	0.1570	0.1690	0.1816
BCU-3	0.1377	0.1392	0.1429	0.1459	0.1502	0.1570	0.1690	0.1816
MBI-BL	0.1388	0.1400	0.1425	0.1463	0.1508	0.1572	0.1679	0.1815