Table 2.

Relative abundances (%) of the most abundant OTUs in different gut sites of control birds (day 1–28).

OTUs ID	Jejunum mucosa		Jejunum content		Cecum mucosa		Cecum content		JM-JC		CM-CC		JM-CM		JC-CC
	Mean	SD	Mean	SD	Mean	SD	Mean	SD	P-values	q-valuesa	P-values	q-valuesa	P-values	q-valuesa	P-values	q-valuesa
OTU 49	0	0.02	0.05	0.11	0.01	0.02	0.01	0.02	0.056	0.164	0.655	0.858	0.366	0.623	0.133	0.326
OTU 25	1.89	4.01	0.06	0.07	1.05	2.95	0.01	0.02	0.001	0.011	0.015	0.067	0.365	0.623	0.001	0.011
OTU 5	12.41	25.84	13.09	21.85	0.28	0.56	0.07	0.09	0.920	0.990	0.039	0.134	0.002	0.017	0.001	0.011
OTU 30	0.45	1.45	0.40	0.72	0.74	1.11	1.25	2.09	0.913	0.990	0.385	0.643	0.808	0.946	0.059	0.170
OTU 9	0.90	2.72	1.03	3.05	3.56	9.78	5.82	15.04	0.938	0.990	0.514	0.765	0.196	0.401	0.091	0.244
OTU 13	1.34	5.22	0.75	1.84	1.36	4.51	1.41	4.43	0.714	0.890	0.831	0.946	0.940	0.990	0.549	0.770
OTU 15	0.07	0.20	0.13	0.32	1.17	1.98	4.21	9.38	0.792	0.942	0.095	0.250	0.005	0.030	0.001	0.011
OTU 18	2.36	8.46	2.34	6.03	0.08	0.23	0.03	0.09	0.961	0.994	0.409	0.665	0.081	0.220	0.013	0.059
OTU 21	0.65	2.01	0.32	0.87	0.53	1.11	1.08	3.21	0.588	0.787	0.599	0.796	0.812	0.946	0.294	0.526
OTU 33	0.96	1.38	2.57	5.92	0	0	0	0	0.341	0.603			0.001	0.011
OTU 12	0.95	2.20	1.25	4.71	2.42	5.21	5.41	11.82	0.776	0.929	0.285	0.519	0.491	0.739	0.131	0.326
OTU 28	3.21	7.19	2.99	7.77	0	0	0	0	0.941	0.990	0.006	0.034	0.001	0.011	0.001	0.011
OTU 37	0.12	0.56	0	0.01	0.39	1.93	0.07	0.28	0.140	0.326	0.939	0.990	0.947	0.991	0.177	0.379
OTU 40	0.05	0.11	1.08	1.53	0	0	0.10	0.44	0.001	0.011	0.464	0.722	0.001	0.011	0.008	0.043
OTU 3	10.36	20.66	18.43	23.28	0.39	0.63	1.52	5.30	0.252	0.475	0.517	0.765	0.001	0.011	0.002	0.017
OTU 26	0.03	0.07	0.03	0.06	1.34	2.35	1.75	3.25	0.483	0.737	0.691	0.875	0.001	0.011	0.003	0.020
OTU 19	0.80	1.99	0.22	0.57	1.09	2.22	1.01	2.17	0.189	0.395	0.979	0.997	0.961	0.994	0.134	0.326
OTU 44	0.04	0.15	0.02	0.04	0.06	0.12	0.07	0.14	0.748	0.908	0.660	0.858	0.452	0.715	0.052	0.155
OTU 39	0.02	0.07	0.01	0.02	0.07	0.20	0.08	0.19	0.769	0.927	0.726	0.893	0.253	0.475	0.046	0.147
OTU 29	0	0	0	0	0	0	0	0			0.002	0.017
OTU 2	10.86	14.76	24.38	24.19	0.13	0.26	0.31	1.13	0.046	0.147	0.817	0.946	0.001	0.011	0.001	0.011
OTU 38	1.51	5.31	0.17	0.67	0	0	0	0	0.145	0.326			0.002	0.017
OTU 42	0.51	1.20	0.01	0.03	0.67	1.71	0.01	0.03	0.012	0.057	0.041	0.136	0.717	0.890	0.669	0.864
OTU 17	0.46	1.30	0.02	0.05	2.79	7.57	0.05	0.15	0.041	0.136	0.063	0.176	0.243	0.466	0.571	0.770
OTU 1	14.87	24.08	5.33	7.93	22.17	26.59	13.03	17.69	0.069	0.190	0.231	0.452	0.295	0.526	0.062	0.176
OTU 11	0.69	1.32	0.51	0.97	2.63	7.62	3.10	5.11	0.362	0.623	0.692	0.875	0.458	0.719	0.003	0.020
OTU 4	0.51	2.00	0.17	0.56	1.34	4.60	2.14	7.58	0.571	0.770	0.611	0.806	0.525	0.770	0.147	0.326
OTU 48	0	0	0	0	0	0	0	0			0.036	0.131
OTU 14	0.24	0.69	0.22	0.43	3.77	8.30	4.66	10.97	0.542	0.770	0.747	0.908	0.023	0.091	0.004	0.025
OTU 46	0	0.02	0.01	0.02	0.26	0.65	0.25	0.50	0.348	0.609	0.991	1.000	0.028	0.106	0.039	0.134
OTU 31	0.23	0.55	0.05	0.12	0.87	1.67	0.33	0.51	0.137	0.326	0.170	0.368	0.166	0.364	0.016	0.068
OTU 45	0.05	0.09	0.01	0.01	0.35	0.56	1.02	1.62	0.023	0.091	0.096	0.250	0.016	0.068	0.004	0.025
OTU 10	0.37	1.03	0.20	0.46	4.39	11.22	4.97	10.40	0.477	0.736	0.824	0.946	0.013	0.059	0.003	0.020
OTU 32	0.12	0.43	0.23	0.79	0	0	0	0	0.540	0.770	0.868	0.975	0.012	0.057	0.006	0.034
OTU 8	0.28	1.29	0.03	0.10	1.43	5.01	2.34	7.10	0.537	0.770	0.551	0.770	0.370	0.624	0.138	0.326
OTU 6	1.17	3.54	0.13	0.28	9.20	15.81	1.39	1.56	0.238	0.461	0.007	0.039	0.021	0.087	0.001	0.011
OTU 36	0.03	0.11	0.11	0.22	0.68	1.66	0.25	0.49	0.144	0.326	0.263	0.488	0.003	0.020	0.220	0.445
OTU 35	0.57	1.28	0.02	0.04	0.90	2.13	0.02	0.08	0.012	0.057	0.034	0.126	0.542	0.770	0.867	0.975
OTU 7	1.07	2.73	1.41	2.66	3.52	7.28	6.47	12.19	0.832	0.946	0.282	0.518	0.125	0.320	0.037	0.132
OTU 16	0.73	3.50	0.27	1.01	1.41	3.77	1.96	4.92	0.905	0.990	0.562	0.770	0.400	0.656	0.146	0.326
OTU 27	0.98	2.31	0.02	0.07	1.56	4.02	0.01	0.05	0.012	0.057	0.048	0.151	0.563	0.770	0.719	0.890
OTU 20	1.68	4.52	0.05	0.18	0.86	4.28	0.91	4.07	0.049	0.151	0.981	0.997	0.448	0.715	0.997	1.000
OTU 50	0.09	0.15	0.84	0.95	0	0.01	0.06	0.23	0.001	0.011	0.486	0.737	0.001	0.011	0.002	0.017
OTU 22	0	0	0	0.02	0	0	0	0.01			0.231	0.452			0.882	0.985
OTU 47	0.12	0.53	0	0.02	0.32	1.55	0.06	0.22	0.191	0.395	0.917	0.990	0.933	0.990	0.180	0.381
OTU 41	0	0.01	0	0	0	0	0	0			0.228	0.452	1.000	1.000
OTU 23	0.12	0.50	0.01	0.02	0.07	0.20	0.09	0.23	0.136	0.326	0.682	0.874	0.819	0.946	0.024	0.093
OTU 43	0.01	0.03	0	0	0	0	0	0
OTU 34	0.03	0.14	0	0	0.06	0.16	0.14	0.38	0.903	0.990	0.417	0.672	0.390	0.645	0.051	0.155
OTU 24	0.11	0.52	0.18	0.39	1.18	1.89	1.10	1.90	0.567	0.770	0.973	0.997	0.001	0.011	0.003	0.020

^aq-value: The False Discovery Rate (FDR) adjusted p-value using Benjamini and Hochberg method and the q < 0.25 after FDR correction considered significant. Statistically significant values are formatted in bold.