Table 3.

Relative abundances (%) of the most abundant OTUs in different gut sites of infected birds (days 21 and 28).

OTUs ID	Jejunum mucosa		Jejunum content		Cecum mucosa		Cecum content		JM-JC		CM-CC		JM-CM		JC-CC
	Mean	SD	Mean	SD	Mean	SD	Mean	SD	P-values	q-valuesa	P-values	q-valuesa	P-values	q-valuesa	P-values	q-valuesa
OTU 49	0.18	0.28	0.43	0.98	0.61	1.44	0.52	0.91	0.689	0.880	0.936	0.989	0.550	0.791	0.516	0.776
OTU 25	0.02	0.04	0.08	0.09	0.00	0.00	0	0	0.077	0.178			0.063	0.168
OTU 5	1.65	2.21	8.89	6.18	0.01	0.01	0	0	0.009	0.043	0.761	0.927	0.001	0.007	0.001	0.007
OTU 30	0.31	0.94	0.06	0.08	0.30	0.38	0.16	0.12	0.957	0.989	0.355	0.596	1.000	1.000	0.013	0.056
OTU 9	0.17	0.39	0.14	0.14	1.47	4.29	2.06	5.88	0.903	0.987	0.575	0.791	0.530	0.785	0.217	0.408
OTU 13	0.64	1.06	0.72	1.35	2.87	3.77	2.65	2.58	0.955	0.989	0.950	0.989	0.056	0.159	0.020	0.071
OTU 15	0.08	0.13	0.01	0.02	1.24	0.89	2.13	1.23	0.049	0.146	0.040	0.126	0.001	0.007	0.001	0.007
OTU 18	4.67	9.39	6.34	11.77	0.19	0.44	0.14	0.36	0.572	0.791	0.857	0.986	0.102	0.218	0.011	0.051
OTU 21	0.28	0.58	0.16	0.19	1.63	2.60	1.93	2.41	0.565	0.791	0.611	0.611	0.085	0.191	0.009	0.043
OTU 33	1.11	1.14	0.13	0.13	0.00	0.00	0.00	0.00	0.008	0.041	1.000	1.000	0.001	0.007	0.001	0.007
OTU 12	0.51	0.74	0.06	0.08	0.06	0.09	0.05	0.05	0.056	0.159	0.929	0.989	0.062	0.168	0.796	0.949
OTU 28	1.19	1.20	0.20	0.21	0.00	0.00	0.00	0.00	0.015	0.060	0.016	0.060	0.001	0.007	0.001	0.007
OTU 37	0.14	0.27	0.01	0.02	0.35	0.18	0.51	0.27	0.074	0.178	0.077	0.178	0.207	0.394	0.001	0.007
OTU 40	0.07	0.08	1.35	0.83	0.01	0.01	0.00	0.01	0.001	0.007	0.881	0.987	0.008	0.041	0.001	0.007
OTU 3	11.02	13.33	29.61	19.69	0.52	0.56	0.41	0.45	0.067	0.173	0.865	0.986	0.004	0.023	0.001	0.007
OTU 26	0	0	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.01	0.542	0.791	0.801	0.949	0.070	0.176	0.990	1.000
OTU 19	0.14	0.29	0.31	0.24	3.24	7.48	2.09	5.77	0.372	0.613	0.614	0.823	0.107	0.223	0.441	0.700
OTU 44	0.43	1.20	0.07	0.12	0.49	0.94	1.06	2.17	0.594	0.809	0.574	0.791	0.552	0.791	0.014	0.059
OTU 39	0.02	0.05	0.13	0.20	0.59	0.79	1.02	1.34	0.072	0.178	0.318	0.539	0.001	0.007	0.016	0.060
OTU 29	0.30	0.66	0.01	0.03	3.92	6.25	0.38	0.51	0.052	0.152	0.049	0.146	0.036	0.115	0.005	0.028
OTU 2	19.98	22.32	23.46	10.10	0.85	1.46	0.19	0.30	0.834	0.975	0.285	0.493	0.002	0.012	0.001	0.007
OTU 38	0	0.01	0	0	0	0	0	0	0.690	0.012
OTU 42	0	0	0	0	0	0	0	0
OTU 17	0.62	1.33	0.25	0.31	4.45	6.58	0.12	0.18	0.451	0.703	0.002	0.012	0.091	0.201	0.531	0.785
OTU 1	0.11	0.18	0.81	1.36	0.28	0.40	0.19	0.36	0.145	0.292	0.760	0.927	0.280	0.491	0.255	0.455
OTU 11	1.09	1.39	0.10	0.10	2.01	2.44	2.31	3.56	0.026	0.086	0.761	0.927	0.907	0.987	0.007	0.038
OTU 4	3.43	6.60	0.13	0.11	12.51	8.03	16.82	10.92	0.154	0.303	0.162	0.315	0.016	0.060	0.001	0.007
OTU 48	0.41	1.14	0.01	0.02	2.29	7.23	0.38	1.17	0.225	0.414	0.747	0.927	0.817	0.962	0.222	0.413
OTU 14	0.24	0.65	0.07	0.07	0.45	0.84	1.41	2.08	0.364	0.606	0.122	0.251	0.619	0.824	0.076	0.178
OTU 46	0.21	0.60	0.01	0.02	0.49	0.81	0.52	0.87	0.306	0.524	0.757	0.927	0.396	0.646	0.016	0.060
OTU 31	0.03	0.06	0.03	0.04	0.37	0.52	0.08	0.07	0.955	0.989	0.057	0.159	0.012	0.055	0.019	0.068
OTU 45	0	0	0	0	0	0	0	0			1.000	1.000			0.281	0.491
OTU 10	0.26	0.82	0.09	0.12	0.29	0.57	0.22	0.30	0.960	0.989	0.896	0.987	0.891	0.987	0.175	0.336
OTU 32	2.90	3.72	3.80	3.98	0.18	0.46	0.05	0.11	0.872	0.986	0.567	0.791	0.004	0.023	0.001	0.007
OTU 8	1.21	2.88	0.05	0.09	7.75	7.99	6.25	8.70	0.036	0.115	0.917	0.989	0.021	0.073	0.001	0.007
OTU 6	0.82	1.99	0.10	0.13	4.11	2.46	1.24	1.97	0.455	0.703	0.026	0.086	0.019	0.068	0.001	0.007
OTU 36	0.21	0.40	0.23	0.21	0.34	0.37	0.19	0.22	0.893	0.987	0.441	0.700	0.473	0.724	0.871	0.986
OTU 35	0	0	0	0	0	0	0	0
OTU 7	0.24	0.40	0.08	0.17	4.65	13.62	6.23	18.65	0.095	0.205	0.692	0.880	0.501	0.760	0.062	0.168
OTU 16	0.19	0.27	0.29	0.47	1.37	1.80	1.55	1.94	0.776	0.932	0.653	0.862	0.074	0.178	0.048	0.146
OTU 27	0	0	0	0	0	0	0	0
OTU 20	0.22	0.67	0.03	0.05	4.32	13.62	0.62	1.88	0.849	0.986	0.770	0.932	0.576	0.791	0.424	0.686
OTU 50	0.10	0.17	1.20	0.73	0.01	0.01	0.01	0.01	0.001	0.007	0.979	1.000	0.013	0.056	0.001	0.007
OTU 22	0.14	0.42	0	0	2.08	5.32	3.60	9.82	0.107	0.223	0.671	0.877	0.236	0.430	0.001	0.007
OTU 47	0.03	0.06	0.01	0.01	0.20	0.10	0.31	0.23	0.244	0.440	0.092	0.201	0.001	0.007	0.001	0.007
OTU 41	0.99	2.99	0	0	0.50	0.87	1.28	3.32			0.723	0.913	0.923	0.989
OTU 23	0.63	1.18	0.02	0.02	2.39	2.31	2.88	2.65	0.124	0.252	0.448	0.703	0.064	0.168	0.001	0.007
OTU 43	8.90	28.14	0	0	0	0	0	0
OTU 34	0.02	0.05	0	0	0.85	0.79	1.54	1.09	0.148	0.294	0.068	0.173	0.001	0.007	0.001	0.007
OTU 24	0	0	0.05	0.07	0.15	0.13	0.12	0.11			0.674	0.877			0.082	0.187

^aq-value: The False Discovery Rate (FDR) adjusted p-value using Benjamini and Hochberg method and the q < 0.25 after FDR correction considered significant. Statistically significant values are formatted in bold.