Table 1.

Biochemical kinetics involved in apoptosis signaling pathways.

Extrinsic pathway	$\mathrm{S}\mathrm{e}\mathrm{c}\mathrm{r}\mathrm{e}\mathrm{t}\mathrm{o}\mathrm{m}\mathrm{e}+\mathrm{F}\mathrm{a}\mathrm{s}\mathrm{L}\stackrel{k_{\mathrm{11}}}{⟶}{\mathrm{F}\mathrm{a}\mathrm{s}\mathrm{L}}^{\ast }$
	${\mathrm{F}\mathrm{a}\mathrm{s}\mathrm{L}}^{\ast }+\mathrm{C}\mathrm{a}\mathrm{s}\mathrm{p}\mathrm{8}\underset{k_{\mathrm{12}}^{-}}{\overset{k_{\mathrm{12}}^{+}}{\rightleftharpoons }}{\mathrm{F}\mathrm{a}\mathrm{s}\mathrm{L}}^{\ast }.\mathrm{C}\mathrm{a}\mathrm{s}\mathrm{p}\mathrm{8}\stackrel{k_{\mathrm{13}}}{\to }{\mathrm{C}\mathrm{a}\mathrm{s}\mathrm{p}\mathrm{8}}^{\ast }$
	${\mathrm{C}\mathrm{a}\mathrm{s}\mathrm{p}\mathrm{8}}^{\ast }+\mathrm{B}\mathrm{i}\mathrm{d}\underset{k_{\mathrm{51}}^{-}}{\overset{k_{\mathrm{51}}^{+}}{\rightleftharpoons }}{\mathrm{C}\mathrm{a}\mathrm{s}\mathrm{p}\mathrm{8}}^{\ast }.\mathrm{B}\mathrm{i}\mathrm{d}\stackrel{k_{\mathrm{52}}}{⟶}\mathrm{t}\mathrm{B}\mathrm{i}\mathrm{d}$
	${\mathrm{C}\mathrm{a}\mathrm{s}\mathrm{p}\mathrm{8}}^{\ast }+\mathrm{C}\mathrm{a}\mathrm{s}\mathrm{p}\mathrm{3}\underset{k_{\mathrm{14}}^{-}}{\overset{k_{\mathrm{14}}^{+}}{\rightleftharpoons }}{\mathrm{C}\mathrm{a}\mathrm{s}\mathrm{p}\mathrm{8}}^{\ast }.\mathrm{C}\mathrm{a}\mathrm{s}\mathrm{p}\mathrm{3}\stackrel{k_{\mathrm{15}}}{\to }{\mathrm{C}\mathrm{a}\mathrm{s}\mathrm{p}\mathrm{8}}^{\ast }+{\mathrm{C}\mathrm{a}\mathrm{s}\mathrm{p}\mathrm{3}}^{\ast }\stackrel{k_{\mathrm{16}}}{⟶}\mathrm{A}\mathrm{p}\mathrm{o}\mathrm{p}\mathrm{t}\mathrm{o}\mathrm{s}\mathrm{i}\mathrm{s}$
Intrinsic pathway	$\mathrm{S}\mathrm{e}\mathrm{c}\mathrm{r}\mathrm{e}\mathrm{t}\mathrm{o}\mathrm{m}\mathrm{e}+\mathrm{D}\mathrm{N}\mathrm{A}\stackrel{k_{\mathrm{21}}}{⟶}\mathrm{D}\mathrm{N}\mathrm{A}\mathrm{d}\mathrm{a}\mathrm{m}\mathrm{a}\mathrm{g}\mathrm{e}$
	$\mathrm{D}\mathrm{N}\mathrm{A}\mathrm{d}\mathrm{a}\mathrm{m}\mathrm{a}\mathrm{g}\mathrm{e}+\mathrm{A}\mathrm{T}\mathrm{R}\stackrel{k_{\mathrm{22}}}{⟶}{\mathrm{A}\mathrm{T}\mathrm{R}}^{\ast }$
	${\mathrm{A}\mathrm{T}\mathrm{R}}^{\ast }+\mathrm{p}\mathrm{53}\underset{k_{\mathrm{23}}^{-}}{\overset{k_{\mathrm{23}}^{+}}{\rightleftharpoons }}{\mathrm{A}\mathrm{T}\mathrm{R}}^{\ast }.\mathrm{p}\mathrm{53}\stackrel{k_{\mathrm{24}}}{⟶}{\mathrm{p}\mathrm{53}}^{\ast }$
	${\mathrm{p}\mathrm{53}}^{\ast }+\mathrm{B}\mathrm{a}\mathrm{x}\underset{k_{\mathrm{25}}^{-}}{\overset{k_{\mathrm{25}}^{+}}{\rightleftharpoons }}{\mathrm{p}\mathrm{53}}^{\ast }.\mathrm{B}\mathrm{a}\mathrm{x}\stackrel{k_{\mathrm{26}}}{⟶}\mathrm{B}\mathrm{a}\mathrm{x}.\mathrm{B}\mathrm{a}\mathrm{k}$
	$\mathrm{t}\mathrm{B}\mathrm{i}\mathrm{d}+\mathrm{B}\mathrm{a}\mathrm{x}\underset{k_{\mathrm{55}}^{-}}{\overset{k_{\mathrm{55}}^{+}}{\rightleftharpoons }}\mathrm{t}\mathrm{B}\mathrm{i}\mathrm{d}.\mathrm{B}\mathrm{a}\mathrm{x}\stackrel{k_{\mathrm{56}}}{⟶}\mathrm{B}\mathrm{a}\mathrm{x}.\mathrm{B}\mathrm{a}\mathrm{k}$
	$\mathrm{B}\mathrm{c}\mathrm{l}\mathrm{2}+{\mathrm{p}\mathrm{53}}^{\ast }\underset{k_{\mathrm{27}}^{-}}{\overset{k_{\mathrm{27}}^{+}}{\rightleftharpoons }}{\mathrm{p}\mathrm{53}}^{\ast }.\mathrm{B}\mathrm{c}\mathrm{l}\mathrm{2}$
	$\mathrm{B}\mathrm{c}\mathrm{l}\mathrm{2}+\mathrm{B}\mathrm{a}\mathrm{x}\underset{k_{\mathrm{28}}^{-}}{\overset{k_{\mathrm{28}}^{+}}{\rightleftharpoons }}\mathrm{B}\mathrm{c}\mathrm{l}\mathrm{2}.\mathrm{B}\mathrm{a}\mathrm{x}$
	$\mathrm{B}\mathrm{a}\mathrm{x}.\mathrm{B}\mathrm{a}\mathrm{k}+\mathrm{C}\mathrm{y}\mathrm{t}{\mathrm{c}}_{\mathrm{m}\mathrm{i}\mathrm{t}}\stackrel{k_{\mathrm{29}}}{⟶}\mathrm{B}\mathrm{a}\mathrm{x}.\mathrm{B}\mathrm{a}\mathrm{k}+\mathrm{C}\mathrm{y}\mathrm{t}\mathrm{c}$
	$\mathrm{C}\mathrm{y}\mathrm{t}\mathrm{c}+\mathrm{C}\mathrm{a}\mathrm{s}\mathrm{p}\mathrm{9}\underset{k_{\mathrm{30}}^{-}}{\overset{k_{\mathrm{30}}^{+}}{\rightleftharpoons }}\mathrm{C}\mathrm{y}\mathrm{t}\mathrm{c}.\mathrm{C}\mathrm{a}\mathrm{s}\mathrm{p}\mathrm{9}\stackrel{k_{\mathrm{31}}}{⟶}{\mathrm{C}\mathrm{a}\mathrm{s}\mathrm{p}\mathrm{9}}^{\ast }$
	${\mathrm{C}\mathrm{a}\mathrm{s}\mathrm{p}\mathrm{9}}^{\ast }+\mathrm{C}\mathrm{a}\mathrm{s}\mathrm{p}\mathrm{3}\underset{k_{\mathrm{32}}^{-}}{\overset{k_{\mathrm{32}}^{+}}{\rightleftharpoons }}{\mathrm{C}\mathrm{a}\mathrm{s}\mathrm{p}\mathrm{9}}^{\ast }.\mathrm{C}\mathrm{a}\mathrm{s}\mathrm{p}\mathrm{3}\stackrel{k_{\mathrm{33}}}{⟶}{\mathrm{C}\mathrm{a}\mathrm{s}\mathrm{p}\mathrm{9}}^{\ast }+{\mathrm{C}\mathrm{a}\mathrm{s}\mathrm{p}\mathrm{3}}^{\ast }\stackrel{k_{\mathrm{34}}}{⟶}\mathrm{A}\mathrm{p}\mathrm{o}\mathrm{p}\mathrm{t}\mathrm{o}\mathrm{s}\mathrm{i}\mathrm{s}$
Perforin pathway	$\mathrm{S}\mathrm{e}\mathrm{c}\mathrm{r}\mathrm{e}\mathrm{t}\mathrm{o}\mathrm{m}\mathrm{e}+\mathrm{g}\mathrm{r}\mathrm{a}\mathrm{n}\mathrm{B}\stackrel{k_{\mathrm{41}}}{⟶}{\mathrm{g}\mathrm{r}\mathrm{a}\mathrm{n}\mathrm{B}}^{\ast }$
	${\mathrm{g}\mathrm{r}\mathrm{a}\mathrm{n}\mathrm{B}}^{\ast }+\mathrm{C}\mathrm{a}\mathrm{s}\mathrm{p}\mathrm{10}\underset{k_{\mathrm{42}}^{-}}{\overset{k_{\mathrm{42}}^{+}}{\rightleftharpoons }}{\mathrm{g}\mathrm{r}\mathrm{a}\mathrm{n}\mathrm{B}}^{\ast }.\mathrm{C}\mathrm{a}\mathrm{s}\mathrm{p}\mathrm{10}\stackrel{k_{\mathrm{43}}}{⟶}{\mathrm{C}\mathrm{a}\mathrm{s}\mathrm{p}\mathrm{10}}^{\ast }$
	${\mathrm{g}\mathrm{r}\mathrm{a}\mathrm{n}\mathrm{B}}^{\ast }+\mathrm{B}\mathrm{i}\mathrm{d}\underset{k_{\mathrm{53}}^{-}}{\overset{k_{\mathrm{53}}^{+}}{\rightleftharpoons }}{\mathrm{g}\mathrm{r}\mathrm{a}\mathrm{n}\mathrm{B}}^{\ast }.\mathrm{B}\mathrm{i}\mathrm{d}\stackrel{k_{\mathrm{54}}}{⟶}\mathrm{t}\mathrm{B}\mathrm{i}\mathrm{d}$
	${\mathrm{C}\mathrm{a}\mathrm{s}\mathrm{p}\mathrm{10}}^{\ast }+\mathrm{C}\mathrm{a}\mathrm{s}\mathrm{p}\mathrm{3}\underset{k_{\mathrm{44}}^{-}}{\overset{k_{\mathrm{44}}^{+}}{\rightleftharpoons }}{\mathrm{C}\mathrm{a}\mathrm{s}\mathrm{p}\mathrm{10}}^{\ast }.\mathrm{C}\mathrm{a}\mathrm{s}\mathrm{p}\mathrm{3}\stackrel{k_{\mathrm{45}}}{⟶}{\mathrm{C}\mathrm{a}\mathrm{s}\mathrm{p}\mathrm{10}}^{\ast }+{\mathrm{C}\mathrm{a}\mathrm{s}\mathrm{p}\mathrm{3}}^{\ast }\stackrel{k_{\mathrm{46}}}{⟶}\mathrm{A}\mathrm{p}\mathrm{o}\mathrm{p}\mathrm{t}\mathrm{o}\mathrm{s}\mathrm{i}\mathrm{s}$

A^∗: the activated state of protein A; A · B: the compound of proteins A and B; k ⁺: forward rate constant of reaction; k ⁻: reverse rate constant of reaction; Cytc_mit: cytochrome c in mitochondria; Cytc: the released cytochrome c.