Table 2.
Evaluation of the specificities of the 6 target genes for identification of S. Typhi using PCR (total of 111 clinical isolates).
| Test bacteria strains | Positive PCR amplification for each target gene | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| STY0201 | STY0307 | STY0322 | STY0326 | STY2020 | STY2021 | |
| S. Typhi (n = 39) | 39/39 | 39/39 | 39/39 | 39/39 | 39/39 | 39/39 |
| S. Paratyphi A (n = 10) | 0/10 | 0/10 | 0/10 | 0/10 | 0/10 | 0/10 |
| S. Paratyphi B (n = 10) | 0/10 | 0/10 | 0/10 | 0/10 | 0/10 | 0/10 |
| S. Paratyphi C (n = 1) | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 |
| S. Enteritidis (n = 10) | 0/10 | 0/10 | 0/10 | 0/10 | 0/10 | 0/10 |
| S. Typhimurium (n = 10) | 0/10 | 0/10 | 0/10 | 0/10 | 0/10 | 0/10 |
| S. Weltevreden (n = 1) | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 |
| S. Agona (n = 1) | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 |
| S. Hadar (n = 1) | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 |
| S. Heidelberg (n = 1) | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 |
| S. Poona (n = 1) | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 |
| S. Braenderup (n = 1) | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 |
| S. Albany (n = 1) | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 |
| S. Oslo (n = 1) | 1/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 |
| S. Kibi (n = 1) | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 |
| S. Newport (n = 1) | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 |
| S. Tshiongwe (n = 1) | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 |
| S. Uppsala (n = 1) | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 |
| S. Richmond (n = 1) | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 |
| S. Bardo (n = 1) | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 |
| S. Emek (n = 1) | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 |
| S. Kissi (n = 1) | 1/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 |
| S. Virchow (n = 1) | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 |
| S. Bordeaux (n = 1) | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 |
| S. Regent (n = 1) | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 |
| S. Java (n = 1) | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 |
| S. Farsta (n = 1) | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 |
| Shigella dysenteriae (n = 1) | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 |
| Shigella flexneri (n = 1) | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 |
| Shigella sonnei (n = 1) | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 |
| Shigella boydii (n = 1) | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 |
| Vibrio cholerae (n = 1) | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 |
| Enterohemorrhagic E. coli (n = 1) | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 |
| Enteropathogenic E. coli (n = 1) | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 |
| Aeromonas hydrophila (n = 1) | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 |
| Yersinia enterocolitica (n = 1) | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 |
| Klebsiella pneumoniae (n = 1) | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 | 0/1 |