TABLE 2.
Amplified region | Primer | Nucleotide sequencea |
---|---|---|
Mutant constructions | ||
huvA, amino terminal | HuvA.A | 5′-GCTCTAGAAAGCTTTATCAACAATTGATT-3′ |
HuvA.B | 5′-TCCCCCGGGGGAAAGCTTTGCTTGTCCGCC-3′ | |
huvA, carboxy terminal | HuvA.C | 5′-TCCCCCGGGAACGACTACTCTCAAGCTGAG-3′ |
HuvA.D | 5′-GCGAATTCTGGGTAAAGAGGGCGAGTTAC-3′ | |
huvZ, amino terminal | HuvZ.C | 5′-GCGGATCCGACGTGCGGGTTCACCTCCAA-3′ |
HuvZ.D | 5′-GCGAATTCTATGATTTTACGAATTTAAAA-3′ | |
huvZ, carboxy terminal | HuvZ.A | 5′-GCTCTAGAGCTTCCGTGCCCCTAACTTTA-3′ |
HuvZ.B | 5′-GCGGATCCGACGGCTTAAGCCAGCTGCAA-3′ | |
huvX, amino terminal | HuvX.A | 5′-GCTCTAGATGTCGATATCACCGCTTACTT-3′ |
HuvX.B | 5′-GCGGATCCTTTATGGGACGTGAAAGTCAT-3′ | |
huvX, carboxy terminal | HuvX.C | 5′-GCGGATCCCATTCCCCAATCCGCTAATGA-3′ |
HuvX.D | 5′-GCAAGCTTGCATCGACTAATTTCGGTTGA-3′ | |
huvB, amino terminal | HuvB.A | 5′-GCTCTAGACAAGCGCCCATTGCTTTATAA-3′ |
HuvB.B | 5′-GCGGATCCGTCATTGGAGTGCAGCACGAG-3′ | |
huvB, carboxy terminal | HuvB.C | 5′-GCGGATCCGCTCTCGTCGGCGGGTTAGGC-3′ |
HuvB.D | 5′-GCGAATTCGTGAGTAAGAGTGCACCAAGT-3′ | |
huvC, amino terminal | HuvC.A | 5′-GCTCTAGACACGCTTTTAAAAACCGTATG-3′ |
HuvC.B | 5′-GCGGATCCGTCATTGGAGTGCAGCACGAG-3′ | |
huvC, carboxy terminal | HuvC.C | 5′-GCGGATCCATTGTGACTGCGCTGGTGGGT-3′ |
HuvC.D | 5′-GCGAATTCGCATTATAGCGAAGGGACGCG-3′ | |
huvD, amino terminal | HuvD.A | 5′-GCTCTAGACTTGTTGGTCGGCGCAATTTT-3′ |
HuvD.B | 5′-GCGGATCCCTTTGCTAACTCATTCGGTTG-3′ | |
huvD, carboxy terminal | HuvD.C | 5′-GCGGATCCTCGTCGCTTGTCGCCGCACAT-3′ |
HuvD.D | 5′-GCGAATTCGCTCGATCAGTGATGCGGTAT-3′ | |
huvAZXBCD tonB exbBD, carboxy terminal | HuvD.C2 | 5′-TCCCCCGGGTCGTCGCTTGTCGCCGCACAT-3′ |
Gene amplification | ||
huvA | huvA-5′ | 5′-GCGAATTCTGGTGACAGCAGCGGCATCC-3′ |
huvA-Eco-3′ | 5′-GCGAATTCAGGAGTTCATGGAACAACAAAGCC-3′ | |
huvX | VA-huvZ-D | 5′-GCGAATTCTATGATTTTACGAATTTAAAA-3′ |
VA-HutZ-1 | 5′-CTCACATTCGGACGGCCTTCA-3′ | |
huvZ ΔhuvX | PX3 | 5′-GCCTTTTCTTACAATGTCC-3′ |
VA-TonB-4 | 5′-TGGTTTGGGCTTGTTGGCTC-3′ |
Restriction sites for Xbal, BamHI, HindIII, EcoRI, and Sma1 are underlined.