Table 3. Molecular distances of microsporidia SSU rDNA.

	Species	1	2	3	4	5	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21
1	Nematocida parisii (17)a	0.000	0.007	0.024	0.026	0.029	0.025	0.025	0.044	0.058	0.055	0.056	0.052	0.051	0.061	0.053	0.059	0.053	0.053	0.050	0.066	0.068
2	N. ausubeli n. sp. (10)a	0.017	0.000	0.026	0.026	0.029	0.026	0.027	0.042	0.057	0.054	0.055	0.052	0.050	0.060	0.053	0.059	0.052	0.052	0.049	0.064	0.067
3	N. major n. sp. (3)a	0.138	0.154	0.000	0.022	0.026	0.025	0.023	0.044	0.061	0.064	0.062	0.057	0.058	0.068	0.055	0.060	0.049	0.055	0.049	0.063	0.057
4	N. minor n. sp. (2)a	0.163	0.169	0.121	0.000	0.022	0.017	0.018	0.038	0.062	0.060	0.060	0.053	0.058	0.062	0.055	0.060	0.051	0.048	0.047	0.059	0.059
5	N. homosporus n. sp. (2)a	0.182	0.188	0.154	0.122	0.000	0.011	0.014	0.034	0.057	0.055	0.055	0.054	0.052	0.061	0.049	0.056	0.051	0.049	0.041	0.055	0.058
6	N. displodere (1)a	0.151	0.165	0.142	0.082	0.043	/	0.010	0.033	0.057	0.055	0.055	0.054	0.052	0.062	0.049	0.053	0.048	0.046	0.040	0.051	0.053
7	N. ciargi n. sp. (1)a	0.151	0.165	0.130	0.096	0.062	0.034	/	0.031	0.052	0.051	0.051	0.050	0.048	0.059	0.046	0.052	0.045	0.041	0.038	0.048	0.049
8	CLADE_II (5)c	0.345	0.335	0.326	0.289	0.249	0.236	0.222	0.122	0.040	0.039	0.039	0.039	0.035	0.045	0.035	0.040	0.038	0.039	0.031	0.037	0.065
9	Enteropsectra longa n. sp. (1)a	0.435	0.436	0.447	0.455	0.413	0.417	0.384	0.318	/	0.004	0.002	0.017	0.020	0.023	0.021	0.036	0.045	0.049	0.049	0.054	0.076
10	Enteropsectra breve n. sp. (1)a	0.420	0.421	0.463	0.439	0.398	0.403	0.370	0.311	0.005	/	0.002	0.016	0.019	0.022	0.021	0.037	0.046	0.048	0.049	0.056	0.077
11	Enteropsectra species (2)	0.424	0.424	0.451	0.443	0.402	0.406	0.374	0.312	0.004	0.004	0.008	0.017	0.019	0.023	0.021	0.036	0.045	0.048	0.049	0.054	0.076
12	Orthosomella operophterae (1)a	0.392	0.393	0.423	0.395	0.389	0.394	0.362	0.307	0.091	0.084	0.089	/	0.017	0.022	0.023	0.035	0.047	0.046	0.048	0.058	0.084
13	Pancytospora philotis n. sp. (4)a	0.384	0.378	0.418	0.427	0.374	0.378	0.346	0.269	0.115	0.108	0.113	0.091	0.005	0.021	0.020	0.048	0.052	0.048	0.054	0.070	0.098
14	Pancytospora epiphaga n. sp. (1)a	0.460	0.452	0.490	0.451	0.450	0.455	0.429	0.352	0.141	0.133	0.139	0.124	0.112	/	0.023	0.049	0.056	0.056	0.061	0.068	0.110
15	Liebermannia spp. (3)b	0.405	0.406	0.404	0.406	0.351	0.353	0.329	0.284	0.118	0.118	0.120	0.133	0.123	0.152	0.011	0.037	0.042	0.047	0.051	0.056	0.080
16	CLADE_IV (19)c	0.510	0.512	0.511	0.512	0.480	0.464	0.455	0.383	0.330	0.331	0.329	0.324	0.405	0.423	0.332	0.280	0.039	0.049	0.038	0.039	0.060
17	CLADE_III (12)c	0.443	0.443	0.413	0.428	0.428	0.409	0.387	0.355	0.384	0.395	0.389	0.398	0.430	0.465	0.371	0.409	0.223	0.038	0.037	0.040	0.061
18	CLADE_I (14)c	0.462	0.456	0.459	0.420	0.417	0.396	0.353	0.347	0.404	0.396	0.400	0.389	0.400	0.462	0.404	0.474	0.371	0.169	0.039	0.043	0.068
19	CLADE_? (3)c	0.417	0.411	0.400	0.394	0.352	0.337	0.319	0.272	0.414	0.420	0.416	0.402	0.446	0.483	0.432	0.392	0.371	0.358	0.255	0.028	0.053
20	CLADE_V (3)c	0.477	0.471	0.449	0.447	0.403	0.380	0.361	0.310	0.419	0.434	0.423	0.441	0.502	0.513	0.433	0.380	0.373	0.385	0.260	0.127	0.039
21	Rozella spp. (2)b	0.482	0.478	0.408	0.417	0.410	0.362	0.346	0.473	0.543	0.548	0.541	0.598	0.658	0.712	0.587	0.525	0.528	0.561	0.433	0.322	0.042

The lower left part shows the mean genetic distances between groups and the upper right part is the standard error (SE), with Kimura 2-Parameter model+G, 1000 bootstraps. Mean intra-species, intra-genus or intra-clade divergences are shown in the diagonal if available, with the number of sequences indicated in the parentheses after the name of each group (a: species; b: genus; c: larger clade). For a detailed table with all strains, see S3 Table.