Table 2. MLVA data from amplification of 12 selected SMAGs loci of Stenotrophomonas maltophilia .
| No. | Classification No. | gyrB | Species | I | II | III | IV | V | VI | VII | VIII | IX | X | XI | XII |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 12001 | Spav | S. pavanii | 2 | 4 | 4 | 1 | 0 | 4 | 0 | 3 | ||||
| 2 | 21133 | Smal I | S. maltophilia I-2 | 6 | 1 | 1 | 1 | 3 | 12 | 4 | 1 | 5 | 4 | 5 | 3 |
| 3 | ambiguous gyrB gene sequences | ||||||||||||||
| 4 | 21201 | Smal I | S. maltophilia I-2 | 11 | 1 | 1 | 2 | 3 | 10 | 4 | 1 | 5 | 6 | 5 | 2 |
| 5 | 21101 | Smal I | S. maltophilia I-1 | 6 | 1 | 2 | 3 | 4 | 11 | 3 | 3 | 5 | 3 | 5 | 3 |
| 6 | 11101 | Smal II | S. maltophilia II-1 | 2 | 3 | 0 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | ||||
| 7 | 13001 | Smal III | S. maltophilia III | 2 | 1 | 2 | 0 | 4 | 1 | 2 | 2 | 1 | |||
| 8 | 21102 | Smal I | S. maltophilia I-1 | 1 | 2 | 4 | 3 | 0 | 2 | 4 | 2 | ||||
| 9 | 21103 | Smal I | S. maltophilia I-1 | 11 | 1 | 2 | 3 | 4 | 12 | 4 | 1 | 6 | 18 | 4 | 3 |
| 10 | 21104 | Smal I | S. maltophilia I-1 | 1 | 2 | 4 | 3 | 0 | 2 | 4 | 3 | ||||
| 11 | 14001 | Pbet | P. beteli | 1 | 2 | 0 | 2 | 0 | 0 | 1 | 2 | 0 | 0 | ||
| 12 | 13002 | Smal III | S. maltophilia III | 2 | 1 | 0 | 15 | 0 | 1 | 1 | 1 | ||||
| 13 | 21105 | Smal I | S. maltophilia I-1 | 1 | 2 | 4 | 2 | 0 | 3 | 3 | 3 | ||||
| 14 | 22001 | Pgen | P. geniculata | 1 | 1 | 0 | 2 | 0 | 3 | 1 | 2 | 2 | 2 | 1 | |
| 15 | 21106 | Smal I | S. maltophilia I-1 | 8 | 1 | 2 | 4 | 4 | 3 | 3 | 3 | 5 | 5 | 5 | 3 |
| 16 | 21107 | Smal I | S. maltophilia I-1 | 1 | 2 | 2 | 3 | 0 | 2 | 4 | 3 | ||||
| 17 | 11301 | Smal II | S. maltophilia II-3 | 3 | 4 | 0 | 1 | 0 | 4 | 1 | 2 | ||||
| 18 | 11102 | Smal II | S. maltophilia II-1 | 2 | 3 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 2 | ||||
| 19 | 21202 | Smal I | S. maltophilia I-2 | 1 | 1 | 2 | 2 | 1 | 3 | 4 | 2 | ||||
| 20 | 11103 | Smal II | S. maltophilia II-1 | 2 | 3 | 0 | 1 | 0 | 2 | 1 | 4 | ||||
| 21 | 21108 | Smal I | S. maltophilia I-1 | 2 | 1 | 2 | 2 | 3 | 12 | 2 | 1 | 1 | 4 | 1 | 3 |
| 22 | 13003 | Smal III | S. maltophilia III | 2 | 1 | 0 | 21 | 0 | 1 | 1 | 1 | ||||
| 23 | 12002 | Spav | S. pavanii | 2 | 4 | 3 | 1 | 0 | 4 | 4 | 3 | ||||
| 24 | 12003 | Spav | S. pavanii | 2 | 4 | 3 | 3 | 0 | 3 | 5 | 2 | ||||
| 25 | 21109 | Smal I | S. maltophilia I-1 | 3 | 1 | 2 | 0 | 2 | 10 | 2 | 2 | 1 | 1 | 5 | 2 |
| 26 | 11201 | Smal II | S. maltophilia II-2 | 2 | 2 | 0 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | ||||
| 27 | 12004 | Spav | S. pavanii | 2 | 4 | 3 | 1 | 0 | 4 | 0 | 3 | ||||
| 28 | 11104 | Smal II | S. maltophilia II-1 | 2 | 3 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 2 | ||||
| 29 | 11105 | Smal II | S. maltophilia II-1 | 2 | 3 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 2 | ||||
| 30 | 11302 | Smal II | S. maltophilia II-3 | 4 | 3 | 4 | 1 | 4 | 0 | 3 | 1 | 2 | 2 | 4 | |
| 31 | 11106 | Smal II | S. maltophilia II-1 | 2 | 3 | 2 | 2 | 4 | 1 | 1 | 1 | 2 | 4 | ||
| 32 | 23001 | Phib | P. hibisciola | 2 | 1 | 0 | 2 | 2 | 3 | 2 | 2 | 4 | 2 | 1 | |
| 33 | 11107 | Smal II | S. maltophilia II-1 | 2 | 3 | 1 | 1 | 0 | 2 | 1 | 4 | ||||
| 34 | 13004 | Smal III | S. maltophilia III | 2 | 1 | 0 | 15 | 0 | 1 | 1 | 1 | ||||
| 35 | 12005 | Spav | S. pavanii | 2 | 4 | 2 | 1 | 0 | 3 | 4 | 3 | ||||
| 36 | 11202 | Smal II | S. maltophilia II-2 | 2 | 2 | 0 | 1 | 0 | 1 | 1 | 3 | ||||
| 37 | 21110 | Smal I | S. maltophilia I-1 | 2 | 1 | 2 | 2 | 4 | 12 | 3 | 1 | 1 | 4 | 1 | 4 |
| 38 | 11108 | Smal II | S. maltophilia II-1 | 2 | 2 | 3 | 1 | 4 | 3 | 1 | 1 | 1 | 4 | 2 | 4 |
| 39 | 12006 | Spav | S. pavanii | 2 | 4 | 3 | 1 | 0 | 4 | 4 | 3 | ||||
| 40 | 21111 | Smal I | S. maltophilia I-1 | 1 | 2 | 3 | 3 | 0 | 1 | 2 | 3 | ||||
| 41 | 12007 | Spav | S. pavanii | 2 | 4 | 4 | 3 | 0 | 3 | 7 | 5 | ||||
| 42 | 11109 | Smal II | S. maltophilia II-1 | 5 | 2 | 3 | 2 | 3 | 4 | 1 | 1 | 1 | 4 | 2 | 4 |
| 43 | 12008 | Spav | S. pavanii | 2 | 4 | 1 | 2 | 0 | 4 | 6 | 2 | ||||
| 44 | 21112 | Smal I | S. maltophilia I-1 | 1 | 2 | 4 | 5 | 0 | 2 | 3 | 2 | ||||
| 45 | 21113 | Smal I | S. maltophilia I-1 | 1 | 2 | 4 | 5 | 1 | 4 | 3 | 3 | ||||
| 46 | 11110 | Smal II | S. maltophilia II-1 | 2 | 3 | 1 | 1 | 0 | 2 | 1 | 4 | ||||
| 47 | 12009 | Spav | S. pavanii | 2 | 4 | 1 | 3 | 0 | 4 | 6 | 2 | ||||
| 48 | 21203 | Smal I | S. maltophilia I-2 | 1 | 1 | 2 | 4 | 1 | 2 | 4 | 3 | ||||
| 49 | 11111 | Smal II | S. maltophilia II-1 | 2 | 3 | 1 | 1 | 0 | 2 | 1 | 4 | ||||
| 50 | 12010 | Spav | S. pavanii | 2 | 4 | 1 | 3 | 0 | 4 | 5 | 3 | ||||
| 51 | 11112 | Smal II | S. maltophilia II-1 | 2 | 3 | 1 | 1 | 0 | 2 | 1 | 4 | ||||
| 52 | 11113 | Smal II | S. maltophilia II-1 | 2 | 3 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | ||||
| 53 | 21114 | Smal I | S. maltophilia I-1 | 1 | 2 | 2 | 4 | 0 | 2 | 4 | 3 | ||||
| 54 | 21115 | Smal I | S. maltophilia I-1 | 1 | 2 | 2 | 2 | 0 | 1 | 4 | 1 | ||||
| 55 | 11203 | Smal II | S. maltophilia II-2 | 2 | 2 | 0 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | ||||
| 56 | 22002 | Pgen | P. geniculata | 1 | 0 | 2 | 0 | 3 | 1 | 1 | 1 | 2 | |||
| 57 | 21116 | Smal I | S. maltophilia I-1 | 1 | 2 | 2 | 2 | 1 | 2 | 2 | 3 | ||||
| 58 | 11303 | Smal II | S. maltophilia II-3 | 3 | 4 | 0 | 2 | 0 | 1 | 2 | 1 | ||||
| 59 | 21117 | Smal I | S. maltophilia I-1 | 1 | 2 | 2 | 2 | 0 | 1 | 4 | 1 | ||||
| 60 | 11114 | Smal II | S. maltophilia II-1 | 5 | 2 | 3 | 2 | 4 | 4 | 1 | 1 | 1 | 4 | 2 | 4 |
| 61 | 21118 | Smal I | S. maltophilia I-1 | 2 | 1 | 2 | 1 | 3 | 10 | 3 | 2 | 1 | 1 | 5 | 3 |
| 62 | 26001 | Smal IV | B0811-107 | 3 | 1 | 1 | 2 | 0 | 3 | 2 | 2 | 0 | 1 | ||
| 63 | 11115 | Smal II | S. maltophilia II-1 | 2 | 3 | 2 | 5 | 4 | 1 | 1 | 1 | 2 | 4 | ||
| 64 | 11116 | Smal II | S. maltophilia II-1 | 2 | 3 | 2 | 2 | 4 | 1 | 1 | 1 | 4 | 2 | 4 | |
| 65 | 21119 | Smal I | S. maltophilia I-1 | 11 | 1 | 2 | 2 | 4 | 3 | 4 | 3 | 5 | 5 | 5 | 4 |
| 66 | 11204 | Smal II | S. maltophilia II-2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 0 | 2 | 1 | 2 | 4 | 2 | 1 |
| 67 | 21120 | Smal I | S. maltophilia I-1 | 1 | 1 | 2 | 2 | 4 | 12 | 4 | 1 | 1 | 4 | 1 | 3 |
| 68 | 22003 | Pgen | P. geniculata | 1 | 1 | 0 | 2 | 0 | 3 | 1 | 2 | 4 | 2 | 1 | |
| 69 | 21204 | Smal I | S. maltophilia I-2 | 4 | 1 | 1 | 1 | 3 | 10 | 5 | 1 | 5 | 5 | 5 | 3 |
| 70 | 22004 | Pgen | P. geniculata | 2 | 1 | 0 | 2 | 0 | 4 | 1 | 2 | 2 | 2 | 1 | |
| 71 | 12011 | Spav | S. pavanii | 2 | 4 | 3 | 2 | 0 | 4 | 5 | 3 | ||||
| 72 | 12012 | Spav | S. pavanii | 2 | 4 | 1 | 2 | 0 | 4 | 6 | 3 | ||||
| 73 | 11205 | Smal II | S. maltophilia II-2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 0 | 3 | 1 | 2 | 2 | 1 | |
| 74 | 11117 | Smal II | S. maltophilia II-1 | 2 | 3 | 1 | 1 | 0 | 2 | 1 | 4 | ||||
| 75 | 21205 | Smal I | S. maltophilia I-2 | 5 | 1 | 1 | 1 | 2 | 10 | 6 | 2 | 5 | 4 | 5 | 4 |
| 76 | 12013 | Spav | S. pavanii | 2 | 2 | 4 | 4 | 6 | 4 | 0 | 7 | 9 | 3 | ||
| 77 | 13005 | Smal III | S. maltophilia III | 2 | 2 | 2 | 2 | 0 | 4 | 1 | 2 | 2 | 1 | ||
| 78 | 11206 | Smal II | S. maltophilia II-2 | 2 | 2 | 0 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | ||||
| 79 | 12014 | Spav | S. pavanii | 2 | 4 | 0 | 2 | 0 | 4 | 5 | 3 | ||||
| 80 | 21121 | Smal I | S. maltophilia I-1 | 3 | 1 | 2 | 0 | 2 | 10 | 3 | 3 | 1 | 1 | 5 | 2 |
| 81 | 21122 | Smal I | S. maltophilia I-1 | 7 | 1 | 2 | 3 | 5 | 12 | 6 | 1 | 1 | 4 | 3 | |
| 82 | 13006 | Smal III | S. maltophilia III | 2 | 1 | 1 | 4 | 0 | 1 | 1 | 1 | ||||
| 83 | 13007 | Smal III | S. maltophilia III | 2 | 1 | 0 | 3 | 0 | 1 | 1 | |||||
| 84 | 25001 | 08-B-253 | 1 | 1 | 0 | 1 | 2 | 0 | 0 | 0 | |||||
| 85 | 21123 | Smal I | S. maltophilia I-1 | 7 | 1 | 2 | 3 | 4 | 1 | 5 | 3 | 1 | 5 | 4 | 2 |
| 86 | 11118 | Smal II | S. maltophilia II-1 | 2 | 3 | 0 | 1 | 0 | 2 | 0 | 4 | ||||
| 87 | ambiguous gyrB gene sequences | 3 | 4 | ||||||||||||
| 88 | 12015 | Spav | S. pavanii | 2 | 4 | 1 | 3 | 0 | 4 | 6 | 3 | ||||
| 89 | 21124 | Smal I | S. maltophilia I-1 | 7 | 1 | 2 | 0 | 4 | 4 | 4 | 3 | 0 | 1 | 5 | 3 |
| 90 | 12016 | Spav | S. pavanii | 2 | 4 | 1 | 3 | 0 | 4 | 4 | 3 | ||||
| 91 | 12017 | Spav | S. pavanii | 2 | 4 | 3 | 3 | 0 | 4 | 1 | 3 | ||||
| 92 | 21125 | Smal I | S. maltophilia I-1 | 7 | 1 | 2 | 0 | 4 | 3 | 2 | 3 | 1 | 18 | 4 | 3 |
| 93 | 14002 | Pbet | P. beteli | 2 | 2 | 0 | 2 | 0 | 0 | 3 | 2 | 0 | 0 | ||
| 94 | 15001 | K01-43 | 2 | 2 | 0 | 2 | 0 | 1 | 2 | 2 | 0 | 3 | |||
| 95 | 11119 | Smal II | S. maltophilia II-1 | 2 | 3 | 0 | 1 | 0 | 1 | 2 | 1 | ||||
| 96 | 21126 | Smal I | S. maltophilia I-1 | 1 | 2 | 3 | 3 | 2 | 2 | 1 | 3 | ||||
| 97 | 11120 | Smal II | S. maltophilia II-1 | 3 | 2 | 3 | 2 | 2 | 3 | 1 | 1 | 2 | 2 | 5 | |
| 98 | 21206 | Smal I | S. maltophilia I-2 | 7 | 1 | 1 | 4 | 2 | 7 | 5 | 1 | 1 | 5 | 4 | |
| 99 | 22005 | Pgen | P. geniculata | 10 | 1 | 0 | 0 | 9 | 0 | 4 | 1 | 2 | 4 | 2 | |
| 100 | 11121 | Smal II | S. maltophilia II-1 | 2 | 3 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | ||||
| 101 | 11122 | Smal II | S. maltophilia II-1 | 2 | 3 | 2 | 2 | 4 | 1 | 1 | 2 | 2 | 1 | ||
| 102 | 11123 | Smal II | S. maltophilia II-1 | 2 | 3 | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 1 | ||||
| 103 | 22006 | Pgen | P. geniculata | 2 | 1 | 0 | 2 | 0 | 4 | 1 | 2 | 2 | 1 | ||
| 104 | ambiguous gyrB gene sequences | -5 | |||||||||||||
| 105 | 24001 | Sarf | S. africana | 2 | 1 | 2 | 2 | 0 | 4 | 1 | 2 | 2 | 1 | ||
| 106 | 21127 | Smal I | S. maltophilia I-1 | 2 | 1 | 2 | 2 | 2 | 7 | 4 | 1 | 6 | 5 | 1 | 3 |
| 107 | 11124 | Smal II | S. maltophilia II-1 | 2 | 3 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | ||||
| 108 | 21128 | Smal I | S. maltophilia I-1 | 1 | 2 | 2 | 3 | 1 | 1 | 1 | 3 | ||||
| 109 | 21129 | Smal I | S. maltophilia I-1 | 8 | 1 | 2 | 3 | 5 | 6 | 6 | 1 | 3 | 5 | 4 | 2 |
| 110 | 22007 | Pgen | P. geniculata | 2 | 1 | 0 | 2 | 0 | 3 | 1 | 2 | 4 | 2 | 1 | |
| 111 | 11125 | Smal II | S. maltophilia II-1 | 2 | 3 | 1 | 2 | 4 | 1 | 1 | 1 | 4 | 2 | 4 | |
| 112 | 22008 | Pgen | P. geniculata | 1 | 1 | 0 | 1 | 2 | 0 | 3 | 1 | 2 | 4 | 2 | 1 |
| 113 | 11126 | Smal II | S. maltophilia II-1 | 2 | 3 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | ||||
| 114 | 11127 | Smal II | S. maltophilia II-1 | 2 | 3 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 2 | ||||
| 115 | 12018 | Spav | S. pavanii | 2 | 4 | 1 | 3 | 0 | 4 | 5 | 3 | ||||
| 116 | 22009 | Pgen | P. geniculata | 1 | 1 | 0 | 2 | 0 | 3 | 1 | 2 | 3 | 2 | 1 | |
| 117 | 21130 | Smal I | S. maltophilia I-1 | 1 | 2 | 3 | 5 | 0 | 2 | 2 | 4 | ||||
| 118 | 21131 | Smal I | S. maltophilia I-1 | 2 | 1 | 2 | 1 | 2 | 7 | 4 | 1 | 3 | 2 | 1 | 3 |
| 119 | 22010 | Pgen | P. geniculata | 1 | 1 | 0 | 2 | 0 | 3 | 1 | 2 | 2 | 1 | ||
| 120 | 21132 | Smal I | S. maltophilia I-1 | 2 | 1 | 2 | 1 | 3 | 7 | 4 | 1 | 3 | 2 | 1 | 3 |
| 121 | 11128 | Smal II | S. maltophilia II-1 | 2 | 3 | 2 | 1 | 0 | 2 | 1 | 4 | ||||
The PCR products derived from the amplification of loci I to XII in the listed strains are labeled with the number of SMAG repeats present.
MLVA, multi locus variable number of tandem repeat analysis; SMAG, Sternotrophomonas maltophilia GTAG; PCR, Polymerase Chain Reaction.