Table 3.

Root-mean-square difference between Φ-value profiles calculated with different parameter sets^a)

Protein	Plus/minus perturbation				Dc		B
	D42_13	D42_16	D55_13	D55_16	D42_13 D55_13	D42_16 D55_16	D42_13 D42_16	D55_13 D55_16
1ENH	0.06	0.05	0.04	0.02	0.17	0.13	0.31	0.29
1IDY	0.04	0.05	0.03	0.04	0.11	0.21	0.13	0.25
1PGB	0.02	0.02	0.01	0.01	0.16	0.15	0.04	0.04
1SRM	0.03	0.04	0.01	0.01	0.16	0.15	0.21	0.15
1SHG	0.18	0.03	0.14	0.01	0.36	0.23	0.19	0.16
1FYN	0.01	0.02	0.04	0.02	0.08	0.07	0.16	0.15
1SS1	0.07	0.04	0.03	0.04	0.25	0.30	0.12	0.08
1BF4	0.04	0.04	0.02	0.03	0.18	0.13	0.11	0.03
3CI2	0.03	0.02	0.19	0.03	0.09	0.08	0.10	0.11
2PTL	0.02	0.01	0.03	0.10	0.14	0.10	0.10	0.07
1CSP	0.04	0.04	0.02	0.01	0.33	0.23	0.20	0.10
1UBQ	0.04	0.02	0.03	0.03	0.10	0.12	0.12	0.09
1AYE	0.02	0.02	0.01	0.01	0.12	0.07	0.03	0.13
2ABD	0.04	0.11	0.02	0.03	0.06	0.08	0.09	0.05
1TIU	0.05	0.02	0.02	0.02	0.19	0.19	0.03	0.02
1BTB	0.01	0.05	0.02	0.02	0.15	0.12	0.03	0.03
1TEN	0.12	0.39	0.27	0.43	0.21	0.19	0.21	0.19
1TTF	0.04	0.06	0.04	0.03	0.13	0.13	0.04	0.02
1URN	0.21	0.13	0.04	0.08	0.21	0.12	0.13	0.12
1N88	0.06	0.05	0.08	0.02	0.16	0.14	0.14	0.17
1RIS	0.03	0.04	0.01	0.01	0.08	0.07	0.06	0.05
2ACY	0.01	0.02	0.01	0.02	0.10	0.11	0.04	0.04
1FKB	0.42	0.32	0.34	0.08	0.20	0.30	0.19	0.11
1RNB	0.01	0.04	0.03	0.02	0.10	0.11	0.02	0.04
2VIL	0.08	0.07	0.12	0.03	0.16	0.15	0.09	0.08
1AZU	0.01	0.04	0.02	0.01	0.10	0.11	0.02	0.01
3CHY	0.04	0.05	0.06	0.05	0.07	0.06	0.07	0.05

^a)The underline indicates that a root-mean-square difference is greater than 0.1 for plus/minus perturbation and 0.15 for cutoff distance D_c and chain entropy parameter B.