Table 2.
Modified BIOMED-2 PCR Primers
| Name of primer | Sequence of primer (forward) | Tube name |
|---|---|---|
| VB2-A | 5′-NNNNAACTATGTTTTGGTATCGTCA-3′ | A and B |
| VB2-B | 5′-NNNNNAACTATGTTTTGGTATCGTCA-3′ | A and B |
| VB4-A | 5′-NNNNCACGATGTTCTGGTACCGTCAGCA-3′ | A and B |
| VB4-B | 5′-NNNNNCACGATGTTCTGGTACCGTCAGCA-3′ | A and B |
| VB5/1-A | 5′-NNNNCAGTGTGTCCTGGTACCAACAG-3′ | A and B |
| VB5/1-B | 5′-NNNNNCAGTGTGTCCTGGTACCAACAG-3′ | A and B |
| VB6a/11-A | 5′-NNNNAACCCTTTATTGGTACCGACA-3′ | A and B |
| VB6a/11-B | 5′-NNNNNAACCCTTTATTGGTACCGACA-3′ | A and B |
| VB6b/25-A | 5′-NNNNATCCCTTTTTTGGTACCAACAG-3′ | A and B |
| VB6b/25-B | 5′-NNNNNATCCCTTTTTTGGTACCAACAG-3′ | A and B |
| VB6c-A | 5′-NNNNAACCCTTTATTGGTATCAACAG-3′ | A and B |
| VB6c-B | 5′-NNNNNAACCCTTTATTGGTATCAACAG-3′ | A and B |
| VB7-A | 5′-NNNNCGCTATGTATTGGTACAAGCA-3′ | A and B |
| VB7-B | 5′-NNNNNCGCTATGTATTGGTACAAGCA-3′ | A and B |
| VB8a-A | 5′-NNNNCTCCCGTTTTCTGGTACAGACAGAC-3′ | A and B |
| VB8a-B | 5′-NNNNNCTCCCGTTTTCTGGTACAGACAGAC-3′ | A and B |
| VB9-A | 5′-NNNNCGCTATGTATTGGTATAAACAG-3′ | A and B |
| VB9-B | 5′-NNNNNCGCTATGTATTGGTATAAACAG-3′ | A and B |
| VB10-A | 5′-NNNNTTATGTTTACTGGTATCGTAAGAAGC-3′ | A and B |
| VB10-B | 5′-NNNNNTTATGTTTACTGGTATCGTAAGAAGC-3′ | A and B |
| VB11-A | 5′-NNNNCAAAATGTACTGGTATCAACAA-3′ | A and B |
| VB11-B | 5′-NNNNNCAAAATGTACTGGTATCAACAA-3′ | A and B |
| VB2a/3/13a/15-A | 5′-NNNNATACATGTACTGGTATCGACAAGAC-3′ | A and B |
| VB2a/3/13a/15-B | 5′-NNNNNATACATGTACTGGTATCGACAAGAC-3′ | A and B |
| VB13b-A | 5′-NNNNGGCCATGTACTGGTATAGACAAG-3′ | A and B |
| VB13b-B | 5′-NNNNNGGCCATGTACTGGTATAGACAAG-3′ | A and B |
| VB13c/12B/14-A | 5′-NNNNGTATATGTCCTGGTATCGACAAGA-3′ | A and B |
| VB13c/12B/14-B | 5′-NNNNNGTATATGTCCTGGTATCGACAAGA-3′ | A and B |
| VB16-A | 5′-NNNNTAACCTTTATTGGTATCGACGTGT-3′ | A and B |
| VB16-B | 5′-NNNNNTAACCTTTATTGGTATCGACGTGT-3′ | A and B |
| VB17-A | 5′-NNNNGGCCATGTACTGGTACCGACA-3′ | A and B |
| VB17-B | 5′-NNNNNGGCCATGTACTGGTACCGACA-3′ | A and B |
| VB18-A | 5′-NNNNTCATGTTTACTGGTATCGGCAG-3′ | A and B |
| VB18-B | 5′-NNNNNTCATGTTTACTGGTATCGGCAG-3′ | A and B |
| VB19-A | 5′-NNNNTTATGTTTATTGGTATCAACAGAATCA-3′ | A and B |
| VB19-B | 5′-NNNNNTTATGTTTATTGGTATCAACAGAATCA-3′ | A and B |
| VB20-A | 5′-NNNNCAACCTATACTGGTACCGACA-3′ | A and B |
| VB20-B | 5′-NNNNNCAACCTATACTGGTACCGACA-3′ | A and B |
| VB21-A | 5′-NNNNTACCCTTTACTGGTACCGGCAG-3′ | A and B |
| VB21-B | 5′-NNNNNTACCCTTTACTGGTACCGGCAG-3′ | A and B |
| VB22-A | 5′-NNNNATACTTCTATTGGTACAGACAAATCT-3′ | A and B |
| VB22-B | 5′-NNNNNATACTTCTATTGGTACAGACAAATCT-3′ | A and B |
| VB23/8b-A | 5′-NNNNCACGGTCTACTGGTACCAGCA-3′ | A and B |
| VB23/8b-B | 5′-NNNNNCACGGTCTACTGGTACCAGCA-3′ | A and B |
| VB24-A | 5′-NNNNCGTCATGTACTGGTACCAGCA-3′ | A and B |
| VB24-B | 5′-NNNNNCGTCATGTACTGGTACCAGCA-3′ | A and B |
| Sequence of primer (reverse) | ||
|---|---|---|
| JB1.1-A | 5′-NNNNNCTTACCTACAACTGTGAATCTGGTG-3′ | A |
| JB1.1-B | 5′-NNNNNNCTTACCTACAACTGTGAATCTGGTG-3′ | A |
| JB1.1-C | 5′-NNNNNNNCTTACCTACAACTGTGAATCTGGTG-3′ | A |
| JB1.2-A | 5′-NNNNNCTTACCTACAACGGTTAACCTGGTC-3′ | A |
| JB1.2-B | 5′-NNNNNNCTTACCTACAACGGTTAACCTGGTC-3′ | A |
| JB1.2-C | 5′-NNNNNNNCTTACCTACAACGGTTAACCTGGTC-3′ | A |
| JB1.3-A | 5′-NNNNNCTTACCTACAACAGTGAGCCAACTT-3′ | A |
| JB1.3-B | 5′-NNNNNNCTTACCTACAACAGTGAGCCAACTT-3′ | A |
| JB1.3-C | 5′-NNNNNNNCTTACCTACAACAGTGAGCCAACTT-3′ | A |
| JB1.4-A | 5′-NNNNNCATACCCAAGACAGAGAGCTGGGTTC-3′ | A |
| JB1.4-B | 5′-NNNNNNCATACCCAAGACAGAGAGCTGGGTTC-3′ | A |
| JB1.4-C | 5′-NNNNNNNCATACCCAAGACAGAGAGCTGGGTTC-3′ | A |
| JB1.5-A | 5′-NNNNNCTTACCTAGGATGGAGAGTCGAGTC-3′ | A |
| JB1.5-B | 5′-NNNNNNCTTACCTAGGATGGAGAGTCGAGTC-3′ | A |
| JB1.5-C | 5′-NNNNNNNCTTACCTAGGATGGAGAGTCGAGTC-3′ | A |
| JB1.6-A | 5′-NNNNNCATACCTGTCACAGTGAGCCTG-3′ | A |
| JB1.6-B | 5′-NNNNNNCATACCTGTCACAGTGAGCCTG-3′ | A |
| JB1.6-C | 5′-NNNNNNNCATACCTGTCACAGTGAGCCTG-3′ | A |
| JB2.2-A | 5′-NNNNNCTTACCCAGTACGGTCAGCCT-3′ | A |
| JB2.2-B | 5′-NNNNNNCTTACCCAGTACGGTCAGCCT-3′ | A |
| JB2.2-C | 5′-NNNNNNNCTTACCCAGTACGGTCAGCCT-3′ | A |
| JB2.6-A | 5′-NNNNNCTCGCCCAGCACGGTCAGCCT-3′ | A |
| JB2.6-B | 5′-NNNNNNCTCGCCCAGCACGGTCAGCCT-3′ | A |
| JB2.6-C | 5′-NNNNNNNCTCGCCCAGCACGGTCAGCCT-3′ | A |
| JB2.7-A | 5′-NNNNNCTTACCTGTAACCGTGAGCCTG-3′ | A |
| JB2.7-B | 5′-NNNNNNCTTACCTGTAACCGTGAGCCTG-3′ | A |
| JB2.7-C | 5′-NNNNNNNCTTACCTGTAACCGTGAGCCTG-3′ | A |
| JB2.1-A | 5′-NNNNNCCTTCTTACCTAGCACGGTGA-3′ | B |
| JB2.1-B | 5′-NNNNNNCCTTCTTACCTAGCACGGTGA-3′ | B |
| JB2.1-C | 5′-NNNNNNNCCTTCTTACCTAGCACGGTGA-3′ | B |
| JB2.3-A | 5′-NNNNNCCCGCTTACCGAGCACTGTCA-3′ | B |
| JB2.3-B | 5′-NNNNNNCCCGCTTACCGAGCACTGTCA-3′ | B |
| JB2.3-C | 5′-NNNNNNNCCCGCTTACCGAGCACTGTCA-3′ | B |
| JB2.4-A | 5′-NNNNNCCAGCTTACCCAGCACTGAGA-3′ | B |
| JB2.4-B | 5′-NNNNNNCCAGCTTACCCAGCACTGAGA-3′ | B |
| JB2.4-C | 5′-NNNNNNNCCAGCTTACCCAGCACTGAGA-3′ | B |
| JB2.5-A | 5′-NNNNNCGCGCACACCGAGCAC-3′ | B |
| JB2.5-B | 5′-NNNNNNCGCGCACACCGAGCAC-3′ | B |
| JB2.5-C | 5′-NNNNNNNCGCGCACACCGAGCAC-3′ | B |
N indicates a degenerate nucleotide position to generate sequence diversity.