TABLE 2.
Comparisons of specific gene sets among Francisella genomes
| Genome | FPI copies:pattern | Functional genes (loci) |
F. novicida restriction-modification system |
|||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| OppABCDF | SpeADE, AguAB | FTT0794 to FTT0796 | FTT1188 | FTT1453c, 54c, 58c | Locus 2, type I | Locus 3, type I | Locus 4, type III | Locus 6, type II | ||
| SchuS4 | 2:1 | + | + | + | + | + | − | inc | inc | − |
| DPG 3A-IS | 2:1 | + | + | + | + | + | − | inc | inc | − |
| WY96-3418 | 2:1 | + | + | + | + | + | − | inc | inc | − |
| NEO61598 | 2:1 | + | + | + | + | + | − | inc | inc | − |
| FSC147 | 2:1 | inc | + | + | + | + | − | inc | inc | − |
| Fth LVS | 2:2 | inc | + | + | + | + | − | inc | inc | − |
| Fth OSU18 | 2:2 | inc | + | + | + | + | − | inc | inc | − |
| U112 | 1:1 | + | − | − | − | − | + | + | + | + |
| AZ06-7470 | 1:1 | + | − | − | − | + | − | + | + | − |
| AL97-2214 | 1:3 | + | + | − | + | − | + | − | − | − |
| D9876 | 1:1 | + | + | − | − | − | − | − | − | − |
| F6168 | 1:3 | + | + | − | + | − | + | − | − | − |
| Fx1 | 1:1 | + | − | − | − | − | − | + | − | − |
| 3523 | 1:1 | + | + | − | − | − | + | + | − | − |
| FSC454c | 1:1 | + | − | − | − | − | − | inc | − | − |
| PA10-7858 | 1:1 | + | − | − | − | − | + | inc | + | − |
| TX07-6608 | 1:3 | − | + | − | + | − | − | + | − | − |
| ATCC 25017 | 1:3 | + | − | − | − | − | − | inc | inc | − |
| ATCC 25015 | 1:3 | + | − | − | − | − | − | + | − | − |
| GA01-2794 | 1:3 | + | − | − | − | − | inc | inc | − | − |
| GA01-2801 | 1:3 | + | − | − | − | − | − | − | + | inc |
| TX07-7308 | 1:4 | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| TX07-7310 | 1:3 | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| FSC774c | 1:3 | inc | − | − | − | − | − | − | − | − |
| Toba04 | 1:4 | inc | − | − | − | − | − | − | − | − |
| FSC845b | 1:1-2 | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| MA06-7296 | 1:3 | − | − | − | − | − | + | + | − | − |
| CA97-1460 | 1:3 | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 08HL01032 | None | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| FSC1006 | 1:3 | − | − | − | − | − | + | + | − | − |
| W12-1067 | inc | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
a
Abbreviations and symbols: FPI, Francisella pathogenicity island (patterns are illustrated in Fig. S4 in the supplemental material); OppABCDF, oligopeptide ABC transporter locus; SpeADE, spermidine biosynthesis; AguAB, putrescine biosynthesis; +, presence of the locus in each strain (shaded); −, absence of the locus in each strain; inc, missing 1 or more genes but not all (includes genes that are frameshifted, likely pseudogenes).
b
Draft genome, pdpD missing.
c
Draft genome, missing genes may be in an unsequenced gap.