Table 1. Contact prediction accuracy on the 150 Pfam families.

Method	Short				Medium				Long
	L/10	L/5	L/2	L	L/10	L/5	L/2	L	L/10	L/5	L/2	L
EVfold	0.50	0.40	0.26	0.17	0.64	0.52	0.34	0.22	0.74	0.68	0.53	0.39
PSICOV	0.58	0.43	0.26	0.17	0.65	0.51	0.32	0.20	0.77	0.70	0.52	0.37
CCMpred	0.65	0.50	0.29	0.19	0.73	0.60	0.37	0.23	0.82	0.76	0.62	0.45
plmDCA	0.66	0.50	0.29	0.19	0.72	0.60	0.36	0.22	0.81	0.76	0.61	0.44
Gremlin	0.66	0.51	0.30	0.19	0.74	0.60	0.37	0.23	0.82	0.76	0.63	0.46
MetaPSICOV	0.82	0.70	0.45	0.27	0.83	0.73	0.52	0.33	0.92	0.87	0.74	0.58
Our method	0.93	0.81	0.51	0.30	0.93	0.86	0.62	0.38	0.98	0.96	0.89	0.74