Table 3.

Comparison of ZifNN predictions with other tools reported in literature. ZiFNN, ZiFiT [6] and Zinc Finger Tools [4] were compared with experimental data mined from literature (K_D and helix prediction)* using Hamming distance as the metric

DNA Target 5′ → 3′	References from Literature	Experimentally Found ZFP			Best prediction made by ZiFNN	Identity for ZiFNN	ZiFit Prediction			Identity for ZiFiT	Zinc Finger Tools			Identity for Zinc Finger Tools
		F1	F2	F3			F1	F2	F3		F1	F2	F3
GTGGAGGAA	[57]	QSGNLTRRSGHLTRRSGELTR			DSGHLTRDSGHLTRDSGHLTR	0.76	RNVNLVTRQDNLGRQASNLLR			0.33	RSDELVRRSDNLVRQSSNLVR			0.47
GCTGCTGCT	[58]	RSGELTRTSGELTRRSGELTR			TSGELTETSGELTETSGELTE	0.76	LRASLRRQRSDLTRMKNTLTR			0.38	TSGELVRTSGELVRTSGELVR			0.76
GAGGAGGAT	[59]	QSGNLTRRSGNLTRRSGNLTR			QSGHLTRQSGHLTRQSGHLTR	0.76	-			-	RSDNLVRRSDNLVRTSGNLVR			0.66
CTGGCGGCA	[60]	RSGALTERSGDLTRQSGDLTR			RSGDLTTRSGDLTTRSGDLTT	0.76	-			-	RNDALTERSDDLVRQSGDLRR			0.76
GGGGCGGGG	[61]	KSGHLTARSGELTRRSGHLTK			RSGHLTRRSGHLTRRSGHLTR	0.80	RKHRLDGRTDTLARRGNHLRR			0.33	RSDKLVRRSDDLVRRSDKLVR			0.42
GCTGGGGGC	[62]	RSGELTRTSGHLTRDSGHLTR			QSGHLTRQSGHLTRQSGHLTR	0.80	VSNSLARRREHLVRTNSKLTR			0.42	TSGELVRRSDKLVRDPGHLVR			0.61
GCGTGGGGA	[63]	RSGELTRRSGHLTRQSGHLTR			QSGTLTRRSGTLTRQSGTLTR	0.80	-			-	RSDDLVRRSDHLTTQRAHLER			0.61
GCGTGGGCA	[64]	RSGELTRRSGHLTRRSGELTR			RSGTLTRRSGTLTRRSGTLTT	0.80	-			-	RSDDLVRRSDDLVRQSGDLRR			0.57
GCGTGGGAA	[63]	RSGELTRRSGHLTRQSGNLTR			RSGTLTRRSGTLTRRSGTLTR	0.80	-			-	RSDDLVRRSDHLTTQSSNLVR			0.66
GCGGGCCGC	[65]	RSGELTRDSGALTRRSGELTR			RSGHLTRRSGHLTRRSGHLTR	0.80	-			-	RSDDLVRDPGHLVRHTGHLLE			0.47
GCAGCGGAC	[62]	RSGELTRRSGHLTRQSGSLTR			QSGHLTRQSGHLTRQSGHLTR	0.80	QKGTLGRRTDTLARDPSNLIR			0.38	QSGDLRRRSDDLVRDPGNLVR			0.52
GAGGAAGGG	[59]	RSGHLTRQSGNLTRRSGNLTR			QSGHLTRQSGHLTRQSGHLTR	0.80	RRDNLNRQQTNLTRKRERLDR			0.48	RSDNLVRQSSNLVRRSDKLVR			0.61
ACTACTGGA	[60]	TSGDLTRTSGDLTRQSGHLTR			TSGELTRTSGELTRTSGELTR	0.80	-			-	THLDLIRTHLDLIRQRAHLER			0.57
GCTGGGGGC	[62]	QSGDLTRRSGHLTRDSGHLTR			QSGHLTRQSGHLTRQSGHLTR	0.85	VSNSLARRREHLVRTNSKLTR			0.48	TSGELVRRSDKLVRDPGHLVR			0.61
GAAGAGGGT	[59]	QSGHLTRRSGNLTRQSGNLTR			QSGHLTRQSGHLTRQSGHLTR	0.85	QRNNLGRRQDNLGRTRQKLET			0.38	QSSNLVRRSDNLVRTSGHLVR			0.61
GAGGAAGGT	[66]	TSGHLTRTSGHLTRRSGELTR			TSGHLTRTSGHLTRTSGHLTR	0.90	RRDNLNRQQTNLTRTKQRLEV			0.28	RSDNLVRQSSNLVRTSGHLVR			0.47
					Average for ZifNN	0.81	Average For ZiFit			0.38	Average for Zinc Finger Tool			0.58