Table 3. Codon usage of 12 protein coding genes of Xiphinema americanum (Xa), Xiphinema rivesi (Xr), Xiphinema pachtaicum (Xp), Paralongidorus litoralis and Longidorus vineacola (Lv) mtDNAs.

AA	Codon	No.*					%***					AA	Codon	No.*					%***
		**Xa	Xr	Xp	Pl	Lv	Xa	Xr	Xp	Pl	Lv			Xa	Xr	Xp	Pl	Lv	Xa	Xr	Xp	Pl	Lv
Ala	GCG	11	9	10	19	17	0.33	0.27	0.31	0.57	0.51	Lys	AAG	32	30	31	28	22	0.95	0.89	0.95	0.85	0.66
Ala	GCA	32	33	18	29	49	0.95	0.98	0.55	0.88	1.46	Lys	AAA	46	50	61	60	62	1.37	1.49	1.87	1.81	1.85
Ala	GCT	69	78	57	61	74	2.05	2.32	1.74	1.84	2.21	Met	ATG	64	47	54	52	48	1.91	1.40	1.65	1.57	1.43
Ala	GCC	19	10	28	39	41	0.57	0.30	0.86	1.18	1.22	Met	ATA	130	161	151	170	156	3.87	4.79	4.62	5.14	4.65
Arg	CGG	5	6	6	7	8	0.15	0.18	0.18	0.21	0.24	Phe	TTT	297	312	315	199	149	8.84	9.29	9.64	6.01	4.44
Arg	CGA	18	21	16	9	21	0.54	0.63	0.49	0.27	0.63	Phe	TTC	82	78	50	65	99	2.44	2.32	1.53	1.96	2.95
Arg	CGT	12	11	18	9	4	0.36	0.33	0.55	0.27	0.12	Pro	CCG	22	16	7	7	7	0.66	0.48	0.21	0.21	0.21
Arg	CGC	5	2	3	10	2	0.15	0.06	0.09	0.30	0.06	Pro	CCA	29	37	29	21	33	0.86	1.10	0.89	0.63	0.98
Asn	AAT	62	71	63	50	42	1.85	2.11	1.93	1.51	1.25	Pro	CCT	48	49	43	59	46	1.43	1.46	1.32	1.78	1.37
Asn	AAC	29	21	25	45	40	0.86	0.63	0.76	1.36	1.19	Pro	CCC	14	9	16	20	23	0.42	0.27	0.49	0.60	0.69
Asp	GAT	35	38	34	24	26	1.04	1.13	1.04	0.73	0.77	Ser	AGG	56	42	36	65	50	1.67	1.25	1.10	1.96	1.49
Asp	GAC	15	9	12	26	18	0.45	0.27	0.37	0.79	0.54	Ser	AGA	78	83	93	82	113	2.32	2.47	2.84	2.48	3.37
Cys	TGT	34	35	36	23	18	1.01	1.04	1.10	0.69	0.54	Ser	AGT	46	65	68	58	56	1.37	1.93	2.08	1.75	1.67
Cys	TGC	17	7	11	9	13	0.51	0.21	0.34	0.27	0.39	Ser	AGC	19	13	16	29	33	0.57	0.39	0.49	0.88	0.98
Gln	CAG	22	11	14	18	13	0.66	0.33	0.43	0.54	0.39	Ser	TCG	25	13	20	16	9	0.74	0.39	0.61	0.48	0.27
Gln	CAA	33	44	41	33	39	0.98	1.31	1.25	1.00	1.16	Ser	TCA	55	61	38	31	40	1.64	1.82	1.16	0.94	1.19
Glu	GAG	24	28	25	31	26	0.71	0.83	0.76	0.94	0.77	Ser	TCT	97	110	95	80	92	2.89	3.27	2.91	2.42	2.74
Glu	GAA	42	42	58	40	47	1.25	1.25	1.77	1.21	1.40	Ser	TCC	42	29	30	33	38	1.25	0.86	0.92	1.00	1.13
Gly	GGG	41	37	38	81	78	1.22	1.10	1.16	2.45	2.32	Thr	ACG	17	15	17	17	15	0.51	0.45	0.52	0.51	0.45
Gly	GGA	77	90	78	78	84	2.29	2.68	2.39	2.36	2.50	Thr	ACA	30	34	39	53	50	0.89	1.01	1.19	1.60	1.49
Gly	GGT	56	48	44	35	31	1.67	1.43	1.35	1.06	0.92	Thr	ACT	72	76	68	84	85	2.14	2.26	2.08	2.54	2.53
Gly	GGC	15	14	25	18	20	0.45	0.42	0.76	0.54	0.60	Thr	ACC	27	22	25	32	41	0.80	0.65	0.76	0.97	1.22
His	CAT	38	40	39	41	38	1.13	1.19	1.19	1.24	1.13	Trp	TGG	36	28	33	38	20	1.07	0.83	1.01	1.15	0.60
His	CAC	19	19	23	26	25	0.57	0.57	0.70	0.79	0.74	Trp	TGA	70	74	72	65	80	2.08	2.20	2.20	1.96	2.38
Ile	ATT	186	203	197	136	142	5.54	6.04	6.03	4.11	4.23	Tyr	TAT	71	73	75	53	59	2.11	2.17	2.29	1.60	1.76
Ile	ATC	50	46	36	53	68	1.49	1.37	1.10	1.60	2.03	Tyr	TAC	25	18	20	43	41	0.74	0.54	0.61	1.30	1.22
Leu	TTG	104	88	116	88	54	3.10	2.62	3.55	2.66	1.61	Val	GTG	54	42	46	50	53	1.61	1.25	1.41	1.51	1.58
Leu	TTA	255	305	262	247	266	7.59	9.08	8.01	7.46	7.93	Val	GTA	95	93	83	118	136	2.83	2.77	2.54	3.56	4.05
Leu	CTG	29	19	25	53	34	0.86	0.57	0.76	1.60	1.01	Val	GTT	98	100	112	97	68	2.92	2.98	3.43	2.93	2.03
Leu	CTA	79	67	65	111	133	2.35	1.99	1.99	3.35	3.96	Val	GTC	23	18	16	29	36	0.68	0.54	0.49	0.88	1.07
Leu	CTT	99	92	75	82	80	2.95	2.74	2.29	2.48	2.38
Leu	CTC	26	18	12	25	45	0.77	0.54	0.37	0.76	1.34

^*No.  = number in all coding genes.

^**Xa = Xiphinema americanum; Xr = Xiphinema rivesi; Xp = Xiphinema pachtaicum; Pl = Paralongidorus litoralis; and Lv = Longidorus vineacola.

^***% = percentage in respect to the total number of codons in the genome.