Skip to main content
. 2017 Feb 2;12(2):e0171254. doi: 10.1371/journal.pone.0171254

Table 1. Results of single marker based association analysis (Sm-GWAS) for eight phenotypic traits, and characteristics of the loci significantly associated with each trait.

Chr Site PTHT LFAG TINB SLA DTHD SHDW LFSNS 21 SPKST MAF Marker R2 Marker effect
1 5 721 734 8.E-06 0.08 0.05 -0.03
1 5 815 041 3.E-05 0.08 0.05 -0.02
1 27 161 527 4.E-05 0.12 0.10 -12.41
1 27 196 502 9.E-06 0.1 0.11 -15.17
1 27 251 511 4.E-08 0.07 0.17 -24.52
1 27 262 971 9.E-05 0.08 0.09 -15.59
1 27 718 131 2.E-05 0.05 0.10 -16.76
1 27 941 462 4.E-06 0.08 0.12 -16.08
1 30 476 158 6.E-05 0.37 0.06 0.05
1 33 007 138 7.E-05 0.44 0.09 -0.08
1 34 906 121 6.E-06 0.04 0.12 0.21
1 35 001 790 6.E-06 0.04 0.12 0.21
1 35 080 336 2.E-07 0.03 0.15 0.26
1 38 434 998 9.E-05 0.49 0.08 -15.74
1 38 999 211 2.E-07 0.35 0.14 24.57
1 39 032 128 2.E-07 0.35 0.14 24.57
1 39 264 931 7.E-05 0.19 0.08 -13.97
1 39 563 606 2.E-05 0.43 0.10 13.90
2 891 822 4.E-06 0.05 0.12 0.15
2 6 086 495 9.E-05 0.35 0.06 0.01
2 8 342 506 8.E-05 0.08 0.09 13.04
2 8 442 473 5.E-05 0.07 0.09 -13.89
2 8 449 912 3.E-06 0.08 0.13 -15.18
2 8 454 752 5.E-05 0.07 0.09 -13.89
2 34 882 131 9.E-05 0.49 0.05 -0.01
2 34 889 065 9.E-05 0.43 0.10 -0.01
3 137 167 2.E-05 0.16 0.03 0.02
3 1 177 466 9.E-05 0.35 0.08 9.28
3 9 308 870 6.E-06 0.37 0.11 -26.75
3 9 324 606 2.E-05 0.34 0.10 24.77
3 9 363 021 6.E-05 0.35 0.09 21.98
3 9 896 090 1.E-05 0.32 0.08 59.14
3 10 147 632 5.E-07 0.05 0.14 -19.74
3 10 197 954 2.E-06 0.08 0.13 -15.37
3 12 537 441 3.E-09 0.04 0.19 0.25
4 2 533 498 1.E-05 0.22 0.10 8.86
4 6 069 831 9.E-05 0.16 0.09 0.09
4 16 718 536 9.E-05 0.03 0.09 -17.91
4 17 876 533 7.E-05 0.11 0.09 0.10
4 25 760 519 9.E-06 0.07 0.04 0.01
4 21 450 464 7.E-05 0.04 0.08 -30.64
4 30 227 164 9.E-05 0.17 0.04 -0.04
4 30 483 968 7.E-05 0.05 0.09 -16.37
4 30 571 650 6.E-05 0.06 0.09 -15.04
4 30 573 319 6.E-07 0.05 0.14 -22.99
4 30 575 948 6.E-07 0.05 0.14 -22.99
4 30 580 954 6.E-07 0.05 0.14 -22.99
4 30 585 343 6.E-07 0.05 0.14 -22.99
4 30 598 452 6.E-07 0.05 0.14 -22.99
4 30 607 537 6.E-07 0.05 0.14 -22.99
4 30 610 597 6.E-07 0.05 0.14 -22.99
4 31 616 428 5.E-05 0.47 0.09 6.44
4 31 751 802 4.E-06 0.49 0.12 7.30
4 31 764 040 2.E-05 0.3 0.10 7.75
5 147 944 1.E-06 0.38 0.12 -4.68
5 165 296 8.E-05 0.42 0.08 -3.67
5 692 983 9.E-05 0.17 0.03 -0.02
5 3 664 582 9.E-10 0.05 0.20 -27.46
5 3 674 037 9.E-10 0.05 0.20 -27.46
5 3 765 056 9.E-10 0.05 0.20 -27.46
5 3 977 568 2.E-05 0.06 0.10 -14.83
5 4 131 283 7.E-06 0.07 0.11 -16.17
5 4 146 770 7.E-06 0.07 0.11 -16.17
5 4 188 405 2.E-06 0.05 0.12 -17.89
5 4 198 477 2.E-06 0.05 0.12 -17.89
5 4 254 037 2.E-06 0.05 0.12 -17.89
5 4 266 382 2.E-06 0.05 0.12 -17.89
5 4 417 332 3.E-08 0.04 0.17 -24.67
5 4 484 555 3.E-06 0.04 0.12 17.48
5 4 554 886 1.E-05 0.05 0.11 -15.74
5 4 620 602 2.E-06 0.05 0.12 -17.89
5 8 970 765 5.E-05 0.07 0.09 13.63
5 22 627 608 7.E-05 0.04 0.09 - 0.19
5 22 836 374 9.E-05 0.02 0.09 - 0.29
5 22 872 767 9.E-05 0.02 0.09 - 0.29
5 23 074 249 9.E-05 0.02 0.09 - 0.29
5 23 213 365 9.E-05 0.02 0.09 - 0.29
6 2 382 723 9.E-05 0.04 0.09 59.14
6 2 859 743 4.E-05 0.13 0.10 39.82
6 3 081 327 4.E-05 0.05 0.10 0.18
6 3 191 839 9.E-05 0.35 0.09 -26.46
6 3 359 591 1.E-05 0.06 0.11 0.14
6 3 437 953 5.E-07 0.05 0.14 0.19
6 28 956 397 4.E-06 0.08 0.12 -11.96
7 3 538 451 9.E-05 0.19 0.02 0.04
7 5 277 899 7.E-07 0.03 0.14 -25.83
7 5 387 715 7.E-07 0.03 0.14 -25.83
7 5 388 753 4.E-05 0.04 0.10 -25.83
7 5 424 303 4.E-05 0.04 0.10 -19.90
7 5 457 657 7.E-07 0.03 0.14 -19.90
7 5 611 869 5.E-05 0.04 0.09 -17.17
7 5 643 230 6.E-05 0.04 0.09 -16.09
7 8 833 570 6.E-05 0.03 0.13 -0.01
7 15 887 872 9.E-05 0.41 0.01 0.01
7 19 592 109 1.E-05 0.04 0.01 -45.64
7 19 948 291 2.E-05 0.02 0.10 64.93
7 22 976 125 1.E-05 0.05 0.11 -18.20
7 23 077 968 3.E-05 0.05 0.10 -16.39
7 23 495 097 1.E-05 0.05 0.11 -18.20
7 23 523 728 7.E-06 0.06 0.11 -19.79
7 29 322 083 9.E-05 0.2 0.08 - 0.08
8 18 993 843 1.E-05 0.11 0.11 -12.96
8 19 029 370 5.E-05 0.07 0.10 -13.85
8 26 037 764 9.E-05 0.05 0.07 -26.02
8 26 047 920 3.E-05 0.04 0.08 -28.93
9 20 936 773 9.E-05 0.4 0.03 0.03
9 20 951 734 8.E-05 0.4 0.04 0.03
10 15 924 661 9.E-05 0.07 0.09 -13.40
10 17 237 925 9.E-05 0.19 0.02 0.03
10 17 381 269 9.E-05 0.17 0.03 0.03
10 20 930 075 6.E-05 0.13 0.09 0.09
10 21 182 537 8.E-06 0.17 0.08 0.07
11 442 456 5.E-05 0.27 0.08 - 0.06
11 19 036 381 2.E-05 0.1 0.10 -35.65
11 19 474 124 3.E-05 0.12 0.10 -32.26
11 20 139 623 8.E-05 0.06 0.09 - 0.14
11 21 860 824 9.E-05 0.1 0.08 45.48
11 21 862 228 4.E-05 0.1 0.09 47.87
12 3 298 469 5.E-06 0.08 0.12 -16.83
12 3 337 493 5.E-06 0.08 0.12 -16.13
12 3 418 976 3.E-05 0.05 0.10 16.13
12 6 136 693 9.E-05 0.25 0.03 0.12
12 24 182 554 2.E-05 0.03 0.10 0.22
12 25 624 918 3.E-08 0.03 0.25 0.26
12 25 666 758 2.E-05 0.05 0.11 0.14
12 25 672 735 3.E-09 0.04 0.19 0.22
12 25 675 740 3.E-09 0.04 0.19 0.22

PTHT: Plant height; LFAG: Angle of the leaf immediately below the flag leaf; TINB: number of tillers; DTHD: time of flowering; SLA: Specific leaf area; SHDW: shoot dry weight; LFSNS 21: Leaf senescence; SPKST: Spikelet sterility.