Table 3. Validation of SNPs linked to stem rust resistance in the 2nd and 5th SRRSNs by KASP assay.
| Line | Rust response | JD_c6624_7769357 | CAP7_c2912_1387634 | Ex_c5884_10325223 | Ra_c25242_34807178 | Ex_c2123_3988735 | Ex_c12556_19992307 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| (7DL*) | (7DL*) | (7DL) | (7DL) | (7DS) | (7BL) | ||
| H2_11 | Sr25 | G:G | A:A | T:T | C:C | C:C | A:A |
| H2_12 | Sr25 | G:G | A:A | T:T | C:C | C:C | A:A |
| H2_42 | Sr25 | G:G | A:A | T:T | C:C | C:C | G:A |
| H2_69 | Sr25 | G:G | A:A | T:T | C:C | C:C | A:A |
| H2_70 | Sr25 | G:G | A:A | T:T | C:C | C:C | G:A |
| M5_2 | Sr25 | G:G | A:A | T:T | C:C | T:T | G:A |
| M5_3 | Sr25 | G:G | A:A | T:T | C:C | C:C | G:A |
| M5_4 | Sr25 | G:G | A:A | T:T | C:C | C:C | G:A |
| M5_5 | Sr25 | G:G | A:A | T:T | C:C | C:C | G:A |
| M5_6 | Sr25 | G:G | A:A | T:T | C:C | C:C | G:A |
| M5_25 | Sr25 | G:G | A:A | T:T | C:C | C:C | A:A |
| M5_26 | Sr25 | G:G | A:A | T:T | C:C | C:C | G:A |
| M5_98 | Sr25 | G:G | A:A | T:T | C:C | C:C | A:A |
| M5_106 | Sr25 | G:G | A:A | T:T | C:C | C:C | G:A |
| M5_162 | Sr25 | G:G | A:A | T:T | C:C | C:C | A:A |
| M5_163 | Sr25 | G:G | A:A | T:T | C:C | T:T | A:A |
| M5_165 | Sr25 | G:G | A:A | T:T | C:C | C:C | G:A |
| M5_171 | Sr25 | G:G | A:A | T:T | C:C | C:C | G:A |
| M5_107 | APR-R | G:G | A:A | T:T | C:C | C:C | G:A |
| M5_81 | APR-R | G:G | ? | T:T | C:C | T:T | G:A |
| H2_28 | Sr-Sharp | A:A | G:G | T:T | C:C | T:T | G:G |
| H2_73 | S | A:A | G:G | C:C | C:C | T:T | ? |
| H2_30 | - | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_76 | - | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_57 | APR-MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_131 | APR-MR | A:A | G:G | ? | A:A | T:T | A:A |
| M5_10 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_11 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_12 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_22 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_33 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_36 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_37 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_41 | APR-R | A:A | ? | ? | A:A | T:T | G:A |
| M5_45 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_46 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_47 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_48 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_49 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_50 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_52 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_53 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_66 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_68 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_69 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_72 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_83 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_85 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_99 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_102 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_126 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_130 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_137 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_138 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_142 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_143 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_147 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_148 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_149 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_154 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_164 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_172 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_173 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_182 | APR-R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_7 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | ? | A:A |
| M5_9 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_13 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_14 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_15 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_17 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_18 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_19 | APR-RMR | A:A | ? | ? | A:A | ? | ? |
| M5_21 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_23 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_24 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_30 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | ? |
| M5_31 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_32 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_34 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_35 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_38 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_39 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_40 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_43 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_44 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_51 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_54 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_58 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_59 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_60 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_61 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_62 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_64 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_65 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_67 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_70 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_71 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_73 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_74 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_75 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_76 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:A |
| M5_77 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_78 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_79 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | ? |
| M5_80 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_82 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_84 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_86 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_87 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_88 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | ? | G:G |
| M5_90 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_92 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_93 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_94 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_95 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_96 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_97 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_100 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_104 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_105 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_127 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:A |
| M5_128 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_132 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_133 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_134 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_135 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_136 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_139 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_140 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_141 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_144 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_145 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_146 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_150 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | ? |
| M5_151 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_152 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_153 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_158 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_166 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_167 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_168 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_169 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_170 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_176 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_177 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_178 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_179 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_180 | APR-RMR | ? | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_181 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_2 | MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_13 | MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_14 | MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_17 | MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_25 | MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_26 | MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_31 | MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_33 | MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_34 | MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_38 | MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_40 | MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_47 | MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_52 | MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_60 | MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_65 | MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_68 | MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_77 | MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_78 | MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_80 | MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_81 | MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_84 | MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_85 | MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_86 | MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_93 | MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_41 | MR-MS | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_43 | MR-MS | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_44 | MR-MS | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_45 | MR-MS | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_46 | MR-MS | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_49 | MR-MS | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_50 | MR-MS | A:A | G:G | C:C | ? | T:T | G:G |
| H2_51 | MR-MS | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_55 | MR-MS | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_56 | MR-MS | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_57 | MR-MS | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_58 | MR-MS | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_59 | MR-MS | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_62 | MR-MS | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_1 | MS | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_3 | MS | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_10 | MS | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_20 | MS | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_21 | MS | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_22 | MS | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_27 | MS | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_29 | MS | A:A | G:G | C:C | A:A | ? | G:G |
| H2_36 | MS | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_37 | MS | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_39 | MS | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_48 | MS | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_54 | MS | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_61 | MS | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_66 | MS | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_74 | MS | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_89 | MS | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_184 | MS-S | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_87 | R | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_5 | R-MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_6 | R-MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_8 | R-MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_16 | R-MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_24 | R-MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_35 | R-MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_53 | R-MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_63 | R-MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_79 | R-MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:A |
| H2_82 | R-MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_83 | R-MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_90 | R-MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | ? |
| H2_91 | R-MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_92 | R-MR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_9 | S | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_18 | S | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_19 | S | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_32 | S | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_64 | S | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_75 | S | A:A | G:G | C:C | C:C | T:T | G:G |
| M5_91 | APR-RMR | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_63 | Sr26 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_89 | Sr26 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_103 | Sr26 | A:A | G:G | C:C | A:A | ? | A:A |
| M5_129 | Sr26 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_155 | Sr26 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_156 | Sr26 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_157 | Sr26 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_160 | Sr26 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_161 | Sr26 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_42 | Sr26? | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_159 | Sr26? | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_15 | Sr33? | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_67 | SrHUW234 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_20 | SrHuw234 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_55 | SrHuw234 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_56 | SrHuw234 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_109 | SrHuw234 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_110 | SrHuw234 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_111 | SrHuw234 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_112 | SrHuw234 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_116 | SrHuw234 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_117 | SrHuw234 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_118 | SrHuw234 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_119 | SrHuw234 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_120 | SrHuw234 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | ? |
| M5_121 | SrHuw234 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_122 | SrHuw234 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_123 | SrHuw234 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_124 | SrHuw234 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_125 | SrHuw234 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_7 | SrHUW234 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_108 | SrHuw234/Sr26 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_113 | SrHuw234/Sr26 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_114 | SrHuw234/Sr26 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_115 | SrHuw234/Sr26 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_4 | Sr-ND643 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_71 | SrSha7 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_72 | SrSha7 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_94 | SrSha7 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_8 | SrSha7 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_27 | SrSha7 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_28 | SrSha7 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_29 | SrSha7 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_183 | SrSha7 | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| H2_88 | SrSynthetic | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| H2_23 | SrTmp | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_1 | SrTmp | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_101 | SrTnmu | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | A:A |
| M5_174 | SrTnmu | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
| M5_175 | SrTnmu | A:A | G:G | C:C | A:A | T:T | G:G |
Notes: H2 = the 2nd SRRSN. M5 = the 5th SRRSN. SR, plant response to the stem rust pathogens. APR, adult plant resistance. R = resistance. S = susceptible. MR = moderate resistance. Yellow = Sr25 haplotypes. Other colors = non-Sr25 haplotypes.
*, marker’s position was reassigned based on the linkage disequilibrium analysis.?, result could not be determined.