Table 4.
Pseudomonas isolates and environmental samples affiliation to the different P. fluorescens complex phylogroups.
| Isolate/sample tested | Markers | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| DGPf_0 | DGPf_1 | DGPf_2 | DGPf_3 | DGPf_4 | DGPf_5 | DGPf_6 | DGPf_7 | DGPf_8 | P. fluorescens phylogroup identified | |
| EMC3a,b | + | − | + | − | − | − | − | − | − | P. koreensis |
| EMC5a | + | − | + | − | − | − | − | − | − | P. koreensis |
| RMT7a | + | − | + | − | − | − | − | − | − | P. koreensis |
| RMC4 | + | − | + | − | − | − | − | − | − | P. koreensis |
| RMC9 | + | − | + | − | − | − | − | − | − | P. koreensis |
| 3.2ab | + | − | + | − | − | − | − | − | − | P. koreensis |
| EMC11 | + | − | + | + | − | − | − | − | − | P. jessenii |
| RMT1a | + | − | + | + | − | − | − | − | − | P. jessenii |
| RMT2a | + | − | + | + | − | − | − | − | − | P. jessenii |
| RMC8 | + | − | + | + | − | − | − | − | − | P. jessenii |
| HFL1 | + | − | + | + | − | − | − | − | − | P. jessenii |
| HFL4 | + | − | + | + | − | − | − | − | − | P. jessenii |
| EMC7a | − | − | − | − | − | + | − | + | − | P. fluorescens |
| EMT2 | − | − | − | − | − | + | − | + | − | P. fluorescens |
| EMT8 | − | − | − | − | − | + | − | + | − | P. fluorescens |
| RMT4a | − | − | − | − | − | + | − | + | − | P. fluorescens |
| RMT12 | − | − | − | − | − | + | − | + | − | P. fluorescens |
| RMP9a,b | + | + | − | − | − | − | − | − | − | P. corrugata |
| 7.3a,b | + | + | − | − | − | − | − | − | − | P. corrugata |
| Soil sample | + | − | − | + | − | + | − | + | − | P. mandelii and P. fluorescens |
| Rhizosphere sample 1 | + | + | + | + | − | + | − | + | − | P. corrugata, P. koreensis, P. jessenii, P. mandelii, and P. fluorescens |
| Rhizosphere sample 2 | + | − | + | + | − | + | − | + | + | P. koreensis, P. jessenii, P. mandelii, P. fluorescens, and P. chlororaphis |
a
Group adscription confirmed by 16S rDNA sequence.
b
Group adscription confirmed by whole-genome sequence.