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. 2016 Nov 22;8(1):679–691. doi: 10.18632/oncotarget.13510

Table 5. Primers designed for multiplex PCR.

Genes Fragment Forward primer Reverse primer
RASSF1 RASSF1_M1 AAGGAGGGAAGGAAGGGTAAG CCAACTCCCRCAACTCAATAAAC
RASSF1_M2 GGGGAGTTTGAGTTTATTGAGTTG CCCAAATAAAATCRCCACAAAAATC
RASSF1_M3 GATTTTTGTGGYGATTTTATTTGG TACATATAAACAACCACCTCTACTCATCT
RASSF1_M5 GGTAAGYGTATAAGAGTGGTTTTTGGT AACAAACCACAATACAAACATTCTC
RASSF1_M6 GATTTAGTTTTTGTTTTATTGGGGTAG ACCCAAACTAACCCAAACTCC
RASSF1_M7 GTTGTTTTAGGTTATTTYGAAAGAAGG CTACCCCAATAAAACAAAAACTAAATC
RASSF1_M8 GTTAGGAGGGTGGGGTTGTTTA CCTTCTTTCRAAATAACCTAAAACAAC
RASSF1_M9 GGTYGGTTTTAGTTATAGTTGGATAATG TAAACAACCCCACCCTCCTAAC
PIK3R1 PIK3R1_M2 GTTTGGGGTTGGTTGAAAGAT CCTAACRAACCCTTCCTACCAC
PIK3R1_M4 TGGAGYGGAGTTGGAGGAAGTAG CACACCCRAAACTACTACTACCTACCTA
PIK3R1_M5 GGAAAYGGGAGTTAGGATGG CAACAACAACCCCRAATATATATACTC
PIK3R1_M6 GTAGYGATTTTGGTTGTAGTTGGAG CCATCCTAACTCCCRTTTCC
PIK3R1_M7 TTTYGTGGTTTTTTAGTTGTAGTTAGG CCAACAACCTACCCAAACTTAAC
PIK3R1_M8 GAAATTTAGTTGGTTTTTTAATGAGGA ACCTCCCCCCAACCTATTC
ITGAV ITGAV_M1 TTGAGAGGTAGGATGGGTGAG TCTTCTCTCRAAACTCCTACTACCTCT
ITGAV_M2 AGGTAGTAGGAGTTTYGAGAGAAGAAG AAACTCAACCCTCTTACCTACCC
ITGAV_M3 GGGGTAGGTAAGAGGGTTGAG ACTCCTCCTCCTTCCAAATCTC
NFKB1 NFKB1_M2 GGGGTAGGAAGAGGAGGTTT AACCRAACCAAACCAATCAAC
NFKB1_M3 GTTGATTGGTTTGGTTYGGTT CCCTACCRAACCCCCACT
NFKB1_M4 GGGAGGAGGTTGATAGTAGTTGAG CACTCCAACCTTCTCACCATC
TAP2 TAP2_M1 GGTGGTTTAYGTTTGTAATTATAGTATTTTG CTCACTCTTATCRCCCAAACTAAAATAC
TAP2_M2 GTTAAGGTTTTTATTTTGGGTTGG TCTCCAATTACAAAACATTCTCCA
TAP2_M3 GGAGTGGGTAGTTATTTGGGTTG CCAACCCAAAATAAAAACCTTAAC
APC APC_M2 GGGTTAGGGTTAGGTAGGTTGTG CATTCTATCTCCAATAACACCCTAAC
BRCA1 BRCA1_M1 GGGAGGAATTTTGTAAAGAAGAGG ACRAACTAAAAAACTCCTCCAACAC
BRCA1_M2 GGGGAGGYGGTAATGTAAAGAT ACCCCTCAACCCCAATATTTA
BRCA1_M3 AGTGATGTTTTGGGGTATTGG AAACTCCTAACCTCATAACCAACC
BRCA1_M4 GAGGTTAGGAGTTTTAGATTAGTTTGATT CCATCCTCTCATACATACCAACC
CCND1 CCND1_M3 TAGGGTTTGATTTTYGTTTGTAGG AAAACCCCAAAAATTCAAACTC
CDH1 CDH1_M1 GGAATTGTAAAGTATTTGTGAGTTTG CTCCTCAAAACCCRAACTTTCT
CDKN2A CDKN2A-2 GGGATATGGAGGGGGAGAT CTTCTTCCTCTTTCCTCTTCCC
CDKN2A-4 AATAAAATAAGGGGAATAGGGGAG CCATCTTCCCACCCTCAA
CDKN2A-6 GTAGTTAAGGGGGTAGGAGTGG ACTACTACCCTAAACRCTAACTCCTCAA
CDKN2A-7 TTGAGGAGTTAGYGTTTAGGGTAGTAGT TCAATAATACTACRAAAACCACATATCTAAATC
CDKN2A_M8 GTTTTTTAGGTTGGAGTGTAATGG TCTATAATCCCAACATTCTAAAAAACC
CDKN2A_M9 TTAGAGGATTTGAGGGATAGGGT AACCAATCAACCRAAAACTCC
CDKN2A_M10 GGAGTTTTYGGTTGATTGGTT CCCAAAAAACCTCCCCTTT
BNIP3 BNIP3-1 GGTAAYGTGGATTTTGAGGTTGT CCATCCTCCCCTTCCRTAC
BNIP3-3 GGTTGYGGGATGTGTTTTAGTT CAAACCTCTACCCCTCRCCC
BNIP3-6 GGTGGGTYGGAGTTGAGYGT TACACCRCRAAAACCCCTTAC
BNIP3-7 GTAAGGGGTTTTYGGGGTGTA CCTCTAAAAAATACCTCCCAATCC
HTATIP2 HTATIP2-1 TTTGGGTGAGTTGAGTTTAGTAGG AAACATCCCACCTTCCCTAA
HTATIP2-2 TTAGGGAAGGTGGGATGTTT ACTACTAACATCACTAAACATACCCCAC
PRDM16 PRDM16-1 GGTAGGGAATGGGGTTGTG CTAAACCTTCTACCTTAAATCCTCC
PRDM16-2 GGAGGATTTAAGGTAGAAGGTTTAG ACTCCTAACCTTACCCTCCCTAC
PRDM16-3 GTAGGGAGGGTAAGGTTAGGAGT AATAACCCRAACCCAAAAACCT
PRDM16-4 AGGTTTTTGGGTTYGGGTTATT AACTAAACCACCTTCRAAAACCC
PRDM16-5 GGGTTTTYGAAGGTGGTTTAGTT CTCCRCCACTACCCAAAC
PRDM16-7 GAGGGGAGAATGTAGGAGAAAAG CTACTACTCCCRCCCCAACC
PRDM16-8 GGTTGGGGYGGGAGTAGTAG CACTTATCTCTCCCCCCTCTC
PRDM16-9 GAGAGGGGGGAGAGATAAGTG CACTATCTTCATCTCCCCAACA
PTEN PTEN-1 TTAGGGAGGGGGTTTGAGT CTCCTCAACAACCAAAAACCTAA
PTX3 PTX3-1 GTAGGTTTGGGYGGGTTGTT TCCAAAACACTAATCAACCTAACCT
PTX3-2 AGGTTAGGTTGATTAGTGTTTTGGA CTCCTTACCTACCRACAACCAA
SOCS1 SOCS1-1 GGGGAGGGTATTTATATGGTTTTA ACTAAAAACCCCRCTACRCCAAC
SOCS1-2 GTTGGYGTAGYGGGGTTTTTAGT CCTACRAATTCTACTAAAAACCCCTAA
SOCS1-3 TTAGGGGTTTTTAGTAGAATTYGTAGG CAATCTCCACAACAACAAAACC