TABLE 3.
Genotypic classification of Cape Town M. tuberculosis isolates with ≤6 IS6110 elements
| Name | Principal genetic group | IS6110 copy no. | IS-3′ type | IS-5′ type | PGRS type | 12 MIRU-VNTR type (allele combination)a | 9 VNTR allele combinationb | Spoligotype (octal format)c |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| SA CT(1) | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 (225125113322) | 144442353 | 1 (777777777760771) |
| SA CT(2) | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 (223325153323) | 142442383 | 2 (777776777760601) |
| SA CT(3) | 2 | 2 | 2 | 2 | 3 | 3 (224325123422) | 242442343 | 3 (777736777760601) |
| SA CT(4) | 2 | 2 | 2 | 2 | 3 | 3 (224325123422) | 242442343 | 2 (777776777760601) |
| SA CT(5) | 2 | 2 | 2 | 2 | 4 | 4 (224325143223) | ND | 3 (777736777760601) |
| SA CT(6) | 2 | 2 | 2 | 2 | 4 | 4 (224325143223) | 442442333 | 2 (777776777760601) |
| SA CT(7) | 2 | 2 | 2 | 2 | 5 | 5 (224325143324) | 242442343 | 4 (677776777760601) |
| SA CT(8) | 2 | 2 | 2 | 2 | 5 | 5 (224325143324) | 242442343 | 3 (777736777760601) |
| SA CT(9) | 2 | 2 | 2 | 2 | 5 | 5 (224325143324) | 242442343 | 2 (777776777760601) |
| SA CT(10-11) | 2 | 2 | 2 | 2 | 6, 7 | 6 (224325153223) | 442442431 | 2 (777776777760601) |
| SA CT(12) | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 7 (224325153323) | 142442383 | 2 (777776777760601) |
| SA CT(13) | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 7 (224325153323) | 142442383 | 5 (777776777760771) |
| SA CT(14) | 2 | 3 | 3 | 3d | 8 | 8 (223325143323) | 2424422?3 | 6 (777776777720601) |
| SA CT(15) | 2 | 3 | 3 | 4 | 9 | 9 (224325133324) | 442442333 | 7 (737776777760601) |
| SA CT(16) | 2 | 3 | 3 | 4 | 9 | 10 (224325153323) | 442442333 | 7 (737776777760601) |
| SA CT(17) | 2 | 3 | 4 | 5 | 10 | 11 (223325163322) | 242442333 | 8 (767776777760601) |
| SA CT(18) | 2 | 3 | 4 | 5 | 10 | 12 (224325163322) | 242442333 | 8 (767776777760601) |
| SA CT(19) | 2 | 3 | 5 | 6 | 11 | 13 (224325153222) | 522442332 | 9 (777776777760711) |
| SA CT(20) | 2 | 3 | 5 | 7d | 12 | 14 (224325153324) | 252441343 | 10 (743776777760601) |
| SA CT(21) | 2 | 3 | 6d | 5 | 13 | 15 (223325153223) | 442442333 | 2 (777776777760601) |
| SA CT(22) | 2 | 3 | 6d | 5 | 14 | 10 (224325153323) | 442442333 | 2 (777776777760601) |
| SA CT(23) | 2 | 3 | 6d | 5 | 14 | 16 (224325153323) | 452442333 | 2 (777776777760601) |
| SA CT(24) | 2 | 3 | 7 | 8 | 15 | 17 (223325163433) | ND | 2 (777776777760601) |
| SA CT(25) | 2 | 4 | 8 | 9 | 16 | 18 (223325143322) | 432442333 | 5 (777776777760771) |
| SA CT(26-30) | 2 | 4 | 8 | 9 | 16, 17, 18, 19, 20 | 19 (223325143324) | 432442333 | 5 (777776777760771) |
| SA CT(31) | 2 | 4 | 8 | 9 | 19 | 20 (223325143325) | 432442333 | 5 (777776777760771) |
| SA CT(32-34) | 2 | 4 | 8 | 9 | 17, 21, 22 | 21 (223325153324) | 432442333 | 11 (777776777760731) |
| SA CT(35-36) | 2 | 4 | 8 | 10 | 23, 24 | 22 (223325153224) | 332442343 | 12 (700076777760771) |
| SA CT(37) | 2 | 4 | 8 | 10 | 23 | 23 (224325153322) | 432442343 | 12 (700076777760771) |
| SA CT(38-44) | 2 | 4 | 8 | 10 | 23, 25, 26, 27, 28, 29, 30 | 24 (224325153324) | 432442343 | 12 (700076777760771) |
| SA CT(45) | 2 | 4 | 8 | 10 | 31 | 24 (224325153324) | ND | 5 (777776777760771) |
| SA CT(46-47) | 2 | 4 | 8 | 11 | 32, 33 | 25 (224325153324) | 332442331 | 12 (700076777760771) |
| SA CT(48) | 2 | 4 | 9 | 12d | 34 | 26 (224325153324) | 432442333 | 13 (777776777760740) |
| SA CT(49-50) | 2 | 4 | 9 | 9 | 34, 35 | 21 (223325153324) | 432442333 | 13 (777776777760740) |
| SA CT(51-52) | 2 | 4 | 9 | 9 | 34, 35 | 27 (224325133324) | 432442333 | 13 (777776777760740) |
| SA CT(53) | 2 | 4 | 9 | 9 | 34 | 28 (226325153324) | 432442333 | 13 (777776777760740) |
| SA CT(54) | 2 | 4 | 9 | 10 | 36 | 24 (224325153324) | 432442343 | 14 (700076774360771) |
| SA CT(55) | 2 | 4 | 9 | 10 | 37 | 29 (224325153325) | 432442343 | 15 (700076777740371) |
| SA CT(56) | 2 | 4 | 10 | 13 | 38 | 30 (224325153434) | ND | 2 (777776777760601) |
| SA CT(57) | 2 | 4 | 11 | 14 | 39 | 31 (224225164434) | ND | 16 (700076777760671) |
| SA CT(58) | 2 | 5 | 12 | 15d | 40 | 32 (224325143324) | 432442334 | 5 (777776777760771) |
| SA CT(59) | 2 | 5 | 12 | 16 | 41 | 33 (224325153322) | 432442333 | 17 (777776777560771) |
| SA CT(60) | 2 | 5 | 12 | 16 | 42 | 33 (224325153322) | 432442333 | 15 (777776777760771) |
| SA CT(61) | 2 | 5 | 12 | 16 | 41 | 34 (234325133323) | 432442333 | 17 (777776777560771) |
| SA CT(62) | 2 | 5 | 12 | 16 | 41 | 35 (234325153323) | ND | 5 (777776777760771) |
| SA CT(63) | 2 | 5 | 12 | 17 | 41 | 33 (224325153322) | 432442333 | 18 (777776617560771) |
| SA CT(64) | 2 | 5 | 13 | 18 | 43 | 36 (224325153222) | 532442433 | 12 (700076777760771) |
| SA CT(65) | 2 | 5 | 13 | 18 | 44 | 37 (224325153222) | 532442333 | 12 (700076777760771) |
| SA CT(66) | 2 | 6 | 14 | 19 | 45 | 38 (224325164335) | ND | 12 (700076777760771) |
| SA CT(67) | 1 | 5 | 15 | 20 | 46 | 39 (254316?34613) | ND | 19 (757777777413731) |
a
MIRU-VNTR loci according to reference 33.
b
VNTR loci 424, 577, 1895, 2347, 2401, 2461, 3171, 3690, and 4156 (see Table 1 and references 14 and 24 and P. Supply et al., unpublished data). ND, not determined; ?, missing VNTR allele.
c
Spoligotypes are arbitrary designations to demonstrate genetic diversity, and octal formats are according to reference 8.
d
Mutations in the IS6110-flanking domains other than in the DR region (43).