Table 2. Fresh, frozen or ethanol preserved samples of birds (representatives of 18 orders) and mammals (representatives of 6 orders) used to test the performance of the new primer sets, with information on voucher ID, fragments of the COI barcoding region that could be successfully amplified (colors refer to the fragments in Fig 1), and GenBank accession numbers.
| Segments of the COI barcoding region | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Species | Voucher ID1 | Start | In1 | In2 | In3 | In4 | End | GenBank Acc. No. | ||||
| Birds | ||||||||||||
| Apus apus (Apo) | NMW 95220 | A1 | KY754482 | |||||||||
| Aquila heliaca (Acc) | NMW Tsk8806 | A1 | KY754483 | |||||||||
| Ardea cinerea (Pel) | NMW 95269 | A1 | KY754483 | |||||||||
| Bubo bubo (Str) | NMW 96993 | A1 | KY754483 | |||||||||
| Buteo buteo (Acc) | NMW Sk11361 | A1 | KY754483 | |||||||||
| Caprimulgus europaeus (Cap) | NMW Sk9700 | A1 | KY754491 | |||||||||
| Carduelis carduelis (Pas) | ENR663 | A1 | KY754492 | |||||||||
| Chroicocephalus ridibundus (Cha) | G 1110 | A1 | KY661875 | |||||||||
| Ciconia ciconia (Cic) | ENR658 | A2 | KY754495 | |||||||||
| Columba palumbus (Col) | ENR666 | A2 | KY754497 | |||||||||
| Corvus monedula (Pas) | NMW 97965 | A1 | KY754498 | |||||||||
| Cuculus canorus (Cuc) | NMW Sk8428 | A1 | KY754498 | |||||||||
| Cygnus olor (Ans) | ENR655 | A1 | KY754502 | |||||||||
| Dendrocopos major (Pic) | ENR660 | A1 | KY754503 | |||||||||
| Erithacus rubecula (Pas) | ENR667 | A1 | KY754507 | |||||||||
| Falco tinnunculus (Fal) | ENR659 | A1 | KY754508 | |||||||||
| Hirundo rustica (Pas) | ENR651 | A1 | KY754510 | |||||||||
| Jynx torquilla (Pic) | G 518 | A1 | KY661876 | |||||||||
| Motacilla alba (Pas) | NMW Sk11330 | A1 | KY754516 | |||||||||
| Otis tarda (Oti) | NMW Tsk8715 | A1 | KY754526 | |||||||||
| Perdix perdix (Gal) | NMW 96059 | A1 | KY754528 | |||||||||
| Phalacrocorax carbo (Pel) | G 624 | A1 | KY661877 | |||||||||
| Podiceps cristatus (Pod) | NMW Sk9712 | M3 | KY754538 | |||||||||
| Prunella modularis (Pas) | ENR665 | A1 | KY754541 | |||||||||
| Rallus aquaticus (Gru) | G 849 | A1 | KY661878 | |||||||||
| Scolopax rusticola (Cha) | NMW Sk10060 | A1 | KY754548 | |||||||||
| Streptopelia decaocto (Col) | NMW 95649 | A1 | KY754551 | |||||||||
| Strix aluco (Str) | NMW 11352 | A1 | KY754552 | |||||||||
| Tadorna tadorna (Ans) | ENR649 | A1 | KY754553 | |||||||||
| Turdus merula (Pas) | ENR653 | A1 | KY754556 | |||||||||
| Upupa epops (Buc) | G 661 | A1 | KY661879 | |||||||||
| Vanellus vanellus (Cha) | NMW Sk11151 | A1 | KY754558 | |||||||||
| Mammals | ||||||||||||
| Apodemus flavicollis (Ro) | NMW 69080 | M1 | KY754481 | |||||||||
| Arvicola amphibius (Ro) | NMW 68442 | M3 | KY754485 | |||||||||
| Bos taurus breed (Ce) | - | M4 | KY661880 | |||||||||
| Capreolus capreolus (Ce) | NMW F 2732 | x | A2 | M4 | KY754489 | |||||||
| Capreolus capreolus (Ce) | SLJG 40784 | M4 | KY754490 | |||||||||
| Castor fiber (Ro) | NMW 68188 | M1 | KY754493 | |||||||||
| Cricetus cricetus (Ro) | NMW 68512 | M1 | KY754499 | |||||||||
| Crocidura suaveolens (Eu) | NMW 68240 | M4 | KY754500 | |||||||||
| Erinaceus roumanicus (Eu) | NMW 69082 | A2 | M1 | KY754506 | ||||||||
| Felis catus (Ca) | - | M4 | KY661882 | |||||||||
| Glis glis (Ro) | NMW 69079 | M1 | KY754509 | |||||||||
| Lepus europaeus (La) | NMW 69075 | M4 | KY754511 | |||||||||
| Lutra lutra (Ca) | NMW 68226 | M1 | KY754512 | |||||||||
| Martes foina (Ca) | NMW 68990 | x2 | M1 | KY754515 | ||||||||
| Martes foina (Ca) | NMW 68228 | 2 | M1 | KY754514 | ||||||||
| Muscardinus avellanarius (Ro) | NMW 69081 | M1 | KY754517 | |||||||||
| Mustela putorius (Ca) | NMW F 2735 | M1 | KY754518 | |||||||||
| Myotis mystacinus (Ch) | NMW 68355 | M3 | KY754520 | |||||||||
| Myotis nattereri (Ch) | OLML 2005/118 | x | X | M3 | KY754521 | |||||||
| Neomys anomalus (Eu) | OLML 2013/183 | M3 | KY754522 | |||||||||
| Nyctalus noctula (Ch) | NMW 68359 | x | M3 | KY754523 | ||||||||
| Nyctalus noctula (Ch) | OLML 2005/100 | M3 | KY754524 | |||||||||
| Ondatra zibethicus (Ro) | NMW 68327 | M3 | KY754525 | |||||||||
| Pipistrellus kuhlii (Ch) | NMW 68346 | x | M3 | KY754530 | ||||||||
| Pipistrellus nathusii (Ch) | NMW 68348 | x | x | x | M3 | KY754531 | ||||||
| Pipistrellus pipistrellus (Ch) | NMW 68447 | x | M4 | KY754532 | ||||||||
| Pipistrellus pygmaeus (Ch) | NMW 68352 | x | M4 | KY754533 | ||||||||
| Pipistrellus pygmaeus (Ch) | NMW 69078 | x | A2 | M4 | KY754534 | |||||||
| Plecotus auritus (Ch) | OLML 2005/514 | x | x | KY754535 | ||||||||
| Plecotus auritus (Ch) | OLML 2009/447 | M4 | KY754537 | |||||||||
| Procyon lotor (Ca) | NMW 68071 | A2 | M1 | KY754539 | ||||||||
| Rattus norvegicus (Ro) | NMW 68438 | M1 | KY754542 | |||||||||
| Rupicapra rupicapra (Ce) | NMW 68065 | M1 | KY754546 | |||||||||
| Sciurus vulgaris (Ro) | NMW 69074 | M1 | M4 | KY754547 | ||||||||
| Spermophilus citellus (Ro) | NMW 68222 | M4 | KY754550 | |||||||||
| Sus scrofa (Ce) | - | A1 | KY661881 | |||||||||
| Talpa europaea (Eu) | NMW 68331 | M3 | KY754555 | |||||||||
| Vespertilio murinus (Ch) | NMW 68353 | M3 | KY754559 | |||||||||
Abbrevations in parentheses following the species names refer to higher bird or mammal taxa. Birds: Apo, Apodiformes; Acc, Accipitriformes; Ans, Anseriformes; Buc, Bucerotiformes; Cap, Caprimulgiformes; Cha, Charadriiformes; Cic, Ciconiiformes; Col, Columbiformes; Cuc, Cuculiformes; Fal, Falconidae; Gal, Galliformes; Gru, Gruiformes; Oti, Otidiformes; Pas, Passeriformes; Pel, Pelecaniformes; Pic, Piciformes; Pod, Podicipediformes; Str, Strigiformes; Mammals: Ca, Carnivora; Ce, Cetartiodactyla; Ch, Chiroptera; Eu, Eulipotyphla; La, Lagomorpha; Ro, Rodentia.
x, fragment could not be amplified.
For the end-fragment, the exact primer combination used is given (see Table 1).
1, codes indicate the collections where the voucher specimen is deposited: NMW & ENR, Natural History Museum Vienna; OLML, Oberösterreichisches Landesmusseum Linz; SLJG, Steiermärkisches Landesmuseum Joanneum Graz; G, DNA sample obtained from the Natural History Museum Vienna, but no voucher specimen is available.
2, only nuclear mitochondrial pseudogene (numt) was amplified with standard primer pair M_int4.