Table 1. Sequence identity matrix for the replication-associated protein sequence (%). Cameroonian swine (KM392284–KM392286) and Madagascan human cycloviruses (KM392287–KM392289) described in this study are bolded. Vietnamese VN strains are colored in grey, Malawian VS5700009 in light yellow and Tunisian TN25 and TN18 appear in orange1,7,8.
KM392285 | KM392284 | KM392286 | KM392289 | KM392288 | KM392287 | |
---|---|---|---|---|---|---|
KM392285 | 100 | 100 | 93,5 | 93,5 | 93,5 | |
KM392284 | 100 | 100 | 93,5 | 93,5 | 93,5 | |
KM392286 | 100 | 100 | 93,5 | 93,5 | 93,5 | |
KM392289 | 93,5 | 93,5 | 93,5 | 100 | 99,3 | |
KM392288 | 93,5 | 93,5 | 93,5 | 100 | 99,3 | |
KM392287 | 93,5 | 93,5 | 93,5 | 99,3 | 99,3 | |
KF031465 | 93,5 | 93,5 | 93,5 | 97,6 | 97,6 | 97,6 |
KF031467 | 93,5 | 93,5 | 93,5 | 97,6 | 97,6 | 97,6 |
KF031468 | 93,5 | 93,5 | 93,5 | 97,6 | 97,6 | 97,6 |
KF031469 | 93,5 | 93,5 | 93,5 | 97,6 | 97,6 | 97,6 |
NC_021707 | 93,5 | 93,5 | 93,5 | 97,6 | 97,6 | 97,6 |
KF031470 | 93,5 | 93,5 | 93,5 | 98,3 | 98,3 | 98,3 |
KF031471 | 93,5 | 93,5 | 93,5 | 98,6 | 98,6 | 98,6 |
KF031466 | 93,1 | 93,1 | 93,1 | 97,9 | 97,9 | 97,9 |
KC771281 | 77,4 | 77,4 | 77,4 | 77,1 | 77,1 | 76,3 |
NC_021568 | 77,4 | 77,4 | 77,4 | 77,1 | 77,1 | 76,3 |
GQ404857 | 73,6 | 73,6 | 73,6 | 72,7 | 72,7 | 72,7 |
GQ404858 | 74,3 | 74,3 | 74,3 | 73,4 | 73,4 | 73,1 |
HQ738635 | 71,7 | 71,7 | 71,7 | 70,5 | 70,5 | 70,5 |
NC_014927 | 71,7 | 71,7 | 71,7 | 70,5 | 70,5 | 70,5 |
HQ738634 | 71,3 | 71,3 | 71,3 | 70,1 | 70,1 | 70,1 |
HQ738636 | 50,5 | 50,5 | 50,5 | 48,8 | 48,8 | 49,1 |
NC_014928 | 50,5 | 50,5 | 50,5 | 48,8 | 48,8 | 49,1 |
GQ404844 | 49,5 | 49,5 | 49,5 | 47,3 | 47,3 | 47,7 |
GQ404846 | 50,7 | 50,7 | 50,7 | 48,6 | 48,6 | 48,9 |
GQ404848 | 50,7 | 50,7 | 50,7 | 48,6 | 48,6 | 48,9 |
GQ404849 | 48,2 | 48,2 | 48,2 | 45,4 | 45,4 | 45,8 |
GQ404850 | 47,9 | 47,9 | 47,9 | 45,1 | 45,1 | 45,4 |
HQ738644 | 49,3 | 49,3 | 49,3 | 48,6 | 48,6 | 49,3 |
NC_014930 | 49,3 | 49,3 | 49,3 | 48,6 | 48,6 | 49,3 |
HQ738643 | 49,6 | 49,6 | 49,6 | 48,9 | 48,9 | 49,6 |
KC512919 | 50,7 | 50,7 | 50,7 | 48,8 | 48,8 | 48,8 |
GQ404847 | 52,7 | 52,7 | 52,7 | 50,2 | 50,2 | 50,5 |
KC512916 | 50,4 | 50,4 | 50,4 | 48,6 | 48,6 | 48,9 |
HQ638063 | 50,7 | 50,7 | 50,7 | 50,2 | 50,2 | 49,8 |
HQ638066 | 50,7 | 50,7 | 50,7 | 49,8 | 49,8 | 49,5 |
HQ638060 | 50,7 | 50,7 | 50,7 | 50,5 | 50,5 | 50,2 |
GQ404845 | 52 | 52 | 52 | 49,8 | 49,8 | 50,2 |
HQ738637 | 51,8 | 51,8 | 51,8 | 51,8 | 51,8 | 51,4 |
NC_014929 | 51,8 | 51,8 | 51,8 | 51,8 | 51,8 | 51,4 |
GQ404854 | 51,8 | 51,8 | 51,8 | 50,2 | 50,2 | 50,9 |
JF938081 | 49,8 | 49,8 | 49,8 | 48,8 | 48,8 | 49,1 |
HM228874 | 50,7 | 50,7 | 50,7 | 49,8 | 49,8 | 49,5 |
JF938079 | 50 | 50 | 50 | 48,6 | 48,6 | 48,9 |
JX185426 | 49,8 | 49,8 | 49,8 | 49,1 | 49,1 | 49,5 |
NC_023866 | 49,8 | 49,8 | 49,8 | 49,1 | 49,1 | 49,5 |
JX569794 | 44,8 | 44,8 | 44,8 | 43,7 | 43,7 | 44 |
NC_020206 | 44,8 | 44,8 | 44,8 | 43,7 | 43,7 | 44 |
GQ404855 | 52,5 | 52,5 | 52,5 | 50,4 | 50,4 | 50,7 |
KF726986 | 50 | 50 | 50 | 49,6 | 49,6 | 50 |
KF726984 | 50 | 50 | 50 | 49,6 | 49,6 | 50 |
NC_023874 | 50 | 50 | 50 | 49,6 | 49,6 | 50 |
KF726987 | 50 | 50 | 50 | 49,6 | 49,6 | 50 |
KF726985 | 50 | 50 | 50 | 49,6 | 49,6 | 50 |
NC_023869 | 50,7 | 50,7 | 50,7 | 50 | 50 | 50 |
KM017740 | 40,1 | 40,1 | 40,1 | 39,4 | 39,4 | 39,4 |
JX260426 | 11 | 11 | 11 | 11 | 11 | 10,7 |