Table 2. Sequence identity matrix for the Capsid protein sequence (%). Cameroonian swine (KM392284–KM392286) and Madagascan human cycloviruses (KM392287–KM392289) described in this study are bolded. Vietnamese VN strains are colored in grey, Malawian VS5700009 in light yellow and Tunisian TN25 and TN18 appear in orange1,7,8.
KM392288 | KM392289 | KM392287 | KM392285 | KM392286 | KM392284 | |
---|---|---|---|---|---|---|
NC_021568 | 35,3 | 35,3 | 35,3 | 34,1 | 34,1 | 34,1 |
KC771281 | 35,3 | 35,3 | 35,3 | 34,1 | 34,1 | 34,1 |
KF031470 | 97,7 | 97,7 | 97,3 | 83,8 | 83,8 | 83,8 |
KF031471 | 97,7 | 97,7 | 97,3 | 83,8 | 83,8 | 83,8 |
KF031469 | 98,6 | 98,6 | 98,2 | 84,2 | 84,2 | 84,2 |
KF031468 | 98,6 | 98,6 | 98,2 | 84,2 | 84,2 | 84,2 |
KF031467 | 98,6 | 98,6 | 98,2 | 84,2 | 84,2 | 84,2 |
NC_021707 | 98,6 | 98,6 | 98,2 | 84,2 | 84,2 | 84,2 |
KF031465 | 98,6 | 98,6 | 98,2 | 84,2 | 84,2 | 84,2 |
KF031466 | 98,2 | 98,2 | 98,6 | 84,2 | 84,2 | 84,2 |
KM392288 | 100 | 98,6 | 84,7 | 84,7 | 84,7 | |
KM392289 | 100 | 98,6 | 84,7 | 84,7 | 84,7 | |
KM392287 | 98,6 | 98,6 | 84,2 | 84,2 | 84,2 | |
KM392285 | 84,7 | 84,7 | 84,2 | 100 | 100 | |
KM392286 | 84,7 | 84,7 | 84,2 | 100 | 100 | |
KM392284 | 84,7 | 84,7 | 84,2 | 100 | 100 | |
GQ404857 | 48 | 48 | 47,5 | 48 | 48 | 48 |
GQ404858 | 47,5 | 47,5 | 47,1 | 47,5 | 47,5 | 47,5 |
HQ738635 | 49,3 | 49,3 | 49,8 | 47,9 | 47,9 | 47,9 |
NC_014927 | 49,3 | 49,3 | 49,8 | 47,9 | 47,9 | 47,9 |
HQ738634 | 49,3 | 49,3 | 49,8 | 47,9 | 47,9 | 47,9 |
KF726987 | 22,8 | 22,8 | 22,4 | 23,8 | 23,8 | 23,8 |
KF726986 | 22,8 | 22,8 | 22,4 | 23,8 | 23,8 | 23,8 |
KF726984 | 22,8 | 22,8 | 22,4 | 23,8 | 23,8 | 23,8 |
NC_023874 | 22,8 | 22,8 | 22,4 | 23,8 | 23,8 | 23,8 |
KF726985 | 22,8 | 22,8 | 22,4 | 23,8 | 23,8 | 23,8 |
HQ638060 | 24,9 | 24,9 | 24,9 | 24,5 | 24,5 | 24,5 |
HQ638066 | 24,5 | 24,5 | 24,5 | 24 | 24 | 24 |
HQ638063 | 25,3 | 25,3 | 25,3 | 25,8 | 25,8 | 25,8 |
KC512916 | 24,1 | 24,1 | 24,6 | 24,6 | 24,6 | 24,6 |
GQ404847 | 25,4 | 25,4 | 25,4 | 24,1 | 24,1 | 24,1 |
NC_020206 | 19,7 | 19,7 | 19,2 | 19,7 | 19,7 | 19,7 |
JX569794 | 19,7 | 19,7 | 19,2 | 19,7 | 19,7 | 19,7 |
GQ404844 | 19 | 19 | 19 | 19,5 | 19,5 | 19,5 |
GQ404854 | 22,2 | 22,2 | 22,2 | 22,2 | 22,2 | 22,2 |
HM228874 | 17,3 | 17,3 | 17,3 | 16,5 | 16,5 | 16,5 |
GQ404845 | 18,7 | 18,7 | 18,7 | 19,2 | 19,2 | 19,2 |
GQ404855 | 17,2 | 17,2 | 17,2 | 16,8 | 16,8 | 16,8 |
HQ738636 | 22,6 | 22,6 | 22,2 | 23,6 | 23,6 | 23,6 |
NC_014928 | 22,6 | 22,6 | 22,2 | 23,6 | 23,6 | 23,6 |
KC512919 | 23,8 | 23,8 | 23,4 | 22,6 | 22,6 | 22,6 |
JF938081 | 23,2 | 23,2 | 23,2 | 23,3 | 23,3 | 23,3 |
HQ738644 | 20,4 | 20,4 | 20,4 | 22,6 | 22,6 | 22,6 |
NC_014930 | 20,4 | 20,4 | 20,4 | 22,6 | 22,6 | 22,6 |
HQ738643 | 20,4 | 20,4 | 20,4 | 22,6 | 22,6 | 22,6 |
GQ404850 | 21,3 | 21,3 | 21,3 | 21,3 | 21,3 | 21,3 |
GQ404849 | 21,3 | 21,3 | 21,3 | 21,3 | 21,3 | 21,3 |
JF938079 | 23,5 | 23,5 | 23 | 22,6 | 22,6 | 22,6 |
NC_023866 | 21,7 | 21,7 | 20,9 | 22,1 | 22,1 | 22,1 |
JX185426 | 21,7 | 21,7 | 20,9 | 22,1 | 22,1 | 22,1 |
HQ738637 | 20,9 | 20,9 | 20,9 | 20,9 | 20,9 | 20,9 |
NC_014929 | 20,9 | 20,9 | 20,9 | 20,9 | 20,9 | 20,9 |
GQ404848 | 23,8 | 23,8 | 23,4 | 22,1 | 22,1 | 22,1 |
GQ404846 | 23,4 | 23,4 | 22,9 | 21,6 | 21,6 | 21,6 |
NC_023869 | 24,2 | 24,2 | 23,7 | 24,7 | 24,7 | 24,7 |
KM017740 | 18,7 | 18,7 | 18,7 | 17,4 | 17,4 | 17,4 |
JX260426 | 6,6 | 6,6 | 6,6 | 7,5 | 7,5 | 7,5 |