TABLE 2.
Strongest pH-dependent expression ratios (fourfold or higher)
| pH dependence and pH ratio | Gene | Log2 ratio | pH dependence and pH ratio | Gene | Log2 ratio | |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Acid induced | ||||||
| 5.0/7.0 | yagU | 3.220 | ||||
| yhcN | 3.064 | |||||
| sdhC | 2.728 | |||||
| lysP | 2.662 | |||||
| sdhD | 2.349 | |||||
| cfa | 2.075 | |||||
| nemA | 2.060 | |||||
| 5.0/8.7 | yhcN | 4.199 | ||||
| yagU | 3.962 | |||||
| fliC | 3.396 | |||||
| fimA | 2.579 | |||||
| cfa | 2.555 | |||||
| gltB | 2.271 | |||||
| ydiY | 2.193 | |||||
| ycdN | 2.147 | |||||
| yncD | 2.117 | |||||
| mqo | 2.075 | |||||
| dhaH | 2.074 | |||||
| cheA | 2.074 | |||||
| motB | 1.997 | |||||
| 7.0/8.7 | fliC | 4.561 | ||||
| malM | 3.780 | |||||
| malK | 3.748 | |||||
| lamB | 3.735 | |||||
| malP | 3.373 | |||||
| motB | 3.238 | |||||
| cheA | 3.199 | |||||
| cheZ | 3.199 | |||||
| flxA | 3.007 | |||||
| malE | 2.933 | |||||
| malQ | 2.883 | |||||
| cheW | 2.785 | |||||
| ibpB | 2.618 | |||||
| yhjH | 2.522 | |||||
| htpG | 2.439 | |||||
| deoC | 2.267 | |||||
| pstS | 2.262 | |||||
| dnaK | 2.249 | |||||
| tar | 2.213 | |||||
| yjdA | 2.208 | |||||
| dnaJ | 2.155 | |||||
| yrfG | 2.055 | |||||
| yheL | 2.031 | |||||
| deoA | 2.003 | |||||
| Base induced | ||||||
| 8.7/7.0 | yifO | 2.769 | ||||
| ymgD | 2.221 | |||||
| 8.7/5.0 | tnaC | 5.517 | ||||
| cpxP | 4.234 | |||||
| tnaA | 4.028 | |||||
| nmpC | 3.961 | |||||
| treB | 3.895 | |||||
| yjiY | 3.665 | |||||
| treC | 3.233 | |||||
| b3913 | 3.176 | |||||
| yifO | 3.095 | |||||
| borD | 3.088 | |||||
| tnaB | 2.993 | |||||
| ycfS | 2.820 | |||||
| yghJ | 2.762 | |||||
| ymgD | 2.433 | |||||
| yccA | 2.378 | |||||
| yfiA | 2.364 | |||||
| yebE | 2.343 | |||||
| yjiX | 2.292 | |||||
| nrdD | 2.182 | |||||
| dniR | 2.081 | |||||
| alx | 2.009 | |||||
| mutL | 2.000 | |||||
| 7.0/5.0 | tnaC | 5.026 | ||||
| lamB | 4.881 | |||||
| malK | 4.790 | |||||
| malM | 4.643 | |||||
| yjiY | 4.359 | |||||
| nmpC | 4.012 | |||||
| malP | 4.000 | |||||
| tnaA | 3.805 | |||||
| malE | 3.425 | |||||
| borD | 3.378 | |||||
| malQ | 3.322 | |||||
| cpxP | 3.232 | |||||
| treB | 3.156 | |||||
| yghJ | 3.081 | |||||
| yjiX | 2.959 | |||||
| fecB | 2.842 | |||||
| ompF | 2.834 | |||||
| treC | 2.613 | |||||
| fecA | 2.608 | |||||
| pstS | 2.479 | |||||
| b3913 | 2.177 | |||||
| fecE | 2.098 |