Skip to main content
. 2017 Apr 19;2(2):e00118-17. doi: 10.1128/mSphere.00118-17

TABLE 1 .

Characteristics of complete SGI1 sequences and backbone SNP analysis

Host strain SGI1 variant ISVch4 indel SNP positiona
 GenBank accession no.
22001 (in sgiT) 24286 (in sgiA)
M. morganii SGI1-L + C G LT630458
S. Kentucky SGI1-K + C G AY463797
P. mirabilis SGI1-PmMAT +b C G JX089583
P. mirabilis SGI1-PmABB + C G KP313760
P. mirabilis SGI1-PmGUE + C G JX121641
P. mirabilis SGI1-PmVER + C G JX121640
P. mirabilis SGI1-PmSCO + C G JX121639
P. mirabilis SGI1-PmABB + C G JX121638
S. Typhimurium SGI1 − A G KU499918
S. Typhimurium SGI1 − A G CP014979
S. Typhimurium SGI1 − A G CP014975
S. Typhimurium SGI1 − A G CP014969
S. Typhimurium SGI1 − A G CP014967
S. Typhimurium SGI1 − A G CP012985
S. Typhimurium SGI1 − A G CP014358
S. Typhimurium SGI1 − A G CP007581
S. Typhimurium SGI1 − A G HF937208
S. Infantis SGI1-D − A G KU854986
S. Derby SGI1-I − A T KU563154
S. Rissen SGI1-I − A T KM234279
P. mirabilis SGI1-B0616 − A T KU987432
P. mirabilis SGI1-O − A T KU987431
P. mirabilis SGI1-B − A T KU987430
P. mirabilis SGI1-Z − A T KP662516
P. mirabilis SGI1-X − A T KJ186154
P. mirabilis SGI1 − A T KJ186153
P. mirabilis SGI1-I − A T KJ186152
P. mirabilis SGI1-W − A T KJ186151
P. mirabilis SGI1-O − A T KJ186150
P. mirabilis SGI1-Y − A T KJ186149
P. mirabilis SGI1-PmBRI − A T JX089582
P. mirabilis SGI1-PmCAU − A T JX089581
P. mirabilis SGI1-B2 − A T KP116299
S. Typhimurium SGI1c − A G AF261825
S. Cerro SGI1-Fd − A T KU847976
S. Emek SGI2e − A G AY963803
a

SNP positions in the ORF of the TA system sgiAT are given according to ENA accession no. LT630458.

b

The SGI1-PmMAT variant harbored the deletion created by ISVch4 and extending from within ORF S005 to within ORF S009 but without the presence of ISVch4 (18).

c

The original SGI1 sequence (AF261825) showed 6 other specific SNP positions.

d

The SGI1-F variant showed 5 other specific SNP positions.

e

The SGI2 variant harbored 93 additional SNP positions and the transpositional insertion of the complex class 1 integron structure at a position different that in from all other variants (7, 8, 11, 14).