Table 1. Inflammatory gene expression, ΔCt values and fold change relative to Sham-vehicle.
Gene | S-v | S-CN-105 | TBI-v | TBI-CN-105 | S-CN-105/S-v | TBI-v/S-v | TBI-CN-105/S-v |
---|---|---|---|---|---|---|---|
Cxcl3 | 3.0E − 05 | 2.3E − 05 | 6.7E − 01 | 1.6E + 00 | 0.8 | 22171.7 | 54032.0 |
Ccl11 | 7.8E − 05 | 2.5E − 04 | 6.4E − 01 | 1.8E − 01 | 3.2 | 8199.7 | 2253.1 |
Ccr4 | 3.9E − 06 | 6.0E − 06 | 2.6E − 02 | 3.1E − 02 | 1.5 | 6537.5 | 7945.9 |
Ccl20 | 2.6E − 05 | 1.1E − 04 | 1.2E − 01 | 7.9E − 02 | 4.4 | 4574.0 | 3086.8 |
Tlr6 | 4.7E − 04 | 6.2E − 04 | 1.2E + 00 | 7.0E − 03 | 1.3 | 2528.8 | 14.9 |
Ccl24 | 3.2E − 05 | 9.7E − 05 | 7.6E − 02 | 5.1E − 03 | 3.0 | 2356.9 | 159.1 |
Myd88 | 7.8E − 04 | 1.1E − 03 | 1.8E + 00 | 6.6E − 03 | 1.5 | 2327.8 | 8.5 |
Cxcl9 | 6.8E − 05 | 1.0E − 04 | 1.5E − 01 | 2.2E − 03 | 1.5 | 2265.1 | 32.2 |
Lta | 1.2E − 04 | 2.6E − 04 | 1.3E − 01 | 1.1E − 01 | 2.3 | 1133.5 | 917.0 |
Tnfsf14 | 2.5E − 05 | 1.3E − 04 | 2.5E − 02 | 9.0E − 03 | 5.2 | 1027.7 | 365.9 |
Il9 | 1.2E − 05 | * | 1.2E − 02 | 1.4E − 02 | ** | 957.7 | 1155.5 |
Ifng | 7.3E − 05 | 5.8E − 05 | 5.6E − 02 | 4.3E − 03 | 0.8 | 767.1 | 59.7 |
Il10 | 1.9E − 05 | 1.1E − 04 | 1.5E − 02 | 1.6E − 03 | 5.7 | 766.1 | 82.2 |
Il1b | 1.1E − 03 | 2.0E − 03 | 7.5E − 01 | 4.6E − 01 | 1.8 | 683.8 | 416.6 |
Il8rb | 8.3E − 06 | 6.1E − 05 | 5.2E − 03 | 5.4E − 03 | 7.3 | 623.4 | 658.4 |
Il6 | 1.4E − 04 | 1.1E − 04 | 5.4E − 02 | 1.8E − 03 | −1.3 | 395.1 | 13.2 |
Il1a | 1.4E − 03 | 1.9E − 03 | 5.5E − 01 | 5.4E − 02 | 1.4 | 382.3 | 37.7 |
Cd40 | 5.4E − 04 | 8.3E − 04 | 1.6E − 01 | 2.1E − 02 | 1.5 | 301.4 | 38.8 |
Ccr2 | 2.6E − 04 | 5.5E − 04 | 7.1E − 02 | 1.5E − 03 | 2.1 | 271.6 | 5.6 |
Cxcl1 | 6.0E − 05 | 1.6E − 04 | 1.5E − 02 | 1.8E − 03 | 2.7 | 244.8 | 29.4 |
Ccr7 | 1.2E − 04 | 2.1E − 04 | 2.7E − 02 | 3.4E − 02 | 1.8 | 228.3 | 283.2 |
Il18rap | 1.1E − 04 | 4.5E − 05 | 2.4E − 02 | 6.6E − 03 | 0.4 | 211.3 | 58.6 |
Tnf | 2.8E − 05 | 3.5E − 05 | 5.5E − 03 | 3.8E − 02 | 1.3 | 197.3 | 1367.7 |
C4b | 3.6E − 03 | 7.0E − 03 | 6.3E − 01 | 5.9E − 01 | 2.0 | 176.5 | 163.3 |
Il8ra | 1.3E − 05 | * | 2.2E − 03 | 2.6E − 03 | ** | 168.5 | 196.8 |
Cxcr4 | 4.3E − 03 | 6.6E − 03 | 6.6E − 01 | 9.0E − 02 | 1.5 | 153.8 | 21.0 |
Cxcl11 | 2.4E − 05 | 9.0E − 05 | 3.4E − 03 | 8.8E − 03 | 3.8 | 141.3 | 372.3 |
Il6ra | 3.4E − 03 | 4.9E − 03 | 4.8E − 01 | 1.6E − 01 | 1.5 | 140.3 | 47.9 |
Il22 | 4.3E − 05 | 4.7E − 04 | 5.6E − 03 | 3.4E − 03 | 10.8 | 129.4 | 77.8 |
Il1rn | 2.3E − 05 | * | 2.8E − 03 | 1.7E − 03 | ** | 121.0 | 74.2 |
Ccl2 | 5.8E − 04 | 8.3E − 04 | 6.5E − 02 | 2.5E − 02 | 1.4 | 110.8 | 42.3 |
C3ar1 | 3.5E − 03 | 4.1E − 03 | 3.7E − 01 | 1.2E − 01 | 1.2 | 108.2 | 34.9 |
Il1f10 | 1.6E − 05 | * | 1.5E − 03 | 5.5E − 03 | ** | 93.4 | 352.3 |
Ccl4 | 3.7E − 04 | 3.8E − 04 | 3.0E − 02 | 1.2E − 02 | 1.0 | 83.4 | 32.3 |
Tlr4 | 3.1E − 03 | 3.5E − 03 | 1.8E − 01 | 2.0E − 02 | 1.1 | 59.2 | 6.5 |
Il23a | 2.7E − 05 | 8.0E − 05 | 1.2E − 03 | 2.3E − 02 | 3.0 | 45.4 | 838.4 |
Ripk2 | 7.0E − 03 | 1.1E − 02 | 2.3E − 01 | 2.1E − 01 | 1.5 | 32.0 | 30.1 |
Tlr7 | 1.7E − 03 | 2.6E − 03 | 4.8E − 02 | 9.1E − 01 | 1.6 | 28.7 | 546.2 |
Cxcl10 | 9.2E − 04 | 1.9E − 03 | 2.5E − 02 | 5.3E − 04 | 2.1 | 27.6 | −1.7 |
Tlr1 | 4.8E − 04 | 1.0E − 03 | 1.1E − 02 | 7.4E − 03 | 2.2 | 22.0 | 15.4 |
Tirap | 3.8E − 03 | 7.8E − 03 | 7.9E − 02 | 5.3E − 02 | 2.1 | 21.0 | 14.0 |
Ltb | 5.1E − 04 | 1.0E − 03 | 1.1E − 02 | 3.9E − 02 | 2.0 | 20.9 | 75.7 |
Ccl25 | 5.6E − 03 | 1.4E − 02 | 1.1E − 01 | 9.5E − 02 | 2.6 | 20.3 | 16.9 |
Hdac4 | 6.0E − 02 | 9.1E − 02 | 9.0E − 01 | 8.3E − 01 | 1.5 | 14.9 | 13.9 |
Itgb2 | 5.5E − 03 | 1.3E − 02 | 8.1E − 02 | 5.3E − 02 | 2.5 | 14.7 | 9.6 |
Ccr3 | 1.7E − 03 | 2.1E − 03 | 2.1E − 02 | 1.1E − 01 | 1.2 | 12.3 | 66.6 |
Ccl3 | 5.1E − 04 | 8.0E − 04 | 6.1E − 03 | 8.9E − 03 | 1.6 | 12.0 | 17.7 |
Il7 | 1.1E − 04 | 3.2E − 04 | 1.1E − 03 | 5.9E − 01 | 3.1 | 10.8 | 5569.8 |
Tlr2 | 9.1E − 04 | 1.3E − 03 | 9.0E − 03 | 9.1E − 03 | 1.4 | 9.9 | 10.0 |
Fasl | 2.1E − 04 | 1.9E − 04 | 1.3E − 03 | 6.7E − 04 | 0.9 | 6.3 | 3.2 |
Ccl5 | 8.9E − 04 | 1.1E − 03 | 5.5E − 03 | 3.4E − 03 | 1.2 | 6.2 | 3.8 |
Cxcl2 | 6.6E − 05 | 2.8E − 04 | 3.5E − 04 | 1.7E − 03 | 4.2 | 5.3 | 25.5 |
Nfkb1 | 1.7E − 02 | 3.1E − 02 | 8.8E − 02 | 5.3E − 03 | 1.8 | 5.3 | −3.1 |
Cebpb | 6.8E − 02 | 1.1E − 01 | 3.5E − 01 | 2.4E − 01 | 1.6 | 5.2 | 3.5 |
Ccl7 | 1.3E − 03 | 1.6E − 03 | 4.4E − 03 | 3.7E − 03 | 1.3 | 3.5 | 2.9 |
C3 | 4.1E − 04 | 7.0E − 04 | 1.3E − 03 | 1.9E − 03 | 1.7 | 3.1 | 4.6 |
Tlr3 | 1.5E − 02 | 2.3E − 02 | 4.5E − 02 | 5.8E − 02 | 1.6 | 3.0 | 3.9 |
Ccl22 | 1.2E − 04 | 3.8E − 04 | 3.6E − 04 | 2.2E − 02 | 3.1 | 2.9 | 176.2 |
Csf1 | 1.1E − 02 | 1.9E − 02 | 2.4E − 02 | 1.2E − 02 | 1.7 | 2.3 | 1.1 |
Fos | 1.5E − 01 | 2.3E − 01 | 1.9E − 01 | 1.7E − 01 | 1.6 | 1.3 | 1.1 |
Tlr5 | 6.8E − 04 | 6.3E − 04 | 6.6E − 04 | 1.7E − 03 | 0.9 | 1.0 | 2.5 |
Il23r | 1.1E − 04 | 1.5E − 04 | 1.4E − 04 | 8.0E − 04 | 1.4 | −0.8 | 7.2 |
Tollip | 1.6E − 01 | 3.2E − 01 | 1.5E − 01 | 5.1E − 02 | 1.9 | −1.1 | −3.2 |
Ccl19 | 1.9E − 02 | 2.9E − 02 | 1.7E − 02 | 3.4E − 03 | 1.5 | −1.1 | −5.8 |
Ccl17 | 2.6E − 03 | 4.2E − 03 | 1.7E − 03 | 1.0E − 03 | 1.6 | −1.5 | −2.6 |
Il10rb | 1.5E − 02 | 3.0E − 02 | 8.4E − 03 | 2.2E − 02 | 2.0 | −1.8 | 1.5 |
Flt3l | 2.0E − 03 | 3.0E − 03 | 9.6E − 04 | 7.1E − 04 | 1.5 | −2.1 | −2.8 |
Ly96 | 3.8E − 03 | 7.2E − 03 | 1.2E − 03 | 7.7E − 02 | 1.9 | −3.1 | 19.9 |
Il22ra2 | 2.4E − 05 | 1.1E − 04 | 7.5E − 06 | 8.2E − 02 | 4.8 | −3.2 | 3448.3 |
Ccl8 | 7.5E − 04 | 2.1E − 03 | 1.3E − 04 | 4.2E − 03 | 2.8 | −5.6 | 5.6 |
Ccr1 | 7.5E − 04 | 7.1E − 04 | 1.3E − 04 | 3.0E − 04 | −1.1 | −5.8 | −2.5 |
Cxcl5 | 1.4E − 03 | 2.5E − 03 | 2.2E − 04 | 1.4E + 00 | 1.7 | −6.5 | 957.4 |
Il1rap | 3.1E − 02 | 4.4E − 02 | 1.8E − 03 | 8.2E − 04 | 1.5 | −17.1 | −37.5 |
Ccl12 | 3.6E − 03 | 6.5E − 03 | 2.1E − 04 | 1.3E − 02 | 1.8 | −17.3 | 3.7 |
Il1r1 | 4.6E − 03 | 1.2E − 02 | 2.2E − 04 | 7.5E − 04 | 2.6 | −21.5 | −6.2 |
Nfatc3 | 8.7E − 03 | 2.1E − 02 | 3.2E − 04 | 3.2E + 00 | 2.4 | −27.5 | 364.7 |
Il18 | 9.1E − 02 | 1.8E − 01 | 1.3E − 03 | 9.6E − 03 | 2.0 | −68.6 | −9.5 |
Bcl6 | 5.1E − 02 | 6.6E − 02 | 6.2E − 04 | 5.7E − 01 | 1.3 | −82.1 | 11.2 |
Nr3c1 | 2.1E − 01 | 4.0E − 01 | 8.5E − 04 | 1.2E − 02 | 2.0 | −243.3 | −17.8 |
Ccl1 | * | 2.3E − 05 | 6.3E − 01 | 9.1E − 01 | ** | ** | ** |
Cd40lg | * | 6.9E − 05 | 4.9E − 03 | 4.2E − 03 | ** | ** | ** |
Crp | * | * | 5.9E − 04 | 7.1E − 04 | ** | ** | ** |
Kng1 | * | 1.4E − 05 | 9.2E − 03 | 8.5E − 03 | ** | ** | ** |
Nos2 | 8.8E − 05 | 8.9E − 05 | * | 1.6E − 01 | 1.0 | ** | 1779.4 |
Inflammatory gene expression 24 hours post sham or TBI injury. Data is organized by fold change of TBI-vehicle normalized to sham-vehicle.
*Indicate mRNA expression was below the level of detection.
**Indicate relative value could not be calculated because one of the components was below the level of detection.