Table 3.

Details of SSR loci used for genotyping a set of 60 rice genotypes and their genetic diversity parameters.

Sl. no.	Marker	No of alleles	Minimum size of allele (bp)	Maximum size of allele (bp)	Major allele frequency	Gene diversity	Hetero-zygosity	PIC value
1	RM 3375A	4.0000	180	210	0.4318	0.6622	0.0758	0.5974
2	RM 245	4.0000	130	150	0.5455	0.5220	0.0303	0.4145
3	RM 3602	4.0000	140	170	0.3788	0.7256	0.0606	0.6769
4	RM 1347	5.0000	90	150	0.4545	0.6829	0.0758	0.6318
5	RM 5746	5.0000	140	170	0.4167	0.6818	0.0909	0.6214
6	RM 5704	5.0000	160	210	0.3788	0.7084	0.2424	0.6552
7	RM 286	6.0000	100	150	0.4545	0.7285	0.2273	0.6987
8	RM 297	6.0000	150	200	0.3182	0.7694	0.1212	0.7332
9	RM 328	4.0000	180	200	0.4091	0.7103	0.0000	0.6604
10	RM 152	6.0000	70	160	0.3333	0.7480	0.3182	0.7058
11	RM 1341	4.0000	160	190	0.5379	0.6059	0.0758	0.5429
12	RM 84	6.0000	110	150	0.3712	0.7471	0.0455	0.7078
13	RM 472	3.0000	290	330	0.6667	0.4885	0.0000	0.4280
14	RM 85	4.0000	80	110	0.3258	0.7343	0.1212	0.6848
15	RM 341	3.0000	140	180	0.4470	0.6232	0.0152	0.5441
16	RM 561	4.0000	180	200	0.5909	0.5689	0.0000	0.5089
17	RM 493	7.0000	220	300	0.4091	0.7296	0.1667	0.6887
18	RM 7003	3.0000	90	110	0.7879	0.3566	0.0758	0.3283
19	RM 14978	3.0000	200	220	0.4242	0.6538	0.0000	0.5803
20	RM 253	4.0000	120	160	0.4470	0.6190	0.8182	0.5420
21	RM319	1.0000	140	140	1.0000	0.0000	0.0000	0.0000
22	RM 2799	3.0000	130	140	0.5985	0.5031	0.0455	0.4035
23	RM 506	4.0000	120	150	0.4470	0.6467	0.0606	0.5785
24	RM522	1.0000	150	150	1.0000	0.0000	0.0000	0.0000
25	RM315	1.0000	140	140	1.0000	0.0000	0.0000	0.0000
26	RM200	1.0000	150	150	1.0000	0.0000	0.0000	0.0000
27	RM284	3.0000	140	160	0.4091	0.6524	0.0000	0.5778
28	RM 50	4.0000	180	210	0.3409	0.7165	0.0303	0.6634
29	RM 3648	6.0000	170	220	0.3788	0.7319	0.8333	0.6894
30	RM 239	5.0000	100	150	0.4394	0.6125	0.7424	0.5344
31	RM2634	6.0000	65	230	0.4848	0.6964	0.2727	0.6610
32	RM256	4.0000	70	300	0.5152	0.6240	0.4545	0.5591
33	RM305	2.0000	200	210	0.8788	0.2130	0.0000	0.1903
34	RM1211	4.0000	190	240	0.5000	0.5148	0.0303	0.3972
35	RM1812	10.0000	100	295	0.3712	0.7990	0.0758	0.7787
36	RM558	4.0000	130	250	0.6818	0.4927	0.2727	0.4525
37	RM4112	6.0000	130	230	0.5303	0.6149	0.0606	0.5550
38	RM5310	5.0000	140	180	0.5227	0.6258	0.0455	0.5670
39	RM6091	1.0000	120	120	1.0000	0.0000	0.0000	0.0000
40	RM6947	1.0000	150	150	1.0000	0.0000	0.0000	0.0000
41	RM13335	5.0000	140	200	0.3333	0.7246	0.1364	0.6739
42	RM14960	3.0000	110	190	0.5000	0.5147	0.9394	0.3969
43	RM7179	3.0000	120	170	0.6364	0.4830	0.3182	0.3921
44	RM282	2.0000	140	220	0.8409	0.2676	0.3182	0.2318
45	RM6356	3.0000	160	175	0.8636	0.2392	0.0303	0.2169
46	RM3701	5.0000	95	250	0.4394	0.6838	0.4697	0.6288
47	RM26632	2.0000	95	190	0.5000	0.5000	1.0000	0.3750
48	RM173	4.0000	125	500	0.4242	0.6760	0.8030	0.6173
49	RM590	2.0000	140	150	0.8636	0.2355	0.0000	0.2078
50	RM1113	2.0000	155	180	0.5076	0.4999	0.1061	0.3749
51	RM6547	1.0000	160	160	1.0000	0.0000	0.0000	0.0000
52	RM11239	2.0000	400	450	0.8485	0.2571	0.3030	0.2241
53	RM6651	2.0000	140	220	0.8788	0.2130	0.2424	0.1903
54	IN1C3	3.0000	250	280	0.4697	0.6056	0.0000	0.5232
55	IN11D1	2.0000	170	170	0.8485	0.2571	0.0000	0.2241
56	RM9	5.0000	130	220	0.2879	0.7669	0.5758	0.7276
57	RM22491	2.0000	150	155	0.5455	0.4959	0.0000	0.3729
58	RM104	4.0000	160	370	0.3106	0.7416	0.7121	0.6937
59	RM3739	2.0000	130	140	0.5606	0.4927	0.0000	0.3713
60	RM18776	4.0000	150	190	0.8636	0.2475	0.0303	0.2375
	Mean	3.6667			0.5792	0.5069	0.1912	0.4540