Table 1. Comparative analysis of differentially expressed (DE) genes by qRT-PCR in study models: Pro-inflammatory immune response group.
DE genes (p<0.05 and FC≥+/-2) between rcd1, xlpra2, erd and xlpra1 mutants compared to normal at different ages.
| DE genes | FC rcd1 vs. normal | FC xlpra2 vs. normal | FC erd vs. normal | FC xlpra1 vs. normal |
|---|---|---|---|---|
| 3 wks | 3 wks | |||
| IL1R1 | 2.0 | n.s.* | ||
| IL18 | 2.2 | n.s. | ||
| CXCL8 | -2.7 | n.s. | ||
| 5 wks | 5 wks | |||
| IL1R1 | 3.1 | n.s. | ||
| IL1R2 | 2.4 | n.s. | ||
| IL18 | 2.2 | n.s. | ||
| CXCL8 | -2.0 | n.s. | ||
| 7 wks | 7 wks | |||
| NLRP3 | 3.9 | n.s. | ||
| CASP1 | 2.8 | n.s. | ||
| PYCARD | 6.7. | 2.1 | ||
| IL1B | 8.6 | n.s. | ||
| IL1R1 | 9.0 | 2.7 | ||
| IL1R2 | 2.7 | n.s. | ||
| IL18 | 7.4 | 2.0 | ||
| TLR4 | 5.2 | n.s. | ||
| IRAK4 | 2.6 | n.s. | ||
| P2RX7 | 2.1 | n.s. | ||
| CXCL8 | 2.0 | n.s. | ||
| CSF1R | 2.4 | n.s. | ||
| CD74 | 3.2 | n.s. | ||
| 16 wks | 16 wks | 9.6–12 wks | 16 wks | |
| NLRP3 | 8.3 | 4.7 | 2.0 | n.s. |
| CASP1 | 14.4 | 13.7 | 2.6 | n.s. |
| PYCARD | 10.3 | 3.9 | 2.6 | n.s. |
| IL1B | 5.6 | n.s. | n.s. | 55.7 |
| IL1R1 | 10.3 | 3.5 | 4.2 | n.s. |
| IL1R2 | 8.4 | n.s. | n.s. | n.s. |
| IL18 | 12.8 | 5.6 | 2.5 | n.s. |
| IL18R1 | 11.4 | 10.1 | 2.6 | n.s. |
| TLR4 | 5.4 | 2.7 | 2.0 | 15.2 |
| MYD88 | 3.3 | 2.0 | n.s. | n.s. |
| IRAK4 | 5.2 | 6.3 | n.s. | n.s. |
| P2RX7 | 2.4 | n.s. | n.s. | 2.5 |
| CXCL8 | 3.7 | n.s. | -3.6 | n.s. |
| SYK | n.s. | 2.7 | n.s. | n.s. |
| CSF1R | 4.4 | 3.9 | n.s. | 2.4 |
| CD200R | 4.2 | 4.2 | n.s. | n.s. |
| CD74 | 10.8 | 4.9 | n.s. | n.s. |
Notes:
*n.s. = not statistically significant