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. 2017 Mar 6;7:68. doi: 10.1038/s41598-017-00102-1

Table 3.

Summary results for statistically nominal and significant associations between SNPs and lipids.

Gene SNP Birth (N = 456) 3y (N = 421) 5y (N = 361) Mixed Model Age Adjusted
Beta SE p-value Beta SE p-value Beta SE p-value Beta SE p-value
LDL
ANGPTL3 rs2131925 0.020 0.025 4.30 × 10−1 0.043 0.021 4.31 × 10 2 0.041 0.023 8.36 × 10−2 0.029 0.018 1.01 × 10−1
LDLRAP1 rs12027135 −0.017 0.022 4.45 × 10−1 0.011 0.019 5.45 × 10−1 0.046 0.021 2.74 × 10 2 0.009 0.016 5.70 × 10−1
ABCG5 rs6756629 −0.017 0.049 7.34 × 10−1 0.102 0.041 1.32 × 10 2 0.113 0.044 1.01 × 10 2 0.073 0.034 2.94 × 10−2
CMTM6 rs7640978 0.030 0.043 4.89 × 10−1 0.022 0.037 5.61 × 10−1 0.083 0.040 3.98 × 10 2 0.050 0.030 9.72 × 10−2
DOK7 rs6831256 0.037 0.024 1.15 × 10−1 0.061 0.019 1.62 × 10 3 0.035 0.021 1.04 × 10−1 0.030 0.016 6.96 × 10−2
HMGCR rs12916 0.022 0.024 3.59 × 10−1 −0.045 0.019 1.80 × 10 2 0.018 0.021 3.92 × 10−1 0.009 0.016 5.90 × 10−1
TIMD4 rs6882076 0.002 0.024 9.26 × 10−1 0.049 0.020 1.22 × 10 2 0.057 0.021 8.29 × 10−3 0.028 0.016 8.66 × 10−2
FRK rs3798236 −0.040 0.025 1.14 × 10−1 −0.065 0.020 1.30 × 10 3 0.013 0.022 5.52 × 10−1 −0.013 0.018 4.60 × 10−1
MYLIP/GMPR rs2327951 0.000 0.027 9.93 × 10−1 0.061 0.022 6.47 × 10 3 0.051 0.025 3.79 × 10−2 0.026 0.019 1.66 × 10−1
ABO rs635634 −0.018 0.030 5.39 × 10−1 0.053 0.025 3.52 × 10 2 0.062 0.026 1.97 × 10−2 0.017 0.020 4.16 × 10−1
BUD13 rs12292921 −0.048 0.051 3.44 × 10−1 −0.095 0.043 2.72 × 10 2 −0.077 0.048 1.09 × 10−1 −0.078 0.035 2.75 × 10 2
HNF1A rs1169288 0.011 0.026 6.74 × 10−1 −0.041 0.020 3.88 × 10 2 −0.008 0.021 7.12 × 10−1 0.005 0.018 7.79 × 10−1
NYNRIN rs8017377 −0.029 0.023 2.12 × 10−1 0.048 0.019 1.22 × 10 2 0.042 0.020 3.89 × 10−2 0.006 0.016 7.08 × 10−1
DLG4 rs314253 0.003 0.026 8.91 × 10−1 0.054 0.021 1.05 × 10 2 0.032 0.023 1.73 × 10−1 0.030 0.018 9.21 × 10−2
C17orf157 rs12452315 0.055 0.023 1.85 × 10−2 0.010 0.020 6.14 × 10−1 0.027 0.022 2.18 × 10−1 0.034 0.016 3.59 × 10 2
CILP2 rs10401969 0.030 0.048 5.26 × 10−1 0.088 0.038 2.11 × 10 2 0.045 0.045 3.18 × 10−1 0.049 0.033 1.36 × 10−1
LDLR rs6511720 0.052 0.035 1.42 × 10−1 0.044 0.029 1.31 × 10−1 0.063 0.032 5.50 × 10−2 0.057 0.024 1.80 × 10 2
TOMM40/APOE/APOC1 rs157580 0.076 0.024 1.54 × 10 3 0.031 0.020 1.31 × 10−1 0.008 0.022 7.10 × 10−1 0.039 0.017 1.86 × 10 2
MAFB rs2902940 0.023 0.025 3.76 × 10−1 0.066 0.020 7.63 × 10 4 0.025 0.021 2.45 × 10−1 0.021 0.017 2.33 × 10−1
SPTLC3 rs364585 −0.001 0.025 9.73 × 10−1 0.045 0.021 2.87 × 10 2 0.024 0.023 2.87 × 10−1 0.023 0.017 1.73 × 10−1
GS GS 0.007 0.004 7.09 × 10−2 0.019 0.003 2.40 × 10 9 0.020 0.003 2.56 × 10−9 0.013 0.003 2.82 × 10 7
TOTAL CHOLESTEROL
EVI5 rs6603981 −0.043 0.019 2.74 × 10 2 0.008 0.015 6.02 × 10−1 0.013 0.016 4.06 × 10−1 −0.021 0.013 1.18 × 10−1
PCSK9 rs2479409 0.023 0.016 1.56 × 10−1 0.027 0.013 3.55 × 10 2 0.005 0.013 6.78 × 10−1 0.013 0.011 2.19 × 10−1
ABCG5 rs6756629 0.010 0.032 7.41 × 10−1 0.059 0.026 2.57 × 10 2 0.059 0.026 2.32 × 10 2 0.048 0.022 2.74 × 10 2
ABCG8 rs6544713 0.011 0.018 5.31 × 10−1 −0.034 0.014 1.15 × 10 2 −0.001 0.013 9.49 × 10−1 0.005 0.012 6.99 × 10−1
GCKR rs1260326 −0.010 0.016 5.22 × 10−1 −0.028 0.012 2.23 × 10 2 0.005 0.013 7.13 × 10−1 −0.001 0.011 9.55 × 10−1
RAB3GAP1 rs7570971 0.003 0.016 8.41 × 10−1 0.037 0.013 4.73 × 10 3 0.023 0.013 6.64 × 10−2 0.010 0.011 3.59 × 10−1
DOK7 rs6831256 0.000 0.015 9.82 × 10−1 0.042 0.012 6.42 × 10 4 0.033 0.012 8.36 × 10 3 0.011 0.011 2.82 × 10−1
HMGCR rs12916 0.024 0.016 1.30 × 10−1 −0.036 0.012 2.73 × 10 3 −0.004 0.012 7.21 × 10−1 0.004 0.011 6.81 × 10−1
TIMD4 rs6882076 −0.012 0.015 4.53 × 10−1 0.031 0.012 1.34 × 10 2 0.028 0.013 2.89 × 10−2 0.009 0.010 3.72 × 10−1
FRK rs3798236 −0.016 0.017 3.44 × 10−1 −0.038 0.013 3.59 × 10 3 0.002 0.013 8.66 × 10−1 −0.001 0.011 9.25 × 10−1
HLA rs3177928 0.003 0.022 8.75 × 10−1 0.051 0.018 4.27 × 10 3 0.006 0.018 7.51 × 10−1 0.013 0.015 3.93 × 10−1
LPA rs1564348 −0.049 0.021 1.72 × 10 2 0.023 0.017 1.78 × 10−1 0.014 0.017 4.15 × 10−1 −0.018 0.014 2.04 × 10−1
MIR148A rs4722551 −0.076 0.021 2.50 × 10 4 0.031 0.017 6.92 × 10−2 0.024 0.017 1.72 × 10−1 −0.024 0.014 9.35 × 10−2
NAT2 rs4921914 −0.037 0.018 4.37 × 10 2 −0.030 0.015 3.94 × 10−2 −0.021 0.015 1.54 × 10−1 −0.023 0.012 6.94 × 10−2
ABCA1 rs1883025 0.034 0.017 4.45 × 10 2 0.016 0.014 2.31 × 10−1 0.002 0.014 8.68 × 10−1 0.015 0.012 2.07 × 10−1
ABO rs635634 −0.003 0.019 8.60 × 10−1 0.036 0.016 2.54 × 10 2 0.043 0.015 5.85 × 10 3 0.014 0.013 2.98 × 10−1
TTC39B rs581080 −0.002 0.019 9.06 × 10−1 0.039 0.016 1.20 × 10 2 0.024 0.016 1.24 × 10−1 0.007 0.013 5.75 × 10−1
BUD13 rs12292921 −0.050 0.033 1.30 × 10−1 −0.046 0.027 9.08 × 10−2 −0.054 0.028 5.79 × 10−2 −0.052 0.023 2.29 × 10 2
HNF1A rs1169288 −0.015 0.017 3.84 × 10−1 −0.026 0.013 4.36 × 10 2 −0.017 0.013 1.79 × 10−1 −0.005 0.011 6.70 × 10−1
DLG4 rs314253 −0.016 0.017 3.38 × 10−1 0.036 0.013 8.47 × 10 3 0.021 0.014 1.28 × 10−1 0.012 0.011 2.73 × 10−1
C17orf157 rs12452315 0.045 0.015 2.99 × 10 3 0.007 0.013 6.05 × 10−1 0.015 0.013 2.48 × 10−1 0.026 0.010 1.41 × 10 2
LIPG rs7240405 0.000 0.021 9.95 × 10−1 0.044 0.018 1.44 × 10 2 0.020 0.018 2.60 × 10−1 0.008 0.015 5.98 × 10−1
FUT2 rs492602 0.005 0.016 7.62 × 10−1 0.025 0.013 5.51 × 10−2 0.028 0.013 2.73 × 10 2 0.014 0.011 1.82 × 10−1
LDLR rs6511720 0.026 0.023 2.66 × 10−1 0.033 0.019 7.54 × 10−2 0.028 0.019 1.40 × 10−1 0.035 0.016 2.60 × 10 2
TOMM40/APOE/APOC1 rs2075650 0.019 0.021 3.52 × 10−1 0.073 0.017 2.13 × 10 5 0.058 0.016 5.50 × 10 4 0.042 0.014 3.29 × 10 3
FER1LA rs2277862 0.043 0.022 5.18 × 10−2 0.049 0.018 5.72 × 10 3 0.047 0.017 7.30 × 10 3 0.031 0.015 4.28 × 10 2
TOP1 rs6065311 −0.007 0.016 6.42 × 10−1 −0.007 0.013 5.90 × 10−1 −0.026 0.013 4.59 × 10 2 −0.012 0.011 2.87 × 10−1
GS GS −0.001 0.002 7.31 × 10−1 0.009 0.002 7.27 × 10 7 0.009 0.002 4.07 × 10 6 0.004 0.002 3.78 × 10 3
HDL
ZNF648 rs1689800 0.013 0.022 5.63 × 10−1 −0.045 0.016 6.27 × 10 3 −0.001 0.019 9.70 × 10−1 0.001 0.014 9.54 × 10−1
APOB rs1042034 0.028 0.026 2.85 × 10−1 0.042 0.021 4.04 × 10 2 0.039 0.023 9.01 × 10−2 0.026 0.017 1.22 × 10−1
ATG7 rs2606736 −0.045 0.022 4.30 × 10 2 0.000 0.017 9.98 × 10−1 0.006 0.019 7.61 × 10−1 −0.031 0.014 2.45 × 10 2
FAM13A rs3822072 −0.018 0.021 3.88 × 10−1 0.033 0.015 2.73 × 10 2 0.011 0.017 5.28 × 10−1 −0.006 0.013 6.61 × 10−1
ARL15 rs6450176 0.025 0.024 2.86 × 10−1 −0.044 0.018 1.32 × 10 2 −0.027 0.020 1.78 × 10−1 −0.002 0.015 8.92 × 10−1
RSPO3 rs1936800 0.032 0.022 1.43 × 10−1 −0.033 0.015 3.25 × 10 2 -0.017 0.017 3.20 × 10−1 0.015 0.013 2.48 × 10−1
VEGFA rs998584 0.025 0.021 2.26 × 10−1 −0.012 0.016 4.46 × 10−1 0.025 0.018 1.70 × 10−1 0.027 0.013 3.95 × 10 2
DAGLB rs702485 0.010 0.022 6.51 × 10−1 0.020 0.017 2.43 × 10−1 0.042 0.019 3.19 × 10 2 0.025 0.014 7.54 × 10−2
IKZF1 rs4917014 0.031 0.023 1.76 × 10−1 −0.039 0.017 2.14 × 10 2 −0.035 0.019 6.56 × 10−2 0.016 0.014 2.56 × 10−1
KLF14 rs4731702 0.009 0.021 6.62 × 10−1 0.031 0.016 4.68 × 10 2 0.010 0.017 5.83 × 10−1 0.003 0.013 8.44 × 10−1
TRIB1 rs2954029 0.035 0.023 1.25 × 10−1 0.036 0.017 3.32 × 10 2 0.022 0.019 2.45 × 10−1 0.013 0.014 3.48 × 10−1
TRPS1 rs2293889 0.019 0.021 3.70 × 10−1 0.038 0.015 1.29 × 10 2 0.017 0.017 3.13 × 10−1 0.009 0.013 5.01 × 10−1
ABCA1 rs1883025 0.048 0.024 4.52 × 10 2 0.052 0.018 3.20 × 10 3 0.046 0.020 2.02 × 10 2 0.038 0.015 8.27 × 10 3
TTC39B rs581080 −0.001 0.027 9.63 × 10−1 0.045 0.020 2.51 × 10 2 0.015 0.023 4.97 × 10−1 0.008 0.017 6.18 × 10−1
AMPD3 rs2923084 −0.035 0.027 1.98 × 10−1 0.043 0.020 3.78 × 10 2 0.114 0.024 1.89 × 10 6 0.015 0.017 3.69 × 10−1
FADS1-2-3 rs174546 −0.012 0.022 5.99 × 10−1 0.049 0.017 3.44 × 10 3 0.026 0.019 1.69 × 10−1 0.017 0.014 2.04 × 10−1
LRP4 rs3136441 0.003 0.031 9.12 × 10−1 −0.048 0.023 3.71 × 10 2 −0.044 0.027 9.86 × 10−2 −0.001 0.020 9.40 × 10−1
MADD/FOLH1 rs7395662 0.010 0.022 6.52 × 10−1 0.051 0.016 1.87 × 10 3 0.041 0.019 3.01 × 10 2 0.021 0.014 1.29 × 10−1
MOGAT2 rs499974 −0.042 0.029 1.49 × 10−1 −0.042 0.023 6.13 × 10−2 −0.052 0.026 4.87 × 10 2 −0.032 0.018 8.12 × 10−2
PCNXL3 rs12801636 −0.028 0.026 2.84 × 10−1 −0.036 0.019 6.93 × 10−2 −0.053 0.022 1.73 × 10 2 −0.027 0.016 1.02 × 10−1
LRP1 rs11613352 −0.069 0.025 5.91 × 10 3 0.002 0.019 9.06 × 10−1 0.009 0.021 6.54 × 10−1 −0.029 0.015 6.01 × 10−2
MMAB/MVK rs7298565 0.065 0.020 1.48 × 10 3 −0.015 0.015 3.13 × 10−1 −0.011 0.017 5.04 × 10−1 0.026 0.013 4.10 × 10 2
SCARB1 rs838880 0.018 0.023 4.50 × 10−1 0.008 0.018 6.32 × 10−1 0.020 0.020 2.99 × 10−1 0.024 0.014 8.93 × 10 2
LIPC rs1077834 0.058 0.025 2.34 × 10 2 0.072 0.019 2.32 × 10 4 0.029 0.023 2.07 × 10−1 0.045 0.016 4.99 × 10 3
CETP rs3764261 0.047 0.023 4.12 × 10 2 0.055 0.017 1.65 × 10 3 0.068 0.020 7.62 × 10 4 0.064 0.014 7.11 × 10 6
CMIP rs2925979 0.019 0.024 4.33 × 10−1 −0.062 0.018 5.31 × 10 4 −0.032 0.020 1.14 × 10−1 −0.012 0.015 4.36 × 10−1
LCAT rs16942887 0.015 0.031 6.32 × 10−1 0.048 0.024 4.55 × 10 2 0.020 0.028 4.81 × 10−1 0.017 0.020 3.84 × 10−1
ABCA8 rs4148008 −0.035 0.022 1.12 × 10−1 −0.047 0.017 5.73 × 10 3 −0.035 0.019 6.83 × 10−2 −0.039 0.014 4.64 × 10 3
PGS1 rs4129767 0.064 0.022 3.54 × 10 3 −0.036 0.016 2.61 × 10 2 −0.027 0.018 1.32 × 10−1 0.021 0.013 1.26 × 10−1
PLTP rs6065906 0.001 0.027 9.67 × 10−1 0.054 0.021 8.98 × 10 3 0.053 0.023 2.39 × 10 2 0.017 0.017 3.09 × 10−1
GS GS 0.006 0.003 2.15 × 10 2 0.003 0.002 1.59 × 10−1 0.004 0.002 1.26 × 10−1 0.005 0.002 3.27 × 10 3
TRIGLYCERIDES
APOB rs1042034 −0.025 0.044 5.73 × 10−1 0.069 0.033 3.72 × 10 2 0.000 0.038 9.95 × 10−1 0.011 0.026 6.79 × 10−1
GCKR rs1260326 0.056 0.036 1.28 × 10−1 0.098 0.025 8.72 × 10 5 0.025 0.030 3.98 × 10−1 0.047 0.021 2.61 × 10 2
IRS1 rs2972146 −0.086 0.039 2.92 × 10 2 −0.010 0.029 7.41 × 10−1 −0.020 0.034 5.56 × 10−1 −0.037 0.023 1.10 × 10−1
MSL2L1 rs645040 −0.003 0.041 9.48 × 10−1 0.079 0.030 9.26 × 10 3 −0.021 0.036 5.70 × 10−1 0.010 0.024 6.90 × 10−1
MAP3K1 rs9686661 0.004 0.043 9.26 × 10−1 0.090 0.031 3.31 × 10 3 0.045 0.037 2.23 × 10−1 0.029 0.025 2.40 × 10−1
MLXIPL rs17145738 −0.011 0.056 8.49 × 10−1 0.082 0.039 3.79 × 10 2 −0.084 0.046 6.83 × 10−2 −0.029 0.033 3.72 × 10−1
TRIB1 rs2954029 0.037 0.038 3.30 × 10−1 0.074 0.027 5.94 × 10 3 −0.025 0.031 4.23 × 10−1 0.015 0.022 4.92 × 10−1
BUD13 rs12292921 0.129 0.076 9.07 × 10−2 −0.057 0.056 3.17 × 10−1 −0.145 0.067 3.16 × 10 2 −0.019 0.045 6.80 ×  × 10−1
FADS1-2-3 rs174546 −0.032 0.036 3.77 × 10−1 0.077 0.027 4.02 × 10 3 0.054 0.032 8.98 × 10−2 0.016 0.021 4.50 × 10−1
LRP1 rs11613352 −0.043 0.041 2.99 × 10−1 0.009 0.030 7.58 × 10−1 0.079 0.035 2.39 × 10 2 0.005 0.024 8.36 × 10−1
ZNF664 rs11057408 −0.066 0.038 8.33 × 10−2 −0.062 0.027 2.34 × 10 2 −0.020 0.032 5.24 × 10−1 −0.033 0.022 1.32 × 10−1
APOC2/APOCL/APOE rs439401 −0.043 0.036 2.34 × 10−1 −0.017 0.025 4.96 × 10−1 0.076 0.029 8.92 × 10 3 0.016 0.021 4.37 × 10−1
CILP2 rs10401969 −0.090 0.072 2.09 × 10−1 0.146 0.050 3.40 × 10−3 0.199 0.063 1.64 × 10 3 0.047 0.041 2.52 × 10−1
INSR rs7248104 0.028 0.036 4.44 × 10−1 0.017 0.025 4.98 × 10−1 0.072 0.029 1.39 × 10 2 0.057 0.021 6.65 × 10 3
PLTP rs6065906 0.016 0.045 7.16 × 10−1 0.069 0.033 3.91 × 10 2 0.053 0.039 1.72 × 10−1 0.022 0.027 4.11 × 10−1
GS GS 0.000 0.007 9.86 × 10−1 0.010 0.005 4.37 × 10 2 0.014 0.006 1.06 × 10 2 0.008 0.004 3.08 × 10 2

Beta and SE at birth, 3 year and 5 year are natural logarithm of the lipid level trait in mg/dl. The unit of beta and SE after linear mixed model is natural logarithm of the lipid level trait in mg/dl per year.