TABLE 2.

Minor variant frequencies present in coding sequences

Virus subtype and sample	No. of minor variants at a frequency of ≥3% (no. present at a frequency of ≥1%)
	PB2	PB1	PA	HA	NP	NA	Ma	NSa	Total
H1N1
SA/2/2013(H1)	1 (7)	1 (3)	1 (4)	6 (8)	1 (3)	1 (1)	1 (2)	0 (0)	12 (28)
SA/3/2013(H1)	0 (4)	0 (0)	1 (2)	3 (3)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	1 (2)	5 (11)
AU/11/2015(H1)	1 (1)	0 (0)	1 (1)	0 (0)	0 (0)	1 (2)	0 (0)	0 (2)	3 (6)
AU/12/2015(H1)	0 (0)	0 (1)	1 (1)	1 (1)	0 (0)	1 (1)	0 (1)	0 (0)	3 (5)
AU/13/2015(H1)	0 (12)	1 (11)	1 (9)	1 (9)	0 (8)	0 (10)	0 (1)	0 (1)	3 (61)
SA/22/2015(H1)	1 (3)	0 (0)	0 (1)	0 (1)	0 (0)	0 (1)	0 (0)	0 (0)	1 (6)
SA/23/2015(H1)	0 (0)	1 (2)	0 (1)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	1 (3)
H3N2
SA/1/2013(H3)	0 (0)	1 (2)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	1 (2)
SA/4/2013(H3)	0 (0)	0 (1)	0 (1)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (2)	0 (4)
SA/5/2013(H3)	1 (3)	0 (0)	0 (2)	0 (1)	0 (0)	0 (1)	0 (0)	0 (1)	1 (8)
AU/6/2014(H3)	0 (1)	0 (1)	0 (1)	0 (1)	0 (1)	0 (2)	0 (0)	0 (2)	0 (9)
AU/7/2014(H3)	3 (5)	2 (2)	2 (7)	1 (2)	1 (3)	1 (1)	1 (2)	0 (1)	11 (23)
SA/8/2014(H3)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (1)	0 (0)	0 (0)	0 (1)
AU/15/2015(H3)	0 (0)	1 (1)	0 (0)	0 (1)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	1 (2)
AU/16/2015(H3)	0 (4)	0 (8)	1 (6)	0 (2)	0 (2)	0 (3)	0 (1)	0 (9)	1 (35)
AU/18/2015(H3)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	1 (1)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	1 (1)	2 (2)
AU/24/2015(H3)	0 (8)	3 (6)	1 (4)	0 (5)	0 (5)	0 (3)	0 (0)	0 (2)	4 (33)
SA/19/2015(H3)	0 (1)	0 (3)	0 (1)	1 (4)	0 (1)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	1 (10)
SA/20/2015(H3)	0 (0)	0 (0)	0 (1)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (1)
SA/25/2015(H3)	0 (0)	0 (1)	0 (0)	0 (1)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (2)
SA/26/2015(H3)	1 (8)	0 (4)	1 (4)	1 (3)	0 (3)	9 (15)	0 (0)	0 (0)	12 (37)
SA/27/2015(H3)	0 (0)	0 (0)	0 (2)	0 (0)	0 (1)	0 (0)	0 (1)	1 (5)	1 (9)
SA/28/2015(H3)	0 (0)	2 (2)	0 (0)	1 (2)	0 (0)	1 (1)	0 (0)	0 (1)	2 (6)
SA/29/2015(H3)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)
SA/31/2015(H3)	0 (0)	0 (0)	1 (1)	0 (1)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (1)	1 (3)

^aCoding sequence from the first start codon to the stop codon of the second coding gene.